人物生平
討滅王恭
隆安元年（397年），青兗二州刺史王恭以討伐王國寶之名起兵，成功逼使司馬道子賜死王國寶並處死王緒。
當時司馬元顯十六歲，擔任侍中，很厭惡王恭，勸說父親司馬道子討滅他。司馬道子於是以司馬元顯為征虜將軍，並將自己原衛將軍府（曾納入驃騎將軍府）和徐州刺史府屬僚撥給司馬元顯。
隆安二年（398年），王恭以討伐司馬道子心腹譙王司馬尚之的藉口再度舉兵，更聯同了荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄、豫州刺史庾楷。面對如此情形，司馬元顯力主司馬道子討伐，但司馬道子沒有對策，不知所為，只得終日喝酒，將討伐之事都交託給司馬元顯。司馬元顯雖然年輕，但聰明且多所涉獵，果斷敏銳，以社稷安危為已任，連與他一起開會討論的人都稱他有晉明帝神武之風。司馬元顯於是受命為征討都督、假節，統率王珣、謝琰等對抗王恭，司馬尚之亦參戰。
起初司馬尚之擊敗了庾楷，但荊州來赴的桓玄及後卻大敗司馬尚之等人，並且進軍石頭城。司馬元顯於是從竹里撤還建康，並率王愷、桓放之、溫詳等守戍石頭城抵抗桓玄等，又以王珣和謝琰分戍北郊及宣陽門守備。另一方面，司馬元顯得知王恭部下北府軍將領劉牢之對王恭甚為忿恨，於是派了廬江太守高素去遊說他叛離王恭，並許諾事成後以劉牢之接任王恭之位。劉牢之最終歸降朝廷，並倒戈進攻王恭，致使王恭兵敗被擒，再押解京城處死了他。
王恭死後，殷仲堪等荊州軍團退守尋陽，拒絕接受朝廷任命。由於朝廷不知荊州軍團的虛實，於是司馬元顯仍以嚴兵相拒，情勢緊張，內外憂懼。司馬道子命司馬元顯領甲杖百人入殿防衛。不久，加司馬元顯散騎常侍、中書令，兼領中領軍，持節、都督如故。同年殷仲堪終接受朝廷安撫，各還其州，危機才得以解決。
奪權執政
隆安三年（399年），司馬道子患病，同時亦沉溺飲酒，每天都在酒醉中。司馬元顯知道父親的聲望已不再，於是暗示朝廷解除其司徒及揚州刺史職務，並自任揚州刺史。司馬道子知道後大怒但不能作什麼。司馬元顯自以年輕，不想短時間內接受父親兩項重要職位，於是以琅邪王司馬德文為司徒。同時司馬元顯信任廬江太守張法順，以其為謀主，又樹立自己的黨羽，桓謙以下的門閥權貴子弟都與其交往。
紊亂朝綱
司馬元顯當時為增加兵源，於是下令三吳各公卿以下，原為官奴而被門閥轉為蔭客的人移置建康，號稱為“樂屬”，但惹來當地門第士族的不滿。
孫恩就正值當時三吳民心不穩，於是自海島進攻上虞，及後更攻陷會稽，三吳八郡皆回響孫恩。面對如此局面，朝廷內外戒嚴，司馬元顯以中軍將軍討伐孫恩，並命謝琰率兵討伐。不久謝琰與劉牢之暫時擊退孫恩，八郡稍為安定，加司馬元顯錄尚書事。當時司馬道子父子皆錄尚書事，但司馬道子已經將朝政都交了給司馬元顯處理，於是住西府的司馬元顯被稱“西錄”，每天拜訪的人眾多，門庭若市；而稱“東錄”的司馬道子府則門可羅雀。但司馬元顯並無良師益友，親信都好阿諛奉承的奸佞小人，都稱他為一時英傑、風流名士。司馬元顯於是漸漸變得驕傲豪侈，更暗示禮官建立禮儀，以自己德高望重且總掌國事，應該受最大的恭敬。接著公卿以下見司馬元顯都下拜，其生母劉氏更獲加號會稽王夫人，賜金章紫綬。而當時因為戰事頻生，國庫虛耗枯竭，但司馬元顯聚斂錢財，比皇室還富有。
隆安四年（400年），孫恩再度從海島進攻，駐守會稽的徐州刺史謝琰戰死，司馬元顯於是求領徐州刺史，加侍中、後將軍、開府儀同三司、都督揚豫徐兗青幽冀並荊江司雍梁益交廣十六州諸軍事。同年十二月戊寅日，有彗星出現在天津，司馬元顯以此解錄尚書事，但又加授尚書令。當時吏部尚書車胤不滿司馬元顯驕傲放縱，於是去見司馬道子，請他禁抑司馬元顯。司馬元顯知道後就去問司馬道子究竟和車胤說了什麼，但司馬道子不答。司馬元顯一直追問，司馬道子於是怒道：“你想幽禁我，不讓我和朝士見面！”司馬元顯認為車胤離間其父子，於是暗中派人譴責車胤，車胤嚇得自殺。
輕率討玄
隆安五年（401年），孫恩再度進攻，被劉牢之擊退後沿海北上，進逼京口，司馬元顯以柵阻斷孫恩水軍過石頭城，又率兵拒戰，但屢戰不利，建康危急，只因北府軍將領劉裕擊敗孫恩，最終令孫恩北走江北才解決危機。不過同時，荊州刺史桓玄借孫恩威脅京師的機會，聲言率兵討伐。司馬元顯在孫恩軍退後就下詔書阻止桓玄，桓玄唯有罷兵。不過司馬元顯對桓玄十分畏懼，張法順亦勸司馬元顯出兵消滅桓玄。司馬元顯於是派張法順到京口聯結劉牢之，但劉牢之有遲疑之色。張法順回去後就認為劉牢之有貮心，建議司馬元顯殺了他。司馬元顯拒絕。
元興元年（402年）正月，司馬元顯升驃騎大將軍、征討大都督，都督十八州諸軍事，加侍中、黃鉞、班劍二十人，並下詔討伐桓玄，命劉牢之為前鋒都督。當時張法順建議司馬元顯逼劉牢之殺桓謙以示其忠心，亦可除了桓謙這個桓玄耳目，但司馬元顯認為沒有劉牢之就不可能打敗桓玄，而且若劉牢之不肯，戰前誅殺大將不利人心，認為不可取，於是拒絕。不過當時司馬元顯有意盡誅諸桓，只因桓脩舅王誕勸阻司馬元顯才沒成事。司馬元顯亦決定以桓謙代桓玄為荊州刺史，以其父桓沖在荊州的名望博取荊州人支持。
司馬元顯的大軍將出發時，桓玄從兄驃騎長史桓石生派使者飛馬告知桓玄，桓玄便決定順江抵抗，更傳檄京師，列舉司馬元顯罪狀。二月丙午日，晉安帝在西池為司馬元顯餞行，及後司馬元顯就登船準備出發，但卻遲遲未發。桓玄到尋陽時仍未見朝廷軍隊，於是十分高興，士氣上升。而原先答應當內應的庾楷被桓玄發現圖謀，被囚禁，而朝廷亦派了齊王司馬柔之以騶虞幡命桓玄罷軍，但被桓玄前鋒所殺。二月丁卯日，桓玄至姑孰，派軍擊敗並俘虜司馬尚之，司馬休之棄城逃走。前鋒都督劉牢之卻怕擊敗桓玄後會不容於司馬元顯，竟想借桓玄除去司馬元顯後再伺機消滅桓玄，所以一直不肯出軍。而劉牢之亦因司馬元顯日夜酒醉而未得見，安帝餞行時亦未見司馬元顯對其禮待重視，所以於三月就投降了桓玄。
兵敗被殺
時桓玄逼近建康，司馬元顯才打算出發，但聽到桓玄已到新亭後棄船，退屯於國子學堂。在宣陽門外列陣，但軍中有言桓玄已到，司馬元顯於是打算領兵回宮城，但桓玄軍隊中有人拔刀從後大叫：“放仗！”司馬元顯軍隊自潰，司馬元顯僚屬皆已散走，唯張法順伴隨。司馬元顯入相府向司馬道子問計，但司馬道子只能對其哭泣。桓玄隨後派毛泰收捕司馬元顯，並縛他於舫前數落他，司馬元顯只得說：“是被王誕、張法順誤了。”
桓玄入京執掌朝政，將司馬元顯交付廷尉，於是殺害了司馬元顯及其六個兒子，司馬尚之、庾楷、張法順、毛泰等皆被處死。緊接著桓玄又指使御史杜竹林以毒酒害死其父司馬道子。
元興三年（404年），劉裕舉義兵擊敗桓玄，大將軍、武陵王司馬遵承制追贈太尉，賜謚為忠。
歷史評價
晉孝武帝：元顯夙令光懋，乃心所寄，誠孝性蒸蒸，至痛難奪。
司馬道子幕僚：有明帝神武之風。
《晉書》敘述：1、聰明多涉，志氣果銳。 2、元顯性苛刻，生殺自己。
《晉書》史臣曰：元顯以童丱之年，受棟樑之寄，專制朝廷，陵蔑君親，奮庸瑣之常材，抗奸凶之臣寇，喪師殄國。不亦宜乎！斯則元顯為安帝之孫強，道子實晉朝之宰嚭者也。列代之崇建維城，用籓王室；有晉之分封子弟，實樹亂階。
家庭成員
•祖父：晉簡文帝司馬昱
•父親：司馬道子，初封琅邪王，後徙封會稽王。因司馬元顯兵敗，被桓玄遣御史杜竹林毒害。
•生母：劉氏，因司馬元顯有功，封會稽王夫人，金章紫綬。
•兒子 1.司馬彥璋，封東海王，與其父一同被殺。史載司馬元顯連同六名兒子一併處死，其中當包括司馬彥璋。 2.司馬法興，元顯第五子。 3.司馬秀熙，劉裕滅偽桓楚後，聲稱是逃入蠻中的司馬元顯子，獲會稽太妃肯定。後因被劉裕查驗證實為奴僕勺藥所冒而被殺。 4.司馬天助，自稱是司馬元顯之子，北魏封東海公，拜侍中、征東將軍、青兗二州刺史。後從駕北征，在戰陣中死亡。
史籍記載
《晉書·卷64·司馬元顯傳》
《晉書·卷82·徐廣傳》
《魏書·卷96·僭晉司馬叡傳》
《魏書·卷37·司馬天助傳》
《北史·卷29·司馬天助傳》
《資治通鑑》卷109、卷110、卷111、卷1
藝術形象
作者酥酥麻麻的小說《穿越東晉末年》中第四十八章就對司馬元顯進行了小說人物的塑造。
