“合肥工業大學汽車工程技術研究院”（以下簡稱“汽車研究院”）是學校專職科研機構，於2016年6月，由新能源汽車工程研究院、汽車技術與裝備國家地方聯合工程研究中心與原汽車工程技術研究院合併而成。其中，新能源汽車工程研究院由合肥工業大學聯合安徽江淮汽車集團有限公司和安徽巨一自動化裝備有限公司於2009年7月成立。此外，汽車研究院還並列有合肥市政府於2010年10月批文成立的“合肥新能源汽車研究院”，以及含有 2014年8月在合肥巢湖經濟開發區建立的“合肥工業大學新能源汽車研究院合巢經開區分院”。同時，汽車研究院還負責“合肥工大汽車研究院有限公司”運營管理。
汽車研究院以新能源汽車整車開發、核心技術攻關、產品開發及其產業化、研究生培養、以及服務地方政府推進新能源汽車示範運行與產業發展為使命。目前擁有專業技術人員50餘人，試驗設備價值近10000萬元。研發成果包括江淮iEV1至iEV6（愛意為）系列純電動轎車、iEV增程式混合動力轎車、電動汽車電機及其控制器、電池管理系統（BMS）、整車控制器（VCU）等系列產品，其技術水平處於國內、部分處於國際領先地位。汽車研究院目前牽頭或聯合企業開發純電動轎跑車和純電動物流車，並推進其產業化進程，其中研究院的動力電池管理系統（BMS）成果及電驅動系統成果均實現產業化，由孵化企業向產業鏈提供產品。
汽車研究院目前正聯手中國汽車技術研究中心的天津汽車檢測中心全力推進“國家智慧型網聯電動汽車質量監督檢驗中心（合肥）”建設，該中心建於合肥工業大學智慧型製造技術研究院，預計試驗檢測設備投資10億元，2016年啟動建設，計畫2019年全部建成。建成後 ，將實現新能源汽車安全國家重點實驗室、國家新能源汽車檢驗檢測中心等目標，能夠為節能與新能源汽車技術與產品研發、高層次人才培養和推動安徽省汽車產業轉型升級等作出重要貢獻。同時，汽車研究院正在開展“安徽新能源汽車遠程服務與數據研究中心”建設，計畫2017年6月建成使用。
汽車研究院與江淮汽車、奇瑞汽車、上海汽車、北京新能源汽車、杭州長江新能源汽車等汽車企業，以及與國軒高科、中鹽紅四方鋰電、巨一自動化、北京簡式汽車設計等等產業鏈企業，以及與美國俄亥俄州立大學汽車研究中心、澳大利亞悉尼科技大學汽車學院等單位，建立了廣泛的產學研合作及國際合作關係。2012年12月5日美國副國務卿羅伯特˙霍爾邁茨一行、2015年5月15日美國駐上海總領事史默克一行和2016年5月美國駐華大使馬克斯.西本.博卡斯一行等美國官員先後慕名專程到訪汽車研究院。
