內設機構
局內設水電管理科、建設管理科、水能管理科、財務科、人事科、辦公室等6個科室，現有職工17人,其中：局長1人，副局長2人(其中1人黨支部書記兼副局長)，黨員11人，具有大專以上學歷的14人，中級職稱3人，高級職稱10人。小水電局較多的地（市）級水利局設水電管理站，有關縣(市、區)水電(利)局設小水電科，吉林省水利系統地方小水電現有職工5164人，其中技術人員2062人。
主要職責
（一）貫徹執行《中華人民共和國水法>》、《中華人民共和國水土保持法》等法律、法規，結合本省實際，研究制訂水利工作的方針、政策，起草地方性法規、規章草案，經審議通過後，負責組織實施和監督檢查。
（二）組織制訂全省水利發展規劃、中長期和年度計畫；組織制訂全省主要江河的流城（區域）綜合規劃和有關專業規劃，並負責監督實施。
（三）統一管理全省水資源;負責組織全省水資源的監測和調查評價;會同有關部門制訂全省和跨地區水長期供求計畫水量分配方案並負責監督管理；組織實施取水許可制度；歸口管理全省節約用水工作；對水資源保護實施監督管理；受省政府委託協調處理部門之間和地區之間的水事糾紛。
（四）主管全省河道、水庫、湖泊、人工水道、行洪區、滯洪區、蓄洪區、河口灘涂和海堤等水域及岸線；負責主要江河、湖泊的綜合治理和開發。
（五）主管全省防汛防旱工作和水土保持工作，負責省防汛防旱指揮和省水土保持委員會的日常工作。
（六）管理全省農村水利、鄉鎮供水、人畜飲水和農村基層水利服務體系的建設工作；負責城市地表水供水水源建設。
（七）組織建設和管理全省水利系統的水電站及小電網；負責國家安排的農村水電電氣化縣建設。
（八）對全省水文工作實行行業管理。
（九）對全省水工程建設進行行業管理；負責組織建設和管理具有控制性的或者跨地區的重要水工程；對全省水利工程、水利綜合經營實行行業管理。
獲得成就
通過幾十年水電事業實踐，培養造就了吉林省這支政治素質高，業務能力強的小水電專業隊伍。在各級政府的高度重視和熱情關懷下，健全並完善了全省地方水電管理體系。從規劃、可研、初設、施工到運行管理步入了規範化軌道，省地方水電管理體系真正成為了小水電事業發展的領導核心和管理中樞。1994年9月省人大通過了《吉林省地方水電管理條例》。這標誌著我省走上了依法管理小水電的軌道。我們不僅建立健全了內部管理規章制度和約束機制，同時還會同省技術監督局在全國首家制定頒發了地方水電行業管理標準：吉林省《水電系統水電管理》標準、《水電系統送電線路管理》標準、《水電系統變電所管理》標準、《水電系統配電線路管理》標準、《水電系統電能計量管理》標準等行業管理標準。使吉林省地方小水電事業健康有序的發展，並取得了優異成就。先後由國家計委、水利部授予全國水利系統省級管理單位電力安全管理先進集體、全國水利系統節約能源先進集體、全國農村水電系統電氣化建設先進集體，安全生產先進集體等稱號。有25人次受到國家有關部委的表彰和獎勵。
其他事項
（一）省防汛防旱防風總指揮部辦公室掛靠省水利廳。組織、協調、監督、指揮全省防汛防旱防風防凍工作，對重要江河湖泊和重要水利工程實施防汛抗旱調度和應急水量調度；負責全省水旱災情發布，指導、監督重要江河和水庫的抗洪搶險工作；負責編制全省防汛防旱防風防凍應急預案並組織實施；指導水利突發公共事件的應急管理工作；承擔省防汛防旱防風總指揮部的日常工作。核定行政編制18名，其中：主任1名（由副廳長兼任）、副主任5名。後勤服務人員數3名。
（二）設立省水庫移民工作局，為省水利廳直屬行政單位。負責全省水利水電工程移民安置管理工作；負責對口支援三峽庫區工作；按職責開展全省新建、擴建、除險加固水利水電工程征地補償和移民安置工作；協調全省水利水電工程移民（包括以發電為主的新豐江等七大省屬水庫移民和安置在本省的三峽工程外遷移民）後期扶持管理工作。其機構編制另行核定。
（三）水利水政監察局，為省水利廳直屬行政單位，正處級。負責對有關法律、法規的執行情況實施監督檢查；承擔重大涉水違法事件的查處，協調跨地級以上市的水事糾紛；依法徵收水資源費及其他費用；指導區域、流域水行政執法。其編制和領導職數另行核定。
（四）水資源保護與水污染防治的職責分工。省水利廳負責水資源保護，省環境保護廳負責水環境質量和水污染防治。兩部門要進一步加強協調與配合，建立廳際協商機制，定期通報水資源保護與水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。省環境保護廳發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。省水利廳發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應當與省環境保護廳協商一致。
（五）河道采砂管理的職責分工。河道采砂管理體制按《廣東省河道采砂管理條例》的規定執行，省水利廳對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責，省國土資源廳對保障河道內砂石資源合理開發利用負責，廣東海事局對河道采砂影響通航安全負責。由省水利廳牽頭會同省國土資源廳、省交通運輸廳等部門，負責河道采砂監督管理工作。
