名稱由來
“番禺”之名，戰國時已有。《水經注·泿水篇》：“泿水東別經番禺，《山海經》謂之賁禺者也。”《山海經》載“桂林八樹在賁禺東”，郭璞註：“今番禺。”漢初的史料亦多處提到“番禺”，或亦書作“蕃禺（隅）”，即指今廣州番禺一帶，是當時嶺南最為重要的聚落，已形成地區性的政治、經濟中心，亦是廣東境內最早見於古史的地名。
“番禺”之得名，歷來說法不一。主要有三：
以上三說，未有定論。歷代省志、府志、縣誌，多持“二山”說。中國不少地方有因山川而命地名的慣例，多數人相承古說，認為番禺是因番山、禺山而得名。
古番禺廣州老城區
秦始皇三十三年（公元前214年），秦始皇派任囂、趙佗率軍南下，統一嶺南。任囂平定嶺南後，出任南海郡尉並在南海郡番禺縣內建城作為郡治，因處番山和禺山故起名為“番禺城”（史稱“任囂城”，範圍現今的倉邊路以西，越秀區倉邊路以西的兒童公園（廣州南越國宮署遺址）、廣州市文化局、廣東省財政廳一帶）。秦朝末，南海郡尉任囂病危時召見龍川縣令趙佗，謂番禺“負山險阻南海”，“可以立國”，並假託秦廷命令，委趙佗代理南海郡尉。漢高祖三年(前204年)，趙佗自立為南越王，定都番禺，今廣州市越秀山即為當年越王所名。《史記·卷129·貨殖列傳》云：“番禺亦其一都會也”，是當時全國九大都會之一。
漢武帝元鼎六年(前111年)，平南越，將南越地重新劃為9郡，番禺仍為南海郡治。其後，漢朝廷為了監督各郡官吏，設了13個常駐監察機構，其中設在蒼梧郡廣信縣(今封開縣)的交趾部負責糾核嶺南9郡。後來，交趾部改為交州，兼擁有軍政大權，地方政權由郡、縣二級變為州、郡、縣三級。赤壁之戰後，魏、蜀、吳三國鼎立局面逐漸形成，東吳孫權占據長江中下游後，向南擴張略取交州，任命步騭為交州刺史。步騭東 下番禺城考察，《水經注》對此記載說：“騭到南海，登高遠望，睹巨海之浩茫，觀原藪之殷阜，乃曰‘斯誠海島膏腴之地，宜為都邑’。建安二十二年(公元 217年)遷州番禺，築立城廓。”州治從廣信遷到番禺後，平整番山北部，修復並擴建“佗城”。吳黃武五年(226年)，分交州為交、廣二州，廣州由此得名，州治即設番禺。此後1700多年間，番禺大都是地方一、二、三級政權所在地。
隋文帝開皇十年(590年)，撤銷南海郡，改番禺縣為南海縣，隸屬廣州總管府。仁壽元年(601年)，改廣州為番州。隋煬帝大業三年(607年)，改州置郡，恢復南海郡，隸屬揚州。
唐高祖武德四年(621年)廢南海郡，復置廣州，再置番禺縣(一說在長安三年即公元703年復置番禺縣)，縣治設江南洲(今廣州河南)。唐太宗貞觀元年(627年)置嶺南道，廣州屬嶺南道。長安三年(703年)，置嶺南五府經略使，總管嶺南五府，復置南海郡。鹹通三年(公元862年)嶺南劃分東、西二道，嶺南東道治廣州，西道治邕州(今南寧)。兩廣分東、西，自此始。
唐朝末，農民起義，群雄割據。公元917年8月，劉龑(yǎn)稱帝於番禺(廣州)，國號大越，後改稱漢，史稱南漢，設興王府。番禺隸興王府。
宋太祖開寶四年(971年)，滅南漢，廢興王府，改為廣南東區，置廣州都督府。翌年，撤銷番禺縣，併入南海縣。至道三年(997年)改廣南東區為廣南東路。皇祐三年(1051年)恢復番禺縣，縣治設城東紫泥港(巷)。乾道六年(1170年)改為廣東路廣州府。祥興元年(1278年)廣州改為翔龍府。番禺沿為府治。
元朝至元十七年(1280年)，改翔龍府為廣東道廣州路。上隸江西行省。至元三十年改為廣東道上路。皇慶元年(1312年)復稱廣東道廣州路。番禺沿為道治、路治。
明太祖洪武元年(1368年)，改為廣東道廣州府。二年改為廣東行省廣州府。九年改為廣東布政司廣州府。番禺沿為府治，隸廣州府。
清朝順治四年(1647年)，設兩廣總督。地方政權分省、道、府、縣四級。番禺屬廣東省廣南韶道廣州府，沿為省、道、府治。
中華民國元年(1912年)，廢廣州府，番禺屬廣東省粵海道。民國7年(1918年)，廣州設市政公所。民國10年(公元1921年2月15日)，廣州市政廳正式成立，廣州正式設市。故古時所稱的“番禺”城通常是指今天的廣州中心老城區，而非現在的廣州市番禺區。
今番禺廣州番禺區
中華民國10年（1921年2月15日），廣州市政廳成立，廣州正式設市。番禺縣府仍居於廣州市內。民國22年（1933年），番禺縣府從廣州老城區移至新造。抗日戰爭期間番禺淪陷後，原國民黨縣政府流亡三水、沙坪、威井等地(汪精衛偽番禺縣府駐廣州市東山區)。1945年抗戰勝利後，番禺縣政府移治市橋，初在先鋒巷謝氏祠堂。
1949年10月番禺解放，隸屬廣東省珠江三角洲地方軍事管制委員會。
1950年3月至1952年11月，隸屬珠江地區專員公署。
1952年12月至1956年1月，隸屬粵中行政公署。
1956年2月起，隸屬佛山專員公署。
1958年12月15日至1959年6月10日，番禺、順德合併為番順縣，縣治設大良鎮，其間一度改隸廣州專員公署。
1959年6月10日恢復兩縣建置，並將中山縣屬的大崗、萬頃沙、南沙、黃閣等地劃屬番禺，縣府沿設市橋。
1975年1月，改隸廣州市。
1992年5月20日，民政部批覆（民行批49號）：經國務院批准，撤銷番禺縣，設立番禺市（縣級），仍由廣州市管轄。6月18日，番禺舉行撤縣設市掛牌儀式。
2000年5月21日，國務院同意廣東省撤銷番禺市設立廣州市番禺區，7月10日，番禺區舉行撤市設區掛牌儀式。
番禺轄區變化
番禺建縣之初，境域廣闊。北隔洌江與中宿(今清遠)相鄰，東與博羅(今博羅、惠陽一帶)相接，西與四會(今四會、鶴山一帶)相連，南止於濱海之地，相當於現縣境的十多倍。
自漢朝建安六年(201年)至清朝康熙二十五年(1686年)的近1500年間，先後析出增城、東官(東莞)、懷化、熙安、南海、從化、花縣(今廣州市花都區)等，並由這些縣再析出龍門、香山(中山)、新安(寶安)、順德、三水等縣以及香港、澳門地區。在歷史上番禺兩度併入南海計有110年，三度成為南越、南漢、南明的 小國之都，共148年。自1686年(清康熙二十五年)析地建花縣後，至1921年廣州建市的235年間境域基本沒有變動。以當時縣學宮(今廣州農講所) 為中心，正北48里(華里)至花縣界，正南35里至順德縣界，正東51.5里至增城縣界，正西1.5里至南海縣界，東北70.5里至從化縣界，東南75里 至東莞縣界，西北2里及西南3.5里至南海縣界。
1921年(民國10年)廣州正式建市，捕屬(廣州市東半部)及河南街區劃為市區。其後數年，近郊鄉村相繼劃屬廣州市區。
1949年建國後，分數次將禺北、禺東（現白雲區、天河區、黃埔區、蘿崗區）一帶劃入廣州市區。
1959年，原屬中山縣的大崗、萬頃沙、南沙、黃閣、珠江農場劃歸番禺。
2005年4月28日，國務院批准（國函35號）同意設立廣州市南沙區：將番禺區的南沙街道和萬頃沙鎮、橫瀝鎮、黃閣鎮，靈山鎮部分區域，東涌鎮部分區域共544.12平方公里劃歸南沙區管轄。
