勃興
蒙古本部（韃靼）自達延汗以來，就著手展開徵服衛拉特（瓦剌）的事業。16世紀以來，土默特、鄂爾多斯、喀爾喀等韃靼各部不斷出擊衛拉特，將其逐至阿爾泰山以西。其中格哷森札札賚爾（喀爾喀三汗的始祖，達延汗幼子）的孫子阿巴岱（1554年—1588年，土謝圖汗部的奠基者）從14歲到27歲一直在與宿敵衛拉特人作戰，並將其征服。 隨後他立其子什布古岱為衛拉特的統治者。阿巴岱於1588年死去，衛拉特人趁機反抗，攻殺什布古岱，恢復了獨立。但好景不長，格哷森札札賚爾的曾孫賚瑚爾（阿巴岱從侄，札薩克圖汗部的奠基者）於17世紀初再次征服衛拉特（一說賚瑚爾已死亡），征服衛拉特，並立堂兄弟碩壘烏巴什為琿台吉，作為喀爾喀控制衛拉特的前哨，和托輝特部誕生。該部位駐帳於唐努山南麓的烏布蘇湖，以唐努烏梁海（圖瓦）地區為中心，與俄羅斯接壤，因其勢力強大而被周邊部族及俄羅斯稱為“阿勒坦汗”（黃金汗），但實際上只是從屬於札薩克圖汗的琿台吉，而並非獨立的汗。
和托輝特部最早是在1604年被興建托木斯克的俄國人所聞知的，1608年，托木斯克總督受沙皇之命向和托輝特部派了第一批使節，但他們不久便得知碩壘烏巴什已去遠征四衛拉特，而在第二年春天才返回駐地。 1616年，俄國使臣丘麥涅茨和彼得羅夫首次謁見和托輝特部琿台吉碩壘烏巴什（即俄國人所稱的阿勒坦汗），從那裡得到關於中國明朝的最早情報，這也是俄國人進入喀爾喀的濫觴。 當時，和托輝特部控制範圍非常遼闊，不僅整個衛拉特對他俯首稱臣，居住在葉尼塞河上游的吉爾吉斯人也向他納貢。但是衛拉特準噶爾部琿台吉哈喇忽剌於1620年起兵反抗和托輝特部的統治，碩壘烏巴什調兵反擊，大破哈喇忽剌，但很快衛拉特四部聯合與和托輝特部開戰，到1623年，碩壘烏巴什在額爾齊斯河上游地區被衛拉特勇士賽因色爾滕吉刺殺。 衛拉特再次獨立，和托輝特部聲勢大衰。
鬥爭
和托輝特部勢力範圍（黃線勾勒）碩壘烏巴什死後，其子俄木布額爾德尼即位。1630年，衛拉特和碩特部首領固始汗、準噶爾部首領哈喇忽剌率軍攻打和碩輝特部，俄木布額爾德尼戰敗，和托輝特部勢力進一步縮小，吉爾吉斯人也紛紛反叛。此時喀爾喀諸部先後面臨林丹汗的威脅和東方新興的滿洲人的崛起。為了避免腹背受敵，和托輝特部外聯俄國，又與衛拉特諸部握手言和。1640年9月，俄木布額爾德尼和喀爾喀車臣汗碩壘的兒子、札薩克圖汗素巴第、土謝圖汗袞布，還有衛拉特和碩特汗國的固始汗、土爾扈特的和鄂爾勒克、準噶爾汗國的巴圖爾琿台吉一起在塔爾巴哈台會盟，制定了有名的《喀爾喀衛拉特法典》（察津必扯克）。該法典規定了藏傳佛教為蒙古人的共同信仰，明確了各部間的權力義務和牧場界限，強調加強團結、抵禦外敵（滿洲）入侵。 1650年，俄木布額爾德尼曾侵犯呼和浩特地區，清朝警告其宗主札薩克圖汗諾爾布，其後諾爾布和俄木布額爾德尼各遣子朝覲順治帝。
1652年，俄木布額爾德尼讓位於其子額磷沁羅卜藏，他本人死於1659年。當時，喀爾喀諸部因騰機思事件被清朝打敗，被迫向清朝稱臣，額磷沁羅卜藏也是清朝冊封的喀爾喀八札薩克之一。但喀爾喀只是清朝名義上的藩屬，實際上仍保持原有狀態。額磷沁羅卜藏立志要重振和托輝特部的威勢，他一面遠征至鄂畢河，掃蕩吉爾吉斯人，一面與札薩克圖汗諾爾布擊潰格哷森札札賚爾次子諾顏台哈丹巴圖魯後裔之大鄂托克––額爾濟根 ，在全喀爾喀引起震動。他還在1660年向俄國使臣傲慢地拒絕承認俄國的宗主權，說他不能因為有人送給他金銀或其他禮品，就甘心接受臣民的稱號。人間一切皆空，唯有榮譽才是不朽的。對於他們來說，承認自己是別人的臣民，乃是終身難以洗刷的污點。他還說：“如果我不是在戰爭或其他暴力手段強迫下隨便接受這種屈辱地位的話，那么其他的汗、王公、貴族和我的同輩們將會怎樣構想呢？”
衰落
蒙古國發行的紀念青袞雜卜的郵票很快，額磷沁羅卜藏捲入喀爾喀內訌的漩渦中。1662年，諾爾布突然去世，其弟賓圖阿海未經喀爾喀七旗允準便繼承札薩克圖汗，稱浩特勒汗。和托輝特部原本人強馬壯，額磷沁羅卜藏自然不甘心寄於札薩克圖汗部籬下，又見新汗初立未穩，便有了取而代之的野心。就在浩特勒汗即位那年，額磷沁羅卜藏突襲札薩克圖汗部，殺死浩特勒汗。額磷沁羅卜藏的下克上之舉引起全蒙古的公憤，土謝圖汗察琿多爾濟與準噶爾部琿台吉僧格出兵干涉，左右夾擊和托輝特部。察琿多爾濟擊敗額磷沁羅卜藏，額磷沁羅卜藏與他議和不成，乃逃至葉尼塞河上游。1667年，額磷沁羅卜藏被僧格俘虜。據說僧格砍下額磷沁羅卜藏的右手，將狗肉塞進他的嘴裡侮辱他。 後額磷沁羅卜藏脫逃（一說被準噶爾移交給札薩克圖汗），1682年又被札薩克圖汗成袞所擒，後逃至西藏，於1692年歸附清廷，1696年從康熙帝遠征噶爾丹，死於軍中。
額磷沁羅卜藏之後，和托輝特部一蹶不振。1686年，清朝理藩院尚書阿喇尼主持喀爾喀諸部會盟時，授額磷沁羅卜藏的堂兄弟根敦為札薩克，統領和托輝特部眾。根敦去世之後，長子松津僧格和嗣子博貝相繼襲位，1715年，博貝收復了唐努烏梁海地區。1730年，博貝死，班第襲位。1737年，班第之子青袞雜卜襲札薩克多羅貝勒爵位。1756年，青袞雜卜發動“撤驛之變”，反抗清廷統治，失敗後與其二子被押赴北京處死。事後，乾隆帝將原屬和托輝特部的唐努烏梁海編為5旗，收歸烏里雅蘇台將軍直接管轄，成為內屬蒙古的一部分，又令博貝嫡嗣旺布多爾濟襲爵。此後的和托輝特部僅僅是札薩克圖汗部轄下的中左翼左旗札薩克，不再有往日的威風。2010年出身和托輝特部的蒙古人有15,460人。
歷任統治者
碩壘烏巴什（約1601年—1623年在位）
俄爾木額爾德尼（1623年—1652年在位）
額琳沁羅卜藏（1652年—1667年在位）
根敦（1686年—1697年在位，始授札薩克）
松津僧格（1697年—1704年在位）
博貝（1704年—1730年在位，1720年封多羅貝勒）
班第（1730年—1737年在位）
青袞雜卜（1737年—1756年在位，1754年賞郡王品級）
旺布多爾濟（1756年—1757年在位）
車都布（1757年—1785年在位）
成敦札布（1785年—1814年在位）
曼達爾瓦爾（1814年—1854年在位）
多布沁札木楚（1854年—1885年在位）
阿爾達薩噶喇（1885年—1909年在位）
那木凱章禪（1909年—？年在位）
1.碩壘烏巴什（約1601年—1623年在位）
2.俄爾木額爾德尼（1623年—1652年在位）
3.額琳沁羅卜藏（1652年—1667年在位）
4.根敦（1686年—1697年在位，始授札薩克）
5.松津僧格（1697年—1704年在位）
6.博貝（1704年—1730年在位，1720年封多羅貝勒）
7.班第（1730年—1737年在位）
8.青袞雜卜（1737年—1756年在位，1754年賞郡王品級）
9.旺布多爾濟（1756年—1757年在位）
10.車都布（1757年—1785年在位）
11.成敦札布（1785年—1814年在位）
12.曼達爾瓦爾（1814年—1854年在位）
13.多布沁札木楚（1854年—1885年在位）
14.阿爾達薩噶喇（1885年—1909年在位）
15.那木凱章禪（1909年—？年在位）
