第一章 總 則
第一條 為規範和加強國家自然科學基金重大項目(簡稱重大項目)管理。根據《國家自然科學基金項目管理規定》（以下簡稱《規定》），結合重大項目資助工作特點，制定本辦法。
第二條 重大項目要瞄準國家目標，把握世界科學前沿，根據國家經濟、社會、科技發展的需要，重點選擇具有戰略意義的重大科學問題，組織學科交叉研究和多學科綜合研究，進一步提升源頭創新能力。重大項目主要資助：
（一） 科學發展中具有戰略意義，我國具有優勢，可望取得重大突破，達到或接近國際先進水平的前沿性基礎研究；
（二） 國家經濟發展亟待解決的重大科學問題，對開拓發展高新技術產業具有重要影響或有重大套用前景的基礎研究；
（三）圍繞國家可持續發展戰略目標或為國家巨觀決策提供依據的重要基礎性研究，以及具有廣泛深遠影響的科學數據積累等基礎性工作；
（四）基金面上、重點項目多年資助基礎上凝練出來的、需加大資助力度可望取得重大突破的重大科學問題。
第三條 申請重大項目須具備以下條件：
（一）明確的研究目標、創新的學術思想、合理可行的研究方案、厚實的研究工作基礎和良好的研究條件，以及近期可望取得重大突破的研究前景；
（二）針對一個綜合性科學問題，由緊密圍繞項目總體目標相互配合、有機聯繫的課題組成。課題設定不宜過寬，參加單位和人員不宜過多；
（三）有學術造詣高、組織能力強、能率領研究隊伍開拓創新的學術帶頭人和相應的研究梯隊，形成國家水平的研究隊伍，有利於促進人才培養及中青年學術帶頭人的成長。
第四條 重大項目研究期限為四至五年。自然科學基金委鼓勵開展高等學校、科研院所、產業部門的聯合研究，並積極爭取與有關部委、地方政府、企業聯合資助重大項目。
第五條 重大項目的組織以國家基礎研究發展綱要和中長期規劃為指導，注意與國家重點基礎研究發展規劃項目等國家其他科技計畫的協調與銜接，重視發揮國家科學中心、國家工程中心、重大科學工程、國家重點實驗室等重要研究基地的作用。
第六條 重大項目按統一規劃，分批立項；指南引導，定向申請；同行評議，逐項論證；動態管理，專家驗收等方式組織實施。
第二章 立項與申請
第七條 根據國家基礎研究發展戰略和自然科學基金委優先資助領域，科學部在深入研討和廣泛徵求科學家意見的基礎上，徵詢科學部專家諮詢委員會的意見，提出重大項目立項領域建議。
第八條 科學部重大項目的立項領域建議，須組織有關專家（包括科學部專家諮詢委員會部分成員）進行差額遴選，以記名投票、超過半數通過的方式確定，並經自然科學基金委委務會議（以下簡稱為委務會議）審定批准。
第九條 跨科學部重大項目的立項領域建議應由兩個以上（含兩個）科學部聯合提出，經委務擴大會議(由委領導、科學部兼職主任和部分科學部專家諮詢委員會成員參加)差額遴選，以記名投票、超過半數通過的方式確定。項目立項的後續工作和組織實施由相關科學部組成的聯合工作小組負責。
第十條 相關科學部根據委務會議或委務擴大會議的立項審批意見，撰寫申請指南，送分管委主任審簽。 第十一條 自然科學基金委公開向科學界發布《國家自然科學基金重大項目申請指南》，其內容包括：立項的研究領域、主要研究方向、資助經費額度和受理申請的科學部等。
第十二條 凡符合《規定》的具有高級專業技術職務的科研人員，均可根據重大項目申請指南，通過依託單位定向提出申請。申請者(指項目、課題的申請人)及具有高級專業技術職務的項目組主要成員申請重大、重點項目的項數，限為一項。在研重大、重點項目的主持人、課題負責人及具有高級專業技術職務的項目組主要成員不得參加新的重大項目的申請。當年結題的重大、重點項目的在研人員可以提前申請，但需在該項目驗收結題後方可承擔新的重大項目。
第十三條 根據《國家自然科學基金重大項目申請指南》，申請者可以在開展學術研討的基礎上聯合組織重大項目的整體申請，也可針對指南某一研究方向單獨提出課題申請。聯合申請須填寫國家自然科學基金重大項目申請書及所含課題申請書，單獨申請須填寫國家自然科學基金重大項目課題申請書。
第三章 評審和批准
第十四條 科學部對申請書初審後，按項目、課題研究內容組織同行評議，同行評議應有五份以上有效的評議意見，學科交叉申請應具有相關學科的有效同行評議意見。科學部匯總、綜合分析同行評議意見，按擇優原則提出召開評審論證會的建議，包括資助方案構架、申請者答辯名單、專家評審組組成等，經計畫局覆核後，送分管委主任批准。
第十五條 重大項目評審採取論證會方式，論證會前需完成下列工作：
（一）科學部對評審方案中承擔過重大、重點項目的項目負責人，應在原項目驗收結題的基礎上，認真考核其項目的完成情況並提交書面報告供專家組參考；
（二）聯合資助的重大項目，資助各方應簽署協定書，明確研究內容與目標、各方投入經費的數額與方式、各方權利和義務等。協定書須商計畫局，經政策局核准後簽署，分管委主任批准後，送計畫局、財務局備案。
第十六條 重大項目評審論證會，應就項目總體目標、研究方案、課題設定、研究隊伍、工作基礎、預期成果進行答辯和評審，以專家評審組記名投票、超過半數的方式通過確定評審結果並填寫評審意見。
第十七條 評審論證會確定的項目主持人和課題負責人，應根據評審意見修改、完善研究方案，填寫國家自然科學基金資助項目計畫書（項目、課題）和編制經費預算，報送科學部審查，計畫局覆核。經費預算由財務局審核。
第十八條 自然科學基金委分管委主任受委務會委託審查評審意見及資助項目計畫書（項目、課題），批准項目實施。自然科學基金委向項目主持人、課題負責人及其依託單位下達重大項目批准通知。重大項目、課題計畫書及經費預算作為執行、檢查和驗收工作的依據。
第四章 實施與管理
第十九條 每個重大項目應推選出以項目主持人為首的學術領導小組並聘請項目組以外的專家參加。其主要職責是：發揮學術指導作用、促進交叉綜合研究、推動國內外合作與交流。
學術領導小組根據科學前沿發展趨勢和項目研究計畫執行情況，可對研究內容、研究隊伍及經費分配方案提出調整建議，必要時增加新的課題和研究單位或中止對某些研究內容和承擔單位的資助，經科學部及分管委主任批准後實施。
第二十條 項目主持人負責項目總體研究計畫的實施，推動課題間的協作研究。每年至少召集一次學術交流和工作協調會議。負責向科學部報送項目研究工作年度報告、項目所屬課題年度進展報告、項目中期進展報告、中期經費執行情況報告、項目及課題結題報告等。
課題負責人應圍繞項目總體目標對課題研究計畫實施及經費使用負責，做好與項目所屬其他課題間的交叉與協同，負責撰寫課題進展等相關報告並提交項目主持人。
第二十一條 重大項目在執行中進行中期評估。專家評估組由相關科學部專家諮詢委員會部分成員、評審論證會部分專家和項目組以外學術領導小組成員等（包括管理專家）組成，就項目及課題的進展情況、項目後期的實施方案及經費調整提出諮詢評估意見。科學部根據專家評估組評估意見，提出調整方案並上報分管委主任批准後實施。
第二十二條 自然科學基金委對重大項目實施動態管理，根據項目年度進展情況和中期評估結果，依照資助計畫和調整方案按年度核准撥款。
第二十三條 重大項目資助經費根據批准額度按年度進行預算，逐年審核與撥付。經費使用和管理嚴格執行《國家自然科學基金資助項目經費管理辦法》。經費撥至項目主持人和課題負責人依託單位。重大項目資助經費除用於課題研究工作的直接需要外，另留有部分經費用於課題間的交叉研究、進展情況突出課題的經費增撥、工作交流、評估等活動需要。
第二十四條 課題負責人的變更須通過依託單位，經項目主持人同意，由科學部審查，計畫局覆核，報分管委主任批准。
項目主持人變更，其更換人選由項目學術領導小組提出建議，科學部審查，計畫局覆核，報分管委主任批准。
項目主持人、課題負責人和具有高級專業技術職務的項目組成員，不得因申請新的重大、重點項目而退出正在承擔的重大項目。
第二十五條 課題的中止須由項目學術領導小組提出，科學部審核，計畫局、財務局覆核，報分管委主任批准，所余經費納入該項目經費。
項目中止由科學部提出，計畫局審核，委務會議審批，財務局備案，所余經費退回自然科學基金委。
第二十六條 重大項目應積極開展國際合作與交流活動，並將其納入項目研究計畫，每年項目學術領導小組負責檢查國際合作與交流計畫的執行情況。
第二十七條 重大項目研究形成的論文、專著、軟體、資料庫、專利以及鑑定證書、成果報導等，均須標明"國家自然科學基金資助項目"和項目批准號。聯合資助項目的研究成果可同時標明聯合資助單位名稱。自然科學基金委仍將對重大項目結題後三年內進行跟蹤管理，項目主持人、課題負責人應每年向科學部報送有關專著、論文發表及引用情況，成果獲獎及推廣效益情況等。
第二十八條 重大項目應制訂研究資源共享辦法，項目組成員須共同遵守，保證課題之間的研究資源共享。
第二十九條 重大項目依託單位應將研究任務列入本單位的重點科研計畫，落實所需條件，加強監督檢查，解決存在問題，確保研究工作的順利進行。
第五章 驗收與結題
第三十條 重大項目驗收工作應在執行期限終止後六個月內完成，由科學部商項目主持人及項目學術領導小組，作出驗收工作安排。聯合資助的重大項目需與聯合資助方協商，共同組織項目驗收工作。
第三十一條 重大項目驗收的主要內容為：重大項目和課題規定的預期目標、研究內容的完成情況，研究成果和水平，人才培養、國際合作與交流、項目組織管理等。
第三十二條 驗收前項目及課題應提供以下材料：
（一）各課題負責人完成課題研究總結報告，於驗收前兩個月送項目主持人；
（二）項目主持人完成重大項目研究工作總結，於驗收前一個月報送相關科學部；
（三）項目、課題經費決算（含五萬元以上固定資產情況說明等）。
第三十三條 科學部審核驗收材料，提出擬聘驗收專家組名單（由科學部專家諮詢委員會部分成員、部分評審論證專家和管理專家等組成），商計畫局報分管委主任核准後組織驗收。項目、課題經費決算，由財務局組織審核。
第三十四條 重大項目驗收採取會議評議方式。驗收專家在審閱驗收資料和聽取項目組匯報的基礎上，經充分討論，形成專家組驗收意見。
第三十五條 科學部根據專家組驗收意見，提出項目結題審核意見，經計畫局覆核後，報分管委主任審查批准。
第三十六條 重大項目驗收結題批准後，自然科學基金委簽署重大項目結題通知，與項目驗收意見一併發至重大項目主持人依託單位，抄送課題負責人依託單位。
第三十七條 重大項目結題通知發出後，應於三個月內完成在自然科學基金委和項目、課題依託單位的歸檔工作。
第六章 附則
第三十八條 本辦法自公布之日起執行。1996年11月20日公布的《國家自然科學基金重大項目管理辦法》同時廢止。自然科學基金委以往公布的其他重大項目有關辦法規定，凡與本辦法不一致的，以本辦法為準。 第三十九條 本辦法責成自然科學基金委計畫局解釋。
