主要事跡
1960年初，他參與紅旗渠工程設計。為了儘快繪製出紅旗渠施工藍圖，確保工程順利動工，他和其他工程技術人員一起，不畏艱險，爬山越嶺，實地勘測，翻閱大量資料，精心設計，每天工作到深夜。在短短的時間內，拿出第一本藍圖—— 《林縣引漳入林灌溉工程初步設計書》。紅旗渠要通過山崖河澗，地形地貌十分複雜，他和同事們在工作中解決了許多難題，設計出一些切合實際的建築物。如青年洞一段，原擬繞山挖明渠，工程量大，施工難度大，經過反覆考慮比較，吳祖太改進設計方案，採用鑿隧洞，讓渠道通過天險絕壁。在總乾渠跨越濁河的地方，他晝夜思考，拜訪附近山村老人。掌握河道地質基礎和水文資料後，和其他工程技術人員研究，科學地設計出“空心壩”，讓渠水從壩心通過，河水從壩頂溢流，解決渠水與河水交叉的矛盾。
1960年2月，紅旗渠工程動工後，吳祖太擔任工程股副股長，負責工程設計，既要依據勘測實況，繪製每項工程設計圖紙，還要考慮每個工段施工的安全措施，工作十分忙碌，但他不叫一聲苦。他沒明沒夜地在工地上奔波，總感力不從心，恨不能生出三頭六臂。有一天他跑到盤陽村南邊的鳳凰山工地，發現已經挖了五六天的渠道，竟不是測定的渠線，自己感到非常內疚，及時講明情況，予以糾正。這件事引起的教訓，深深地刻在他的心裡。
英勇犧牲
渠首攔河大壩挖了l米深，被水淹沒，吳祖太趕到工地，尋求解決辦法，又制定新的方案，解決了施工困難。同年3月，他發現王家莊隧洞有幾處裂縫，當即和民工研究防險辦法。為保證施工安全，他把原設計的“單孔洞”改為“雙孔洞”，這樣既能縮小洞頂跨度，又能確保隧洞更加堅固。1960年3月28日下午，他聽說王家莊隧洞洞頂裂縫掉土嚴重，出於對人民民眾安危的高度負責，與姚村公社衛生院院長李茂德深入洞內察看險情，不幸洞頂坍塌，奪去他年輕的生命，終年27歲。
吳祖太犧牲噩耗傳到縣委會，楊貴非常痛心地流出了眼淚，心情久久沒有平靜。立即成立治喪委員會，召開追悼大會，悼念這位為紅旗渠建設作出巨大貢獻的水利工程技術人員。根據吳祖太生前在林縣水利建設上所作出的貢獻，縣委追認他為中國共產黨正式黨員。
