平太平軍
太平軍轉戰安徽,吳廷香創辦團練,對抗太平軍。鹹豐四年(1854 年),戰死廬江,清廷諭旨賜恤,賞雲騎尉世職。五年,吳長慶襲職,安徽巡撫福濟委其統領舒城、廬江團練。吳長慶痛父殉難,誓與太平軍為敵,不共戴天。
八月,會合諸軍攻克太平軍要地桃溪鎮,擊退上派太平軍援軍,毀太平軍30 余壘,升守備。十一月,安徽巡撫翁同書令其創辦合肥東鄉團練,以保合肥。翁同書因其護城效力,賞戴藍翎。大敗太平軍英王陳玉成於華子崗,功加都司銜,賞換花翎。
鹹豐十一年,奉兩江總督曾國藩令,收復廬江,攻占三河。曾國藩即令其以所部500 人,創立淮軍慶字營。並親手書寫“ 忠孝堅定,不可撓折”八個大字,贊其“ 忠孝”,以勵慶軍將士。不久江蘇郡縣被太平軍攻占。曾國藩令其隨福建延建邵道李鴻章赴援上海。吳長慶首戰虹橋取勝,次克柘林、奉賢、南匯、川沙、金山,擊退寶山太平軍強悍援軍。戰後敘功,以游擊留江蘇補用。
同治元年(1862年),江蘇巡撫李鴻章令其回籍添募勇練3 營。適太平軍忠王李秀成進攻廬江,曾國藩即令其留營駐守,吳長慶慨然允諾,說道:“此桑梓邦,又吾先人殉節地,敢不勉”。遂麾軍與李秀成戰,將太平軍擊退。不久李秀成復集大軍,再次圍攻廬江,吳長慶登陴固守,伺懈出擊,又將太平軍擊退,廬江城始保無恙。
同治二年(1863年)率營返上海,繼續參加援滬戰鬥。七月,攻拔楓涇、西塘等鎮,摧毀千窯巢太平軍營壘,越級升為副將。十月,調往浙江鎮壓太平軍。吳長慶採取偷襲戰法,欲取浙江嘉善。在進攻張涇匯戰鬥中,奪取北岸橋壘,將城攻破。同治三年,率部進攻嘉興府城時,左臂中彈丸,仍裹創血戰,斬士卒在前進中回顧者數人,軍中沒有人再敢後退一步,皆蜂擁而上,蟻緣登城,破城而入,城即陷。積功以總兵記名簡放,賞力勇巴圖魯名號。同治五年,分援浙閩,累克湖州、長興、廣德、漳州、漳浦等地,因戰功卓著,旨交軍機處記名,遇有提督、總兵缺出,儘先題奏。
轉戰平捻
太平軍基本平定後,捻軍復起。吳長慶率馬步隊11 營隨李鴻章前往鎮壓,進剿於河南內黃、滑縣、濬縣、山東臨邑、德州、直隸寧津間。同治五年四月二十八日,捻軍張宗禹部轉戰至宿遷埠子鎮一帶,吳長慶與總兵王占魁、況文榜各率所部,夜襲捻軍營壘,斬獲捻軍70 余名。五月一日黎明,復由舊河堤內外分路夾擊,斃捻軍甚眾。同治六年四月十一日,東捻軍轉戰至應山縣境,伏擊清總兵楊鼎勛部,吳長慶率隊往援,殊死戰鬥,將東捻軍擊退。同治七年五月四日,西捻軍突破李鴻章運河、減河之守,轉戰陽信、海豐等地,向南轉移。吳長慶飛赴吳橋攔截,狂殺捻眾,致使西捻軍遭受巨大損失。東、西捻軍殄除淨盡後,清廷賞吳長慶穿黃馬褂,換瑚敦巴圖魯名號,並正一品封典。時曾國藩再督兩江,以宿遷、徐海地處衝要,民俗強悍,常有發難,需良將鎮守,乃疏準吳長慶率所部防守徐州。
同治八年,潘鼎新軍因爭糧餉發生譁變。水陸兩路數千人,蔽河而南。曾國藩令吳長慶前往查辦。譁變士卒欲謀脅慶軍,以擾淮陰。吳長慶偵知,即潛遣精兵良將,防守要隘。時河水暴漲,北風勁吹,水路乘舟先至,塞河道數里。他先以好言召羈其首,後對嘩擾骨幹立即斬首,再曉以利害,眾皆懾服,不敢亂為。盡收其旗幟、槍炮、刀矛。適陸路趕至,他們見從水路先至的一部已被解除武裝,感僅陸路一部勢單力薄,不敢較量,亦就撫。吳長慶另築營舍,將譁變士卒與慶軍分開居住,並令軍中不得有一人與其通話。派得力人員,分別鄉貫,資送回家,旬日大定。漕運總督張之洞,疏稱吳長慶在處理鼎軍譁變事件中,有條不紊,請予獎敘。清廷允奏,賞加一級,記錄2 次。
同治九年,吳長慶奉命率部移駐揚州。時母親病逝,欲告假歸里守喪。曾國藩奏準詔諭,照軍營慣例,穿孝服百日,戴孝管理營務,吳長慶遵詔而從。同治十一年,調駐江浦,督所部疏浚揚州、儀征鹽河,不久移屯江陰。兩江總督沈葆楨奏言:“長慶一軍,號令嚴肅,所駐之處,官民有戀戀不捨之意”,深得清廷讚賞。
督防東南
同治十三年,日本在台灣尋端肇釁,清廷令其添募慶字4 營,築江陰、江寧炮台,加強長江防務。時六合鄉民,因漕糧負擔沉重,聚眾嘩訴,沈葆楨令吳長慶速往處理。他隻身乘單騎,一夕至城下,將主謀誘至,許其不死,然後好言說服,立散其眾。吳長慶以為,“江寧漕糧之重,同於蘇、松二府,而六合與賊(太平軍)相抗最久,被害亦最酷,今二府減漕糧五十四萬,而江寧如故,富者且為能納,則貧者流亡日多……宜奏請減之。”沈葆楨深感言之有理,因有請減江寧五屬漕糧之奏。
光緒元年(1875 年),敘功授直隸正定鎮總兵,沈葆楨疏請留防江南,從緩赴任,清廷如所請行。光緒二年,寧國府(今宣城地區)天主教徒白會清、黃之紳、楊琴錫等,以教會之名,陵暴鄉里,誘匿少婦,恣其淫虐,激起民眾憤慨。鄉民萬人,奮呼雲集,用木棍將黃之紳、楊琴錫打死,放火燒毀教堂,白會清僅以身免。他挑動西洋教士構訟,為黃、楊二人報仇雪恨,衙門到處抓人,民眾疑懼不安,沈葆楨又遣吳長慶前往處理。吳長慶甫至,教士指控建平(今郎溪縣)人何諸為首,要立即將其斬首。何諸謁見吳長慶說:當時衙門亂抓亂捕,不得主名,民眾惶惶不可終日,為解釁息事,自請受戳。吳長慶認為,袒民不可,枉法徇教也不可,力排乾擾,查明事實真相,呈請何諸無罪,嚴懲教會不法行為。並建議沈葆楨親自審理此事。沈葆楨為其所言,事遂平息。吳長慶駐防江寧期間,江浦有條河名黑水河,年年水患為害,橫溢200 余里,民眾苦不堪言。吳長慶率部滅蝗,常行其河,悉知民眾疾苦,即建議疏通下游泉河、玉帶河,以根治黑水河水患。光緒四年秋,沈葆楨依其言奏請河事,委吳長慶以軍力治河。他受任後,從勘察到材料籌集,從兵力安排到工具配備,凡事身必躬親,苦戰2 年,將工程大部完成。其後大學士左宗棠總督兩江,繼續其事,直至完成,深為民眾讚頌。
光緒六年元月,吳長慶升浙江提督。十月,調任廣東水師提督,未赴任。時法國與越南構兵,沿海戒嚴,清廷命吳長慶幫辦山東軍務。適張之洞彈劾山東四鎮總兵驕悍,營規不整,清廷即令其查閱四鎮。並歸節制,吳長慶率所部屯駐登州。
平亂朝鮮
光緒八年,朝鮮禁軍叛亂,進犯王宮,殺戮大臣,王妃失蹤,並火燒日本使館,殺害使館人員,日發兵干預。中國駐日使節黎庶昌電告北洋大臣張樹聲,遣兵輪3 艘前往按治。但所派兵輪駛抵仁川停在日輪後部,士氣沮喪不能濟事。清廷聞奏,即令吳長慶率兵輪前往。七月,軍抵南陽府。日使挾兵前來談判,因條件苛求,談判不成,憤憤而去。吳長慶當機立斷,先占王宮,日使悔,乃就盟。慶軍入王宮時,其為首分子朝鮮王父大院君李昰應正在造兵聚黨,擴大事態。吳長慶將其誘至,筆談及暮,力勸不聽,即揮隊將其擁赴南海口,安置在登瀛洲船上,送往天津。第二天擊散亂黨,迎復王妃,將事態平息。清廷以吳長慶功最,賞三等輕車都尉,留鎮漢城。吳長慶駐朝2 年,組織朝鮮人民修道路,築橋樑,救災恤喪,示以恩信。回國時,朝鮮人民作歌相送。
光緒十年四月,吳長慶奉命移防金州,閏五月病逝。大學士直隸總督李鴻章疏請優恤,付史館立傳,準於立功地方,建專祠,謚 武壯,以其次子吳保初襲職主事。吳長慶好讀書,愛人才,時稱儒將。