指導思想
1997年以來，按照黨中央、國務院的統一部署，農村信用社(以下簡稱信用社)在改革中發展，各項工作取得明顯成效。信用社為農業、農村和農民(以下簡稱“三農”)服務的方向進一步明確，服務水平不斷提高，支農投入明顯增加；內部管理逐步規範，資產質量和經營狀況逐漸好轉；金融監管得到加強，金融風險得到初步控制。但是，還必須看到，當前信用社無論是在自身建設，還是在適應為“三農”服務要求等方面，都還存在著不少問題，主要是：產權不明晰，法人治理結構不完善，經營機制和內控制度不健全；管理體制不順，管理職權和責任需要進一步明確；歷史包袱沉重，資產質量差，經營困難，潛在風險仍然很大。
深化信用社改革，改進農村金融服務，不僅關係到信用社的穩定健康發展，而且事關農業發展、農民增收、農村穩定的大局。根據當前農業和農村經濟發展對農村金融服務提出的要求，深化信用社改革的指導思想是：以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，以服務農業、農村和農民為宗旨，按照“明晰產權關係、強化約束機制、增強服務功能、國家適當支持、地方政府負責”的總體要求，加快信用社管理體制和產權制度改革，把信用社逐步辦成由農民、農村工商戶和各類經濟組織入股，為農民、農業和農村經濟發展服務的社區性地方金融機構，充分發揮信用社農村金融主力軍和聯繫農民的金融紐帶作用，更好地支持農村經濟結構調整，幫助農民增加收入，促進城鄉經濟協調發展。
總體原則
一是按照市場經濟規則，明晰產權關係，促進信用社法人治理結構的完善和經營機制轉換，使信用社真正成為自主經營、自我約束、自我發展、自擔風險的市場主體；
二是按照為“三農”服務的經營方向，改進服務方式，完善服務功能，提高服務水平；
三是按照因地制宜、分類指導原則，積極探索和分類實施股份制、股份合作制、合作制等各種產權制度，建立與各地經濟發展、管理水平相適應的組織形式和運行機制；四是按照權責利相結合原則，充分發揮各方面積極性，明確信用社監督管理體制，落實對信用社的風險防範和處置責任。
主要內容
深化信用社改革，要重點解決好兩個問題：
一是以法人為單位，改革信用社產權制度，明晰產權關係，完善法人治理結構，區別各類情況，確定不同的產權形式；
二是改革信用社管理體制，將信用社的管理交由地方政府負責。
(一)以法人為單位改革信用社產權制度。
明晰信用社現有產權，妥善處理歷史積累和包袱。根據實際狀況，對資產大於負債的信用社，其積累部分首先要按規定提足股金分紅、應付未付利息、各類保險基金；其次按資產風險程度提取風險準備金(呆賬100%、呆滯50%、逾期20%、正常1%)，作為信用社的附屬資本；仍有剩餘的，可拿出一定比例對原有股金予以增值。對資不抵債但目前還難以撤銷的信用社，先用現有積累沖抵歷年掛賬虧損，其餘部分要落實經營責任，通過採取轉換機制、加強管理、政策扶持等多種措施逐步消化。
構建新的產權關係，完善法人治理結構。按照股權結構多樣化、投資主體多元化原則，根據不同地區情況，分別進行不同產權形式的試點。有條件的地區可以進行股份制改造；暫不具備條件的地區，可以比照股份制的原則和做法，實行股份合作制；股份制改造有困難而又適合搞合作制的，也可以進一步完善合作制。在產權制度改革的同時，因地制宜確定信用社的組織形式：一是在經濟比較發達、城鄉一體化程度較高、信用社資產規模較大且已商業化經營的少數地區，可以組建股份制銀行機構。具體條件是：(1)有較強的管理能力；(2)全轄信用社資產總規模10億元以上；(3)不良貸款比例15%以下；(4)組建後資本金不低於5000萬元，資本充足率達到8%。二是在人口相對稠密或糧棉商品基地縣(市)，可以縣(市)為單位將信用社和縣(市)聯社各為法人改為統一法人。具體條件是：(1)全轄信用社統算賬面資能抵債；(2)基層信用社自願；(3)縣(市)聯社有較強的管理能力；(4)統一法人後股本金達到1000萬元以上，資本充足率達到有關規定的要求。三是其他地區，可在完善合作制的基礎上，繼續實行鄉鎮信用社、縣(市)聯社各為法人的體制。四是採取有效措施，通過降格、合併等手段，加大對高風險信用社兼併和重組的步伐。對少數嚴重資不抵債、機構設定在城區或城郊、支農服務需求較少的信用社，可考慮按照《金融機構撤銷條例》予以撤銷。
不論採取何種產權制度和組織形式，都要在原有股權範圍的基礎上，做好清產核資工作，擴大入股範圍，調整股權結構，提高入股額度，廣泛吸收轄內農民、個體工商戶和其他各類經濟組織入股；都要按照現代企業制度的要求，完善法人治理結構，建立決策、執行、監督相制衡，激勵和約束相結合的經營機制；都要堅持服務“三農”的經營方向，其信貸資金大部分要用於支持本地區農業和農民，即使是實行了股份制改造的機構，也要根據當地農村產業結構狀況，確定一定比例的資金用於支農。
要切實強化約束機制，按照“自主經營、自我約束、自我發展、自擔風險”的“四自”原則，建立健全信用社激勵和約束機制，切實加強內部管理，進一步健全完善貸款審批、財務收支、風險控制等內控制度，降低不良貸款，壓縮人員，減少成本，努力扭虧增盈，防範和控制新的經營風險。
要從農村經濟發展和農民的實際需要出發，進一步增強和完善信用社服務功能。立足社區，面向“三農”，拓寬服務領域，創新服務品種，增加服務手段，充分發揮信用社在農村的機構網點優勢，積極開辦政策性銀行和商業銀行委託業務，適當增加為農民服務的金融業務品種。
(二)信用社的管理交由地方政府負責。
按照“國家巨觀調控、加強監管，省級政府依法管理、落實責任，信用社自我約束、自擔風險”的監督管理體制，分別確定有關方面的監督管理責任。
省級人民政府對信用社管理的主要職責：一是督促信用社貫徹執行國家金融方針政策，引導信用社堅持為“三農”服務的經營宗旨，地方黨委要加強對信用社黨的領導和思想政治工作；二是依照國家有關法律法規，指導本地區信用社加強自律性管理，督促信用社依法選舉領導班子和聘用主要管理人員；三是統一組織有關部門防範和處置轄內信用社金融風險，今後對高風險機構的處置，在省級人民政府承諾由中央財政從轉移支付中扣劃的前提下，中央銀行可以提供臨時支持；四是幫助信用社清收舊貸，打擊逃廢債，查處信用社各類案件，建立良好的信用環境，維護農村金融秩序穩定。試點地區可本著精簡、高效的原則，簡化管理層次，結合當地實際情況，成立省級聯社或其他形式的省級管理機構，在省級人民政府領導下，具體承擔對轄內信用社的管理、指導、協調和服務職能。省級人民政府應堅持政企分開的原則，對信用社依法管理，不干預信用社的具體業務和經營活動，不把對信用社的管理權下放給地(市)和縣、鄉政府。地(市)級不再設立聯社或其他形式的獨立管理機構。
銀監會作為國家銀行監管機構承擔對信用社的金融監管職能。主要職責：一是根據國家有關法律法規，制定監管的規章制度；二是審批機構的設立、變更、終止及其業務範圍；三是依法組織現場檢查和非現場監測，做好信息統計和風險評價，依法查處違法違規行為；四是審查高級管理人員的任職資格；五是向省級人民政府提供監管數據及有關信息，對風險類機構提出風險預警，並協助省級人民政府處置風險；六是對省級人民政府的專職管理人員進行培訓；七是受國務院委託，對省級人民政府管理信用社的工作情況進行總結評價，報告國務院。
為了幫助消化信用社歷史包袱，促進改革試點的順利開展，在防範道德風險前提下，對試點地區的信用社，國家給予以下扶持政策：
1.對虧損信用社因執行國家巨觀政策開辦保值儲蓄而多支付保值貼補息給予補貼。具體辦法是，由財政部核定1994—1997年期間虧損信用社實付保值貼補息數額，由國家財政分期予以撥補。
2.從2003年1月1日起至2005年底，對西部地區試點的信用社一律暫免徵收企業所得稅；對其他地區試點的信用社，一律按其應納稅額減半徵收企業所得稅；從2003年1月1日起，對試點地區所有信用社的營業稅按3%的稅率徵收。
3.對試點地區的信用社，可採取兩種方式給予適當的資金支持：一是由人民銀行按照2002年底實際資不抵債數額的50%，安排專項再貸款。專項再貸款利率按金融機構準備金存款利率減半確定，期限根據試點地區的情況，可分為3年、5年和8年。資不抵債數額按照信用社法人單位計算，以省(區、市)為單位匯總，專項再貸款由省級人民政府統借統還。實際資不抵債數額按照“歷年掛賬虧損+實際資產損失－所有者權益－呆賬準備金”的公式計算。其中，實際資產損失按照“呆賬貸款+呆滯貸款的40%+逾期貸款的10%+投資資產的10%+抵債資產的50%”計算。二是人民銀行按2002年底實際資不抵債數額的50%，發行專項中央銀行票據，用於置換信用社的不良貸款，票據期限兩年，按不低於準備金存款利率按年付息。該票據不能流通、轉讓和抵押，可有條件提前兌付。中央銀行票據支付必須與信用社改革效果掛鈎，以縣(市)為單位驗收支付，標準為：產權明晰，資本金到位，治理結構完善，由人民銀行分支行、銀監會分支機構和地方政府監督執行。上述兩種方式由試點地區自主選擇，具體操作辦法由人民銀行另行規定。
4.在民間借貸比較活躍的地方，實行靈活的利率政策。允許信用社貸款利率靈活浮動，貸款利率可在基準貸款利率的1.0至2.0倍範圍內浮動。對農戶小額信用貸款利率不上浮，個別風險較大的可小幅(不超過1.2倍)上浮，對受災地區的農戶貸款還可適當下浮。
信用社改革試點地區，要加強組織領導，嚴格清查資產，追討債務，分清責任，嚴懲犯罪。
在信用社管理體制改革完成後，省級人民政府要切實履行對信用社的管理職能，在中央有關部門協助下，運用試點工作的經驗，及時指導和組織信用社進行產權制度改革，並承擔起對信用社的風險防範和處置責任。
組織實施
組織領導
深化信用社改革試點工作由銀監會負責組織實施。按照引導和自願相結合的原則，試點單位的選擇，由各省(區、市)人民政府自願申報，銀監會統籌安排後報國務院確定。2003年試點在東、中、西部共選擇3—5個省(區、市)進行。確定試點的省(區、市)，要根據本方案的精神，提出本省(區、市)試點的具體實施意見，由銀監會審核，報國務院批准後組織實施。
進度安排
試點工作從2003年下半年開始，力爭年底之前完成管理體制改革試點工作。在改革試點地區，將信用社管理責任交由地方政府負責，並落實有關扶持政策。信用社產權制度改革，在總結試點地區經驗的基礎上，逐步在全國推開。
注意的問題
一是正確處理好改革、發展和穩定的關係。要保持信用社各項管理工作和支農服務工作的正常開展。要遵守紀律，顧全大局，不得自行其是，防止借改革之機突擊進人，突擊花錢，突擊放貸，防範各類道德風險。二是試點地區的改革，要嚴格按照本方案進行。國務院有關部門和地方政府要加強信息溝通，試點過程中的重大問題要及時請示報告。在積極推動改革的同時，要做好各項管理和服務工作，有效地支持農業和農村經濟發展。三是正確處理改革試點和面上工作的關係。試點地區，省級人民政府要切實負起責任。未進行改革試點的地區，按照現行管理體制，銀監會及其分支機構要切實加強對信用社的監督和管理，督促信用社進一步改進支農服務，防範和查處大案要案。四是改革過渡時期要特別注意防範和處置信用社風險，對可能出現支付風險的信用社，監管部門要及時提出處置預案，需要資金救助的，按人民銀行有關規定辦理。地方人民政府、人民銀行、銀監會要研究建立突發性支付風險的應急處理機制。
