土著菌就生活在我們周圍的自然環境中，走進闊葉樹林或竹林，在落葉且腐殖質多地方，扒開樹葉或雜草就可以看到細絲壯白色菌落，這就是有益的土著微生物。
土著微生物是多種有益微生物的混合群，土著微生物按好嫌氣性分有好氣菌、嫌氣菌；按菌種分有酵母菌、麴黴菌、放線菌、乳酸菌、芽孢菌等。
土著菌是自然界中不可缺少的一部分。樹葉枯落在地上，經土著微生物發酵分解之後變成營養豐富的食品被成千上萬的小昆蟲、蚯蚓、小動物採食，然後排出糞便再供植物生長。
土著菌採集方法 ：
1、採集地方：可以在當地山上落葉聚集較多的山谷、樹林中採集。
2、具體辦法：把做的稍微有一點硬的大米飯(1kg～1．5kg)，裝入用乾淨杉木板做的小木箱(25cm×20cm×10cm)約三分之一，大米飯上面蓋上宣紙，封好口，將其埋在當地山上落葉聚集較多的山谷樹林中。為防止野生動物糟蹋，木箱最好罩上鐵絲網。夏季經三～五天，春秋經六～七天，周邊的土著微生物潛入到米飯中，在米飯上形成白色菌落（放置時間稍長時會形成各種顏色菌落，雖然也能利用，但最好還是用白色菌落）。
3、暫養分離：土著菌採集成功後摻入原材料量1/3左右的紅糖，將其混合均勻(數量按罈子容量的三分之一)，把變的稀軟狀態的米飯裝入罈子里，蓋上宣紙，用線繩系好口，放置在溫度18℃左右地方。大約放置7天左右，就會變成濃稠液體狀態。
以下步驟適用於菌種生產單位實驗室！普通用戶可以不做！
4、提純復壯： 有條件的可以在實驗室進行
一般情況下，采來的樣品可以直接進行分離，但是如果樣品中我們所需要的菌類含量並不很多，而另一些微生物卻大量存在。此時，為了容易分離到所需要的菌種，讓無關的微生物至少是在數量上不要增加，即設法增加所要菌種的數量，以增加分離的幾率。可以通過選擇性的配製培養基（如營養成分、添加抑制劑等），選擇一定的培養條件（如培養溫度、培養基酸鹼度等）來控制。具體方法是根據微生物利用碳源的特點，可選定糖、澱粉、纖維素，或者石油等，以其中的一種為唯一碳源，那么只有利用這一碳源的微生物才能大量正常生長，而其他微生物就可能死亡或淘汰。對G一菌有選擇的培養基(如結晶紫營養培養基、紅—紫膽汁瓊脂、煌綠膽汁瓊脂等)通常含有5%~10%的天然提取物。在分離細菌時，培養基中添加濃度一般為50μg／m1的抗真菌劑(如放線菌酮和制黴素)，可以抑制真菌的生長。在分離放線菌時，通常於培養基中加入1~5m1天然浸出汁(植物、岩石、有機混合腐質等的浸出汁) 作為最初分離的促進因子，由此可以分離出更多不同類型的放線菌類型；放線菌還可以十分有效地利用低濃度的底物和複雜底物(如幾丁質)，因此，大多數放線菌的分離培養是在貧脊或複雜底物的瓊脂平板上進行的，而不是在含豐富營養的生長培養基上分離的；在放線菌分離瓊脂中通常加入抗真菌劑制黴菌素或放線菌酮，以抑制真菌的繁殖；此外，為了對某些特殊種類的放線菌進行富集和分離，可選擇性地添加一些抗生素(如新生黴素)。在分離真菌時，利用低碳／氮比的培養基可使真菌生長菌落分散，利於計數、分離和簽定；在分離培養基中加入一定的抗生素如氯黴素、四環素、卡那黴素、青黴素、鏈黴素等即可有效地抑制細菌生長及其菌落形成；抑制細菌的另外一些方法有：在使用平皿之前，將平皿先乾燥3~4天；降低培養基的pH值或在無法降低pH時，加入1：30000玫瑰紅。這樣有利於下階段的純種分離。
通過增殖培養，樣品中的微生物還是處於混雜生長狀態。因此還必須分離，純化。在這一步，增殖培養的選擇性控制條件還應進一步套用，而且要控制得細一點，好一點。同時必須進行純種分離，常用的分離方法有稀釋分離法、劃線分離法和組織分離法。稀釋分離法的基本方法是將樣品進行適當稀釋，然後將稀釋液塗布於培養基平板上進行培養，待長出獨立的單個菌落，進行挑選分離。劃線分離法要首先倒培養基平板，然後用接種針（接種環）挑取樣品，在平板上劃線。劃線方法可用分步劃線法或一次劃線法，無論用哪種方法，基本原則是確保培養出單個菌落。組織分離法主要用於食用菌菌種或某些植物病原菌的分離。分離時，首先用10%漂白粉或0.1%升汞液對植物或器官組織進行表面消毒，用無菌水洗滌數次後，移植到培養皿中的培養基上，於適宜溫度培養數天后，可見微生物向組織塊周圍擴展生長。經菌落特徵和細胞特徵觀察確認後，即可由菌落邊緣挑取部分菌種進行移接斜面培養。
對於有些微生物如毛霉、根霉等在分離時，由於其菌絲的蔓延性，極易生長成片，很難挑取單菌落。常在培養基中添加0.1%的去氧膽酸鈉或在察氏培養基中添加0.1%的山梨糖及0.01%的蔗糖，利於單菌落的分離。
經過分離培養，在平板上出現很多單個菌落，通過菌落形態觀察，選出所需菌落，然後取菌落的一半進行菌種鑑定，對於符合目的菌特性的菌落，可將之轉移到試管斜面純培養。這種從自然界中分離得到的純種稱為野生型菌株，它只是篩選的第一步，所得菌種是否具有生產上的實用價值，能否作為生產菌株，還必須採用與生產相近的培養基和培養條件，通過三角瓶的容量進行小型發酵試驗，以求得適合於工業生產用菌種。這一步是採用與生產相近的培養基和培養條件，通過三角瓶的容量進行小型發酵試驗，以求得適合於工業生產用菌種。如果此野生型菌株產量偏低，達不到工業生產的要求，可以留之作為菌種選育的出發菌株。
活性好的土著菌可以用由人工培養、擴陪成純度高的微生物菌群！廣州農牧開發有限公司專業分離提純菌種。
土著菌發酵床養豬技術、養雞技術是利用自然環境中的生物資源，採集土壤中的多種有益微生物進行培養擴繁，使其形成有相當活力的微生物母種，再按一定比例將微生物母種與鋸木屑等輔料和活性劑混合發酵形成有機墊料。讓豬、雞從小到大都生活在這種有機墊料上，豬、雞的排泄物被有機墊料里的微生物迅速降解、消化，不需進行人工處理，達到零排放。
參考資料
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