設立國家土地總督察及其辦公室
國務院授權國土資源部代表國務院對各省、自治區、直轄市，以及計畫單列市人民政府土地利用和管理情況進行監督檢查。設立國家土地總督察1名，由國土資源部部長兼任；兼職副總督察1名，由國土資源部1名副部長兼任；專職副總督察（副部長級）1名。國家土地總督察、副總督察負責組織實施國家土地督察制度。
在國土資源部設立國家土地總督察辦公室（正局級）。主要職責是：擬定並組織實施國家土地督察工作的具體辦法和管理制度；協調國家土地督察局工作人員的派駐工作；指導和監督檢查國家土地督察局的工作；協助國土資源部人事部門考核和管理國家土地督察局工作人員；負責與國家土地督察局的日常聯繫、情況溝通和信息反饋工作。
向地方派駐國家土地督察局
由國土資源部向地方派駐9個國家土地督察局，分別是：國家土地督察北京局，督察範圍為：北京市、天津市、河北省、山西省、內蒙古自治區；國家土地督察瀋陽局，督察範圍為：遼寧省、吉林省、黑龍江省及大連市；國家土地督察上海局，督察範圍為：上海市、浙江省、福建省及寧波市、廈門市；國家土地督察南京局，督察範圍為：江蘇省、安徽省、江西省；國家土地督察濟南局，督察範圍為：山東省、河南省及青島市；國家土地督察廣州局，督察範圍為：廣東省、廣西壯族自治區、海南省及深圳市；國家土地督察武漢局，督察範圍為：湖北省、湖南省、貴州省；國家土地督察成都局，督察範圍為：重慶市、四川省、雲南省、西藏自治區；國家土地督察西安局，督察範圍為：陝西省、甘肅省、青海省、寧夏回族自治區、新疆維吾爾自治區、新疆生產建設兵團。派駐地方的國家土地督察局為正局級，每個國家土地督察局設局長1名、副局長2名和國家土地督察專員（司局級）若干名。根據工作需要，國家土地督察局可以適時向其督察範圍內的有關省、自治區、直轄市及計畫單列市派出國家土地督察專員和工作人員進行巡視與督察。
派駐地方的國家土地督察局，代表國家土地總督察履行監督檢查職責。主要職責是：監督檢查省級以及計畫單列市人民政府耕地保護責任目標的落實情況；監督省級以及計畫單列市人民政府土地執法情況，核查土地利用和管理中的合法性和真實性，監督檢查土地管理審批事項和土地管理法定職責履行情況；監督檢查省級以及計畫單列市人民政府貫徹中央關於運用土地政策參與巨觀調控要求情況；開展土地管理的調查研究，提出加強土地管理的政策建議；承辦國土資源部及國家土地總督察交辦的其他事項。
依照法律規定由國務院審批的農用地轉用和土地徵收事項，省級人民政府在報國務院時，應將上報檔案同時抄送派駐地區的國家土地督察局。派駐地區的國家土地督察局發現有違法違規問題的，應及時向國家土地總督察報告。依照法律規定由省級和計畫單列市人民政府審批的農用地轉用和土地徵收事項，應及時將批准檔案抄送派駐地區的國家土地督察局。派駐地區的國家土地督察局發現有違法違規問題的，應在30個工作日內提出糾正意見。
對監督檢查中發現的問題，派駐地區的國家土地督察局應及時向其督察範圍內的相關省級和計畫單列市人民政府提出整改意見。對整改不力的，由國家土地總督察依照有關規定責令限期整改。整改期間，暫停被責令限期整改地區的農用地轉用和土地徵收的受理和審批。整改工作由省級和計畫單列市人民政府組織實施。結束對該地區整改，由派駐地區的國家土地督察局審核後，報國家土地總督察批准。
人員編制
國家土地督察行政編制360名，其中，副部長級（國家土地專職副總督察）領導職數1名，司局級領導職數67名。國家土地督察行政編制在國土資源部機關行政編制總額外單列。國家土地總督察辦公室和派駐地區的國家土地督察局的具體編制方案另行下達。其他事項
（一）要嚴格國家土地督察局及其工作人員的管理，建立健全各項規章制度，防止失職、瀆職和其他違紀行為。國家土地督察局的人員實行異地任職，定期交流。國家土地督察局不認真履行職責、監督檢查不力的，應承擔相應責任。（二）派駐地區的國家土地督察局負責對其督察範圍內地方人民政府土地利用和管理情況進行監督檢查，不改變、不取代地方人民政府及其土地主管部門的行政許可、行政處罰等管理職權。
（三）派駐地區的國家土地督察局履行監督檢查職責，不直接查處案件。對發現的土地利用和管理中的違法違規問題，由國家土地總督察按照有關規定通報監察部等部門依法處理。
（四）國家土地督察局所需經費列入中央財政預算，按照國家有關規定進行管理。
