工程中心-依託
國家生化工程技術研究中心依託：中國科學院過程工程研究所、華東理工大學、南京工業大學。工程中心-屬性
1996年，根據國家生物技術產業化研究的需要，中國科學院過程工程研究所（原中國科學院化工冶金研究所）與華東理工大學、南京工業大學聯合申請成立國家生化工程技術研究中心，得到國家科技部的批准。工程中心-北京
國家生化工程技術研究中心（北京-中國科學院過程工程研究所）與生化工程國家重點實驗室相互協作，以分離純化介質和分離純化技術為主要核心技術，在中藥有效成分、多肽、蛋白質（包括基因工程疫苗）等生物活性分子的分離純化以及藥物緩控釋等領域取得了突破性進展，並與生物技術上游單位和部分製藥企業（GE公司、Unilever公司、華蘭生物、雙鷺藥業、貝達藥業、中國生物製品檢定所、武漢生物製品研究所等）合作，進行了技術的放大和產品的規模化生產，形成了對生物產品製備過程進行理論研究及套用開發的科研基地，擁有大型儀器多台。其中包括多用途自動高壓液相色譜、大容量冷凍離心機、超高速離心機、蛋白及單克隆提純中試層析系統、葡萄糖乳酸生化分析儀、二極體矩陣紫外分光光度計、毛細管電泳系統、連續膜過濾系統、層析工作站、色質聯用儀等，還有根據科研需要自行研製的各種發酵罐和動植物細胞培養反應器二十多台（套），均對外提供服務和技術諮詢。國家生化工程技術研究中心（北京）的研究隊伍由一支年輕、高水平的人員組成，包括國家傑出青年科學基金獲得者3人，中國科學院“百人計畫”入選者5人以及多名研究員（博導）、高級工程師等高級研究人員。在中國科學院過程工程研究所副所長馬光輝研究員（主任）的帶領下，中心各團隊成員分工協作，組成了一支充滿活力、開拓進取的研究團隊，為中心的發展和我國生物技術工程化起到了積極作用。自1996年以來承擔了多項各種企業委託項目及技術轉讓項目，涉及生物反應、生物分離、生物製備過程最佳化等方面。內容包括動物細胞反應器、植物細胞反應器、微生物發酵反應器、固態生物反應器、代謝工程、天然產物的色譜分離、蛋白質的色譜分離、蛋白質摺疊復性、蛋白質化學修飾、生化分離介質等。技術套用推廣60多項，包括：生物藥物控釋載體和分離介質的製備，生物產品的分離純化，天然產物的分離純化以及相關的色譜填料、蛋白質層析介質、分離設備以及產品精製等。
2009年根據國內生物技術發展及產業化面臨的形式以及國家生化工程中心發展方向的分工，國家生化工程技術研究中心（北京）以生化分離介質作為核心產品，開發分離純化工藝及代理配套的相關設備為主要發展方向。
工程中心-上海
國家生化工程技術研究中心（上海-華東理工大學）是國家科技部直屬的工程中心，成立於1997年。本中心以華東理工大學為依託，著重進行生物技術中下游技術研究，打通生物技術試驗室成果向產業化轉化的通道，成為生物技術上游成果的產品孵化器，進行關鍵性、共性的工程化、工業化技術的研究、開發及輻射，為企業提供一條龍服務。工程中心下屬有兩個企業：上海國佳生化工程技術研究中心有限公司（國佳公司）和上海國強生化工程裝備有限公司（國強公司）。國佳公司主要從事工藝最佳化研究，尤其是微生物細胞培養過程的最佳化與放大研究，其中包括傳統的生物技術產品如抗菌素、胺基酸、有機酸等的發酵和現代生物技術產品即基因工程大腸桿菌、畢赤酵母等。國強公司則以生產生物技術實驗室研究和產業化的關鍵設備作為主營業務，生產各類生物反應器，其中具有自主智慧財產權的產品----專門用於發酵過程最佳化與放大研究的生物反應器FUS-50L(A)，更是受到了廣大生物技術研究機構和企業的歡迎；另外還生產帶pH檢測和補料的搖床等，以滿足生物技術研究的需要。
工程中心成立至今，沿襲了學校原有在抗生素製造方面的優勢，長期從事微生物產品生產的工程化研究，特別是工業規模的發酵過程最佳化與放大技術研究，工程中心的團隊在國際上首創性的提出了生物化工過程的多尺度和生物過程系統生物學的研究理論，建立了基於細胞代謝的巨觀代謝流檢測與控制和參數相關分析的方法，研製了專門用於生物過程最佳化和放大研究的裝備，並將這些理論與方法套用到了十多個產品中，並取得了成功。獲得了三次國家科技進步獎和多次獲得省部級科技進步獎，承擔了國家“六五”至“十五”攻關及“863”項目和國家自然科學基金、上海市重點科技攻關等多項項目，出版專著：發酵過程的多尺度研究與過程最佳化，發表學術論文100多篇，SCI收錄20餘篇。
工程中心獲獎情況：新型食品添加劑呈味核苷酸二鈉生產關鍵技術最佳化研究，2004年國家科技進步二等獎；新型食品添加劑鳥苷生產最佳化與發酵過程多尺度研究，2003年上海市科技進步一等獎；高比活植酸酶基因的獲得及耐高溫植酸酶的生產，獲2003年上海市科技進步一等獎；基於參數相關的發酵過程最佳化與放大技術，2002獲國家科技進步二等獎；基於參數相關的發酵過程最佳化與放大技術，2001年獲上海市科技進步一等獎；青黴素髮酵最佳化技術，獲1997年國家科技進步二等獎。
工程中心-南京
國家生化工程技術研究中心（南京-南京工業大學）於1996年4月經國家科學技術部批准依託南京工業大學組建而成的高新技術研發實體。NERCB根據我國經濟建設和社會發展的需要，以市場需求為導向，面向企業規模生產的需要，對具有發展前景的工業生物技術科研成果進行系統、工程化研發，為企業提供成熟配套的技術工藝和裝備，並推動集成、配套的工程化成果向相關行業輻射、轉移與擴散。作為國家級的工程技術研究中心，NERCB在中國工程院院士歐陽平凱教授的帶領下一直致力於推動中國工業生物技術（White Biotechnology）的整體發展。在中國政府的領導下，組織並完成了國家中長期規劃中工業生物技術部分的規劃；在科技部的領導下，組織全國的專家完成了“十一五”國家高技術研究發展計畫（863計畫）中工業生物技術的項目建議、立項和啟動工作；作為技術部門，承擔了國家重點基礎研究發展計畫項目（973項目）、國家高技術研究發展計畫項目（863項目）、國家重點科技攻關項目、國家自然科學基金等項目二十餘項，省部級項目和企業委託項目近百項，年科研經費近兩千萬元；在產業化方面，完成了果糖二磷酸、核苷酸、蘋果酸、丙氨酸和多肽等多個項目的產業化，取得了良好的經濟效益和社會效益；面對國家能源緊張、資源破壞和環境污染等問題，作為國家創新體系的重要組成部分，國家生化工程技術研究中心與中國石油化工集團公司合作成立了南京工業生物技術聯合研究開發中心和在江蘇省政府的支持下成立了江蘇省工業生物技術創新中心，在國內率先從事生物質資源代替化石資源和生物基化學品等生物製造的研究。NERCB真正起到了國家工程研究中心應有的引導行業技術進步、推動行業發展的作用。
NERCB建設十餘年來，建立了生物催化多樣性的研究平台、生物催化劑的快速改造技術平台、生物催化技術研究平台、生物分離工程新技術研究平台和生物催化系統集成平台等較完整的工業生物技術研究平台以及不同規模的中試線，已建成了較完善的工業生物技術研究體系和研究團隊，在生物能源、生物材料、大宗化學品和精細化學品等領域已取得了不俗的成績。NERCB曾獲得國家科技進步一等獎、國家科技進步二等獎、國家“八五”科技攻關重大科技成果獎、中國化工科技進步一等獎、何梁何利科技進步獎、美國杜邦科技進步獎等國內、國際大獎12項。
在開放服務方面，NERCB將利用自身的資源和科技優勢，一如既往的與國內外的工業生物技術研發機構和企業開展各種層次多種形式的合作，為我國的工業生物技術的發展作出更大的貢獻。
