主要內容
國際航行船舶進出中華人民共和國口岸檢查辦法制定目的 第一條 為了加強對國際航行船舶進出中華人民共和國口岸的管理，便利船舶進出口岸，提高口岸效能，制定本辦法。
第二條 進出中華人民共和國口岸的國際航行船舶（以下簡稱船舶）及其所載船員、旅客、貨物和其他物品，由本辦法第三條規定的機關依照本辦法實施檢查；但是，法律另有特別規定的，或者國務院另有特別規定的，從其規定。
第三條 中華人民共和國港務監督機構（以下簡稱港務監督機構）、中華人民共和國海關（以下簡稱海關）、中華人民共和國邊防檢查機關（以下簡稱邊防檢查機關）、中華人民共和國國境衛生檢疫機關（以下簡稱衛生檢疫機關）和中華人民共和國動植物檢疫機關（以下簡稱動植物檢疫機關）是負責對船舶進出中華人民共和國口岸實施檢查的機關（以下統稱檢查機關）。
違法處理
第四條 檢查機關依照有關法律、行政法規的規定實施檢查並對違法行為進行處理。
港務監督機構負責召集有其他檢查機關參加的船舶進出口岸檢查聯席會議，研究、解決船舶進出口岸檢查的有關問題。
審批條件 第五條 船舶進出中華人民共和國口岸，由船方或其代理人依照本辦法有關規定辦理進出口岸手續。除本辦法第十條第二款、第十一條規定的情形或者其他特殊情形外，檢查機關不登船檢查。
船方或其代理人辦理船舶進出口岸手續時，應當按照檢查機關的有關規定準確填寫報表，並如實提供有關證件、資料。
審批方法
第六條 船方或其代理人應當在船舶預計抵達口岸7日前（航程不足7日的，在駛離上一口岸時），填寫《國際航行船舶進口岸申請書》，報請抵達口岸的港務監督機構審批。
擬進入長江水域的船舶，船方或其代理人應當在船舶預計經上海港區7日前（航程不足7日的，在駛離上一口岸時），填寫《國際航行船舶進口岸申請書》，報請抵達口岸的港務監督機構審批。
第七條 船方或其代理人應當在船舶預計抵達口岸24小時前（航程不足24小時的，在駛離上一口岸時），將抵達時間、停泊地點、靠泊移泊計畫及船員、旅客的有關情況報告檢查機關。
辦理手續
第八條 船方或其代理人在船舶抵達口岸前未辦妥進口岸手續的，須在船舶抵達口岸24小時內到檢查機關辦理進口岸手續。
船舶在口岸停泊時間不足24小時的，經檢查機關同意，船方或其代理人在辦理進口岸手續時，可以同時辦理出口岸手續。
第九條 船方或其代理人在船舶抵達口岸前已經辦妥進口岸手續的，船舶抵達後即可上下人員、裝卸貨物和其他物品。
船方或其代理人在船舶抵達口岸前未辦妥進口岸手續的，船舶抵達後，除檢查機關辦理進口岸檢查手續的工作人員和引航員外，其他人員不得上下船舶、不得裝卸貨物和其他物品；船舶進出的上一口岸是中華人民共和國口岸的，船舶抵達後即可上下人員、裝卸貨物和其他物品，但是應當立即辦理進口岸手續。
實施檢疫
第十條 衛生檢疫機關對船舶實施電訊檢疫。持有衛生證書的船舶，其船方或其代理人可以向衛生檢疫機關申請電訊檢疫。
對來自疫區的船舶，載有檢疫傳染病染疫人、疑似檢疫傳染病染疫人、非意外傷害而死亡且死因不明屍體的船舶，未持有衛生證書或者證書過期或者衛生狀況不符合要求的船舶，衛生檢疫機關應當在錨地實施檢疫。
第十一條 動植物檢疫機關對來自動植物疫區的船舶和船舶裝載的動植物、動植物產品及其他檢疫物，可以在錨地實施檢疫。
出口手續 第十二條 船方或其代理人應當在船舶駛離口岸前4小時內（船舶在口岸停泊時間不足4小時的，在抵達口岸時），到檢查機關辦理必要的出口岸手續。有關檢查機關應當在《船舶出口岸手續聯繫單》上籤注；船方或其代理人持《船舶出口岸手續聯繫單》和港務監督機構要求的其他證件、資料，到港務監督機構申請領取出口岸許可證。
第十三條 船舶領取出口岸許可證後，情況發生變化或者24小時內未能駛離口岸的，船方或其代理人應當報告港務監督機構，由港務監督機構商其他檢查機關決定是否重新辦理出口岸手續。
第十四條 定航線、定船員並在24小時內往返一個或者一個以上航次的船舶，船方或其代理人可以向港務監督機構書面申請辦理定期進出口岸手續。受理申請的港務監督機構商其他檢查機關審查批准後，簽發有效期不超過7天的定期出口岸許可證，在許可證有效期內對該船舶免辦進口岸手續。
第十五條 檢查機關及其工作人員必須秉公執法，恪盡職守，及時實施檢查和辦理船舶進出口岸的申請。
用語含義
第十六條 本辦法下列用語的含義：
（一）國際航行船舶，是指進出中華人民共和國口岸的外國籍船舶和航行國際航線的中華人民共和國國籍船舶。
（二）口岸，是指國家批准可以進出國際航行船舶的港口。
（三）船方，是指船舶所有人或者經營人。
第十七條 本辦法自發布之日起施行。經國務院批准，1961年10月24日由交通部、對外貿易部、公安部、衛生部發布的《進出口船舶聯合檢查通則》同時廢止。
辦法修改
為了全面落實黨的十九屆三中全會審議通過的《中共中央關於深化黨和國家機構改革的決定》、《深化黨和國家機構改革方案》和十三屆全國人大一次會議批准的《國務院機構改革方案》，確保行政機關依法履行職責；進一步推進簡政放權、放管結合、最佳化服務改革，更大程度激發市場、社會的創新創造活力，國務院對機構改革、政府職能轉變和“放管服”改革涉及的有關行政法規進行了清理。2019年3月2日 ，國務院決定：
將《國際航行船舶進出中華人民共和國口岸檢查辦法》第三條修改為：“中華人民共和國港務監督機構（以下簡稱港務監督機構）、中華人民共和國海關（以下簡稱海關）、中華人民共和國出入境邊防檢查機關是負責對船舶進出中華人民共和國口岸實施檢查的機關（以下統稱檢查機關）。”
第十條中的“衛生檢疫機關”修改為“海關”。
第十一條中的“動植物檢疫機關”修改為“海關”。
