埃及第十三王朝通常與埃及第十一王朝、埃及第十二王朝和埃及第十四王朝合稱中王國時期。但也有學者將它從中拆分出來，與第十四王朝、埃及第十七王朝一起併入新的歷史分期，稱之為第二中間時期。埃及第十三王朝存在時間大約是公元前1802年至大約公元前1649年，約154年（虛記）。
第十二王朝國王阿蒙涅姆赫特四世（Amenemhat IV，前1815—前1806在位）死後無嗣，由王后、同時也是自己的姑姑塞貝克涅弗魯繼位（Sobekneferu，前1806年—前1802年在位，另譯“索布克涅弗魯”）。塞貝克涅弗魯僅統治3年10個月24天便亡故（據《都靈王表》），王位由遠房親戚索布克霍特普一世（Sekhemre Khutawy Sobekhotep I，前1802年—前1800年在位）以阿蒙涅姆赫特四世的私生子名義繼承。因第十二王朝的王室以阿蒙涅姆赫特四世、塞貝克涅弗魯絕嗣造成的譜系斷絕，從索布克霍特普一世以降，曼涅托將之拆分出一個新的朝代譜係為第十三王朝。
據丹麥埃及學家、哥本哈根大學埃及學教授金·呂霍爾特（Kim Ryholt）考證，阿蒙涅姆赫特四世死後的第十二王朝便分崩離析，駐守在阿瓦里斯（Avaris）的迦南人將軍雅克比姆·塞克哈恩涅（Yakbim Sekhaenre）趁王室內亂宣布自立，建立第十四王朝（前1805—前1650），與第十三王朝分庭抗禮。
約前1700—1690年，第十三王朝國王美爾奈弗拉·阿伊（Merneferre Ay，前1701—前1677年在位）將都城從伊特塔威（Itytawy）遷往底比斯，正式放棄下埃及，從此下埃及便被第十四王朝及後來入侵的喜克索斯人占據。
重新回到上下埃及時代南北朝環境下的政治、民生狀況鮮有記錄，最著名的有兩件大事，第一：《伊浦味陳辭》記錄了當時爆發的埃及歷史上第二次貧民大起義，統治秩序已被打亂，這點也可以從《都靈王表》記錄第十三、十四王朝後期的法老在位記錄出現嚴重錯位及空缺的現象反映出來；第二，來自敘利亞巴勒斯坦一帶操塞姆語的喜克索斯人入侵古埃及。大約在公元前1674—前1650年，上下埃及均爆發了不同程度的饑荒與瘟疫，喜克索斯人首領謝希（Salitis）趁機推翻了第十四王朝，建立埃及第十五王朝，依舊定都阿瓦里斯，並於公元前1649年南下消滅了第十三王朝，並扶持了親喜克索斯人的傀儡政權埃及第十六王朝（部分古埃及人不滿於被喜克索斯人統治，在底比斯重新建立了個獨立王國，以區別於第十六王朝的傀儡政權，然而史家在進行整理時還是將二者合在第十六王朝的譜系之下）。埃及史從此進入第二中間期的白熱化階段，也開啟了古埃及殘餘勢力反抗喜克索斯人統治的百年鬥爭。
