國民革命軍北伐時期
1926年7月，國民革命軍第六軍參加國民革命軍北伐，轉戰湖南北部及湖北南部。9月中，國民革命軍攻克南昌，第六軍休整。
1927年1月，第六軍在北伐軍江右軍編成內，從江西直趨安徽，向南京進攻。3月，國民革命軍攻克南京，第六軍休整。
1928年5月，程潛被李宗仁扣押，第六軍由李明灝代理軍長，不久，由胡文斗任軍長，張軫任副軍長。該軍被迫由湖南開往江西。8月，胡文斗被部下戕殺，由張軫代理軍長。隨後第六軍從湖南開往江西途中，番號撤銷。
中原大戰時期
1929年5月，國民革命軍第二十師師長韓復榘背叛馮玉祥，投靠蔣介石，第二十師被擴編為第六軍，韓復榘任軍長。該軍編成後，隸屬國民革命軍第三路軍，先後參加討伐湖北桂系和中原大戰。
第一次國共內戰時期
1931年7月，第六軍隸屬國民革命軍第一軍團。1932年8月，該軍駐防濟南地區。
中國抗日戰爭時期
1937年10月，因應中國抗日戰爭需要，該軍隸屬國民革命軍第三集團軍。
1938年1月，韓復榘因抗戰不力被蔣介石槍斃，第六軍番號撤銷。7月，以國民革命軍第五軍第九十三師為基礎擴編為第六軍，隸屬國民革命軍第三十二軍團。甘麗初任軍長。該軍組成後，即參加武漢會戰。
1939年，調往廣西，改隸第九戰區。
1941年，該軍改隸國民革命軍第一集團軍。
1943年1月，該軍軍長甘麗初被免職，由黃杰任軍長，隸屬國民革命軍第十一集團軍。
1945年6月，第六軍番號撤銷。
第二次國共內戰時期
1945年10月，青年軍第二〇二師、第二〇四師、第二〇五師在重慶重建為第六軍。1946年6月，該軍由貴陽調至江蘇徐州地區。1947年，青年軍各軍番號撤銷。
1948年5月，衛立煌以青年軍第二〇七師、新編第五軍第一九五師合編為第六軍，羅又倫任軍長。該軍組成後，主要擔任瀋陽、撫順、本溪地區守備。9月，羅又倫因病去職，由東北剿匪總司令部參謀長趙家驤兼任軍長。11月3日，在遼瀋戰役中，瀋陽解放後，趙家驤潛逃南京，其餘全部被殲。12月，第二〇七師師長戴朴逃回南京後，重編第六軍，戴朴任軍長，是月底，重編後的第六軍開赴台北、新竹一帶整編補充，歸孫立人督訓。1949年春，整編完畢，由戴朴任軍長。
