嚴州中學新校區清末，朝廷腐敗，帝國主義列強加緊瓜分中國，民族危機加深。此時維新變法運動亦日趨高漲。維新派在教育方面提出了“改革科舉，興辦學堂”的主張，得到了光緒皇帝的贊同。光緒於二十四年（一八九八年）下詔改書院為學堂。光緒二十七年（一九零一年），嚴州知府留宗標商請雙峰書院院長王韌，將府立雙峰書院改為六睦學堂（意為睦州六縣之學堂），王韌為堂長，立石碑《修改六睦學堂記》。六睦學堂的創建標誌現代新學之始，這就是本校的誕生。
2005年，嚴州中學教育集團正式成立，擁有嚴州中學梅城校區、嚴州中學新校區、新世紀實驗學校三所成員學校。
嚴州中學新校區，是建德市全力推進名校集團化戰略、實施“名校+新校”辦學模式的第一個豐碩成果。學校總投資1億元，占地面積17萬平方米，建築面積4.5萬平方米，綠化面積8.8萬平方米，校園建築氣勢宏偉、環境優美典雅、設施一應俱全，充滿著濃厚的現代化氣息。學校現有高中班級36個，學生1800多人，教職工159人，專任教師141名，其中省特級教師1名，高級教師49名，一級教師35名，市級以上學科帶頭人20名。
學校認真貫徹落實科學發展觀，強化“嚴州中學”的品牌意識，積極探索“文化管理”的辦學模式，提出“教師發展學校”的教育理念，以“追求發展、崇尚尊重、適應變化、達成和諧”為文化管理的基本原則，以“理念統攝、科研凝聚、特色整合、核心培養”為文化管理的工作重心，把“精細的學校管理、精美的環境創設、精心的德育活動、精緻的課堂教學”作為文化管理的重要手段，致力於“環境文化、制度文化、行為文化、觀念文化”四個層面的學校文化建設，認真貫徹“目標驅動、理念促動、科研推動、激勵策動、關愛感動、和諧互動”的文化管理基本策略，創新機制，深化改革，完善“年級部主任、年級部黨支部書記、年級部工會組長”三位一體的年級部管理運行機制，進行《學校文化氛圍的建設》、《農村中學優秀教師群體培養的實踐與研究》、《創新寫作教學研究與實驗》等省級研究課題的專項研究，構建“星級教師制”，評選“教壇中堅”，創設“教師論壇”，探索“分層教學制”，試行“德育導師制”，開設德育課程，實行“家長開放日”，辦好課餘黨校，開展學生社團活動，實施心理幫助工程、希望工程、校園石文化建設工程和校園網路系統建設工程，推進學校後勤服務企業化管理，建立“平安校園”管理體制。 一系列改革措施的全面實施，“和諧校園”逐步形成，充分調動廣大教師的工作熱情，有力促進全體學生的學習潛能，教育教學質量呈快速優質的積極態勢，2005年高考成績實現歷史性的突破，重點大學的上線率接近50%，洪霞、桑盛山、方剛三位同學攜手邁進清華大學，贏得了社會各界的廣泛讚譽，確立了嚴州中學教育集團的核心地位。
近年來，學校先後榮獲浙江省文明單位、省現代教育技術實驗學校、省科研興校200強學校、杭州市先進基層黨組織、杭州市模範集體、杭州市文明學校、杭州市廠（事）務公開先進單位、杭州市綠色學校、杭州市平安示範校園、杭州市先進基層團委、杭州市示範基層黨校、杭州市心理輔導優秀站、杭州市“保衛明天行動”先進單位等榮譽稱號，成為中國教育學會中學語文專業教學委員會“十五”重點課題“創新寫作教學研究與實驗”基地學校、國家基礎教育實驗中心外語教育研究中心實驗學校。
仰承百年名校文化之底蘊，貫徹創新教育理念於全程。浙江省嚴州中學（新校區）將弘揚“務本求實，創新求真”的嚴中人精神，恪守“嚴實”的校風，踐行“進德修業”的校訓，努力創建高質量、有特色、現代化寄宿制普通高級中學，力爭在2008年左右把學校建成國家級示範性普通高級中學。
