機構設定
台州海關下設辦公室（法規室）、人事政工科、綜合業務科、監管通關科、加工貿易監管科、稽查科、技術科、財務裝備科、機關服務中心、駐臨海辦事處、駐溫嶺辦事處。
職責許可權
1、辦公室（法規室）
主要職責：
（1）負責對國家及上級海關的方針政策、法律、法規及各項業務規定提出貫徹意見，並檢查、指導、督促落實。
（2）擬定和編制本關工作計畫，並協助和組織實施。
（3）負責關區內和部門間的工作協調，溝通信息。
（4）組織本關有關綜合性材料的撰寫，審核以本關名義外發的各類檔案、材料，並報關領導簽發。
（5）協助組織召開關長辦公會議、關務會議和業務研討會等，牽頭組織、協調、督辦各項重要工作。
（6）協調有關科室和對外工作關係，協助關領導加強關內外聯繫，建立本關良好的工作秩序。
（7）負責本關信息外宣工作的組織、指導，審核本關上報和外發信息。
（8）負責本關法制工作。
（9）抓好本關行政事務工作，制定行政接待計畫，做好接待工作。
（10）做好本關機要保密和信息安全工作，督促落實各項機要保密制度。
（11）抓好本關文書和檔案管理工作，檢查督促檔案的收發、登記、催辦、傳遞、立卷歸檔以及（文書）檔案的整理歸檔工作及業務檔案的協調管理工作。
2、人事政工科
主要職責：
（1）貫徹上級各項人事教育工作方針、政策和規定，擬定本關有關人事教育工作的實施方案。
（2）負責本關公務員及其他工作人員的錄用、調配、政審、考核、獎懲、交流、任免、辭職、辭退、迴避、申訴控告以及因公因私出國（境）等項工作的管理；負責後備幹部的選拔、培養和管理工作。
（3）負責本關機構設定、人員編制、領導職數、職能調整的申報和管理工作。
（4）負責本關公務員和其他工作人員的勞動工資、福利、休假、獎勵、醫療保險、勞動用工保險制度等工作的管理；負責本關公務員的專業技術職稱的申報和本關工勤人員技術等級的聘任管理工作。
（5）負責本關離退休幹部和工勤人員的管理工作，按幹部管理許可權辦理退休手續；負責本關人事檔案的管理和本關人事統計。
（6）負責本關編外計畫內契約用工的指標申報、錄用、辭退審批和酬薪核定等工作。
（7）負責本關公務員關銜的授予、晉級、降級、取消等項的審核、報批工作。
（8）負責擬定本關幹部教育培訓計畫，組織崗位和業務理論培訓；負責本關報關員資格全國統一考試工作；負責本關各類成人院校培訓的推薦選送工作以及學歷教育管理；負責業務尖子能手競賽和評比的組織推動工作。
（9）負責貫徹落實幹部隊伍思想政治工作的方針政策和黨的建設；制定本關思想政治工作和基層建設規劃並組織實施；負責組織思想政治工作，並對本關思想政治工作、基層建設等工作進行監督、檢查、指導；負責聯繫、協調、落實中共台州市直機關工委等有關工作。
（10）負責組織開展黨風廉政建設和反腐敗工作；負責開展執法監察工作；開展反腐倡廉的宣傳和教育工作；協調有關部門建立建全內部監督管理制度等工作。
（11）負責協調組織本關的執法評估工作；運用“內控系統”進行內部監控、績效評估等工作。
（12）負責本關安全保衛、消防、集體戶口、計畫生育等的職能管理和監督負責承辦上級海關交辦的各類專項審計等工作。
3、綜合業務科
主要職責：
（1）負責特定減免稅申請的受理及審核，並提出征免意見。
（2）負責辦理企業特定減免稅進口貨物抵押貨款手續。
（3）負責辦理企業特定減免稅進口貨物解除監管手續。
（4）負責受理企業特定減免稅進口貨物的結轉審批手續。
（5）負責特定減免稅進口貨物的後續管理其他項目。
（6）負責本關貿易統計數據的審核（不包括下屬辦事處）。
（7）負責本關CSD系統數據的提取、核實、上報工作。
（8）負責每月定期編制海關刊物。
（9）負責指導、協調本關業務統計工作，匯總、覆核、上報本關業務統計數據。
（10）負責維護本關業務統計指標參數。
（11）負責本關統計分析和統計監督工作，對進出口情況及時進行預警監測。
（12）負責統計諮詢工作。
4、監管通關科
主要職責：
（1）負責辦理進出口貨物的接單審核和稅費徵收。
（2）負責進行實物驗估和進出口貨物完稅價格的審定和上報。
（3）根據各崗位的風險信息提示和貨物的風險信息對貨物進行風險布控。
（4）負責提取樣品、登記和送檢工作。
（5）負責辦理進出口貨物報關單的修改和撤消。
（6）負責進出口商品預歸類和商品編碼的審定。
（7）負責按規定許可權和程式受理、審核、審批（轉報）企業的擔保、滯報金、溢短稅款退補稅等申請。
（8）負責催繳欠稅。
（9）負責實物查驗和放行貨物。
（10）負責對海關監管場所的進出場的貨物管理，卡口聯網管理和場地運作的監督管理。
（11）負責辦理出口轉關運輸貨物的轉關審核和製作關封；核銷進口轉關運輸貨物。
（12）負責辦結進出口貨物結關手續後，簽發進出口貨物報關單證明聯。
（13）負責計核涉嫌走私、違規的貨物、物品偷逃稅款。
（14）負責辦理長駐機構的公用物品和非居民長期旅客的自用物品審批等行郵業務。
（15）負責辦理轉關車輛的核准。
（16）負責進出口報關單的理單和裝訂歸檔。
5、加工貿易監管科
主要職責：
（1）負責辦理加工貿易契約的備案、變更、延期、單證核銷等業務。
（2）負責辦理加工貿易企業申請外發加工、余料結轉、內銷徵稅、放棄等業務。
（3）負責辦理加工貿易深加工結轉備案業務。
（4）負責受理企業設立保稅倉庫的申請及辦理相關料件出入庫的審批、核銷業務。
（5）負責加工貿易的信息化管理。
（6）負責本部門的統計業務。
（7）負責加工貿易契約備案審核及貨物內銷徵稅環節的歸類和審價業務。
（8）負責收集、整理本部門發現的各類風險信息，並向相關部門傳遞。
（9）負責加工貿易契約檔案的管理。
（10）負責對下屬辦事處加工貿易單證作業進行職能管理。
（11）負責對加工貿易運行情況進行動態分析、監控。
（12）負責加工貿易風險信息的收集、分析、處置及反饋工作。
（13）負責加工貿易單耗的製作、維護和核查。
（14）負責對加工貿易企業進行巡查、抽查、核查、盤查工作。
（15）負責本部門的統計業務。
6、稽查科
主要職責：
（1）負責轄區一般貿易貨物的稅後稽查、加工貿易貨物的核銷後稽查、減免稅貨物的審批後稽查等工作。
（2）負責轄區海關風險管理工作。
（3）負責落實轄區貿易和市場調查工作。
（4）負責轄區企業、報關員註冊和分類管理。
（5）規範轄區企業進出口行為。
（6）負責處理智慧財產權海關保護的案件查處工作。
7、技術科
主要職責：
（1）負責本關及各辦事處通關作業及海關其他業務工作所需的技術開展和技術保障工作。
（2）負責本關及各辦事處信息網路、計算機、通訊、檢查、防偽等設備及計算機系統的建設、規劃、運行、檢查和安全監控等工作。
（3）運用“內控”系統進行內部監控、風險管理和績效評估。
8、財務裝備科
主要職責：
（1）負責擬定財務相關規章制度。
（2）負責編制各項經費預算、決算工作。
（3）負責財務報銷工作。
（4）負責海關經費、緝私警察經費、地方補助款、稅收、稅費、機關服務中心、住房基金、基建帳的制單、覆核、記賬工作。
（5）編制和報送各類會計報表，行政事業性收費票據和各類發票、收據的領用、保管和核銷。
（6）負責會計憑證、賬冊、報表的整理、裝訂和歸檔工作。
（7）負責工資表的調整和個人所得稅的計算工作。
（8）負責私貨拍賣工作。
（9）負責關產管理工作。
9、機關服務中心
主要職責：
（1）根據總署及總關的有關方針政策，負責組織開展台州海關日常的後勤服務工作。
（2）加強行車安全教育，做好海關車輛的有效調度及車輛保養，保證業務開展。
（3）做好安全保衛工作及台州海關所屬大樓、場所的物業保潔與綠化工作，確保海關業務工作順利開展。
（4）做好食堂管理工作，確保就餐安全、衛生。
（5）做好各類會務接待工作，確保周到、合理。
（6）有效利用科技力量，做好對外的科技服務，創造效益。
（7）受海關委託，做好海關業務知識的對外培訓服務。
10、臨海辦事處
台州海關駐臨海辦事處是隸屬於台州海關的派出機構，下設綜合和業務兩個科，管轄臨海市、三門縣、天台縣、仙居縣，主要負責對轄區內進出口貨物、及運輸工具及其服務人員的監管、徵稅和統計，對現場走私、違規案件進行調查、移交。
11、溫嶺辦事處
台州海關駐臨海辦事處是隸屬於台州海關的派出機構，下設綜合和業務兩個科，管轄溫嶺市、玉環縣，主要負責對轄區內進出口貨物、及運輸工具及其服務人員的監管、徵稅和統計，對現場走私、違規案件進行調查、移交。
