內設機構
商水縣審計局設有五個職能股室和一個經濟責任審計局。（一）辦公室工作職責：處理機關日常政務，承擔有關檔案的起草、重要會議的組織、宣傳、信息、新聞發布、文秘、保密、信訪、財務、安全保衛等工作；編制審計工作規劃，安排年度審計項目；
（二）財貿金融審計股工作職責：負責對本級預算執行情況進行審計監督，並向縣政府和上級審計機關提出審計結果報告；對同級財政收支的真實、合法、效益進行審計監督；對同級財政的執行情況進行審計監督督；負責對財稅巨觀管理的專項審計調查；開展專項審計調查。
（三）工交審計股工作職責：負責對縣國有重點企業和國有控股企業財務收支進行審計督查；組織對內部審計的指導和監督；開展專項審計和審計調查。
（四）固定資產投資審計股工作職責：負責對縣重點建設項目的預（概）算執行和決算進行審計監督；根據縣政府委託，審計由政府投資或政府投資國家在我縣的重點的預（概）算執行和決算；對縣直單位財政撥款的建設項目的預（概）算執行和決算進行監督；審計縣計委、建設局和縣建設投資公司的財務收支；組織對國有施工企業、房地產開發企業的審計；開展專項審計和審計調查。
（五）行政事業審計股工作職責：負責對本級各部門行政事業經費預算執行情況和決算以及預算外資金管理使用情況進行審計監督；對農業、教育、林業、水利、畜牧等部門的財務收支、資產負債情況進行審計監督；對縣屬事業單位的財務收支進行審計監督；對社會保障基金、捐贈資金及其他有關基金的財務收支情況進行審計監督；監督各項農業資金的管理、使用和投資效益；組織對農業專項資金進行審計和專題審計調查。
（六）經濟責任審計局工作職責：負責全縣黨政領導幹部、國有企業及國有控股企業領導人員任期經濟責任審計工作。
單位職能
（一）向縣政府報告和向縣政府有關部門通報審計情況，提出制定和完善有關政策法規、巨觀調控措施的建議。（二）依據《中華人民共和國審計法》的規定，直接進行下列審計：
1、縣級財政預算執行情況和其他財政收支；
2、縣級各部門、事業單位及下屬單位的財務收支；
3、縣級直接管理的地方金融機構的財務收支、資產、負債和損益狀況；
4、縣政府部門管理的和縣政府委託由社會團體管理的社會保障基金、環境保護資金、社會捐增資金及其他有關基金、資金的財務收支；
5、國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支；
6、其他法律法規規定應由審計局進行的審計。
（三）向縣政府領導提交縣級預算執行情況的審計結果報告；受縣政府委託向縣人大常委會提出縣級預算執行情況和其他財政收支審計工作報告。
（四）負責對貫徹執行國家財政方針政策和巨觀調控措施情況的行業審計、專項審計和審計調查；負責對黨政領導幹部、國有企業及國有控股企業領導人員進行任期經濟責任審計；依法受理被審計單位對審計機關審計決定的複議申請。
（五）根據有關規定，組織對其他國有企業和國家建設項目的審計監督。
（六）指導、監督內部審計工作；監督社會審計組織的審計業務質量；組織審計專業培訓。
（七）承辦縣政府交辦的其他事項。
