主線劇情
“喂，小孩，小心草叢！”這個聲音的主人是大木博士。
妙蛙種子正當少年R要獨自出村，博士把他叫住了，並告知草叢裡棲息著著野生的精靈，除非上邊帶著自己的精靈，不然會很危險……然後將少年帶到了他的研究所。
故事就這么拉開了序幕，玩家所扮演的角色就是名叫R的少年(當然你也可以自己取名字),住在真新鎮（マサラ）。隨著博士到達研究所，同時遇上了博士的孫子，名字叫小茂的少年(當然也可以自己取名字，就起你的仇人的名字吧)。博士讓你在他所擁有的三隻精靈中任選一隻相贈（三隻精靈分別為：小火龍、傑尼龜、和妙蛙種子，均能有兩次進化），選個你喜歡的吧。挑好後，小茂也選了一隻（在屬性上克你的），並向我提出挑戰。作為開盤戰(建議離開屋子前看看你房間的電腦，裡面有個傷藥，沒有把握贏的話建議取出再對戰)，不是很難，就當先試試戰鬥系統吧。而後他離開，但這只是開場白，以後他有的煩你了。
辭別了博士，可以離鎮了。果然如博士所言，草叢裡確實藏有不少精靈，好好練一下級吧。很快便來到了道吉市（トキヮ），在商店裡，從店主手裡得到郵件。連忙趕回研究所將它交給博士，博士就會給你圖鑑，於是選單中多出一項圖鑑，這意味著可以開始著手收集精靈的工作了。順便再去一趟鄰居小茂的家，拿到小鎮地圖（注意：此時不拿的話，以後就再不能拿了），可以正式出發了。
一路向北行進，一間大屋擋住了去路，只有通過常磐森林才能找到出路。在森林裡會首次遇上精靈訓練師這種身份的人，而與之交戰是可以得到經驗值和金錢，而且精靈通過獲取經驗值才能升級和進化，所以千萬不要錯過。另外，這個森林有皮卡丘，喜歡的朋友就更不能錯過喔^_^
走出了森林，發現已來到了尼比市（ニビ）。這裡建有一座博物館，只要花50元就可以進去大開眼界一番。另外還有一間屋子標有GYM的記號，這就是道館.道館主是訓練家小剛，進去打敗他，得到徽章的同時還得到34號技能機以示鼓勵。之後和這個人說話，會給你跑鞋（按B可快跑）。此時市右的道路可以通行了，來到月見山下。洞門口有一間PC（怪獸中心）進去會遇上一個賣鯉魚王的，雖然以後可以通過其他方法得到，但人養的要比野生的長得快，但要多花500元，這是傳說中的鯉魚王，當前素質極差，攻擊力不過10，但至20級後進化為暴鯉龍，攻擊力非常強。
來至洞內，一方面戰鬥（應付挑戰的訓練家），一方面前進，雖有點累但收穫不小。途中所得各寶物中有一個名為月之石的道具，能使某些精靈立即進化。在打敗這裡的考古學家後，他會讓你從他身後兩塊古代物種化石（左面是鐮刀盔，右面是菊石獸）中選一塊。出了山洞，便是華藍市（ハナダ）。不出所料，第二位首領小霞在此，上門去好好請教一番吧，打敗後得到藍色徽章（道館地圖如圖）。市里開有一間腳踏車商店，不過絕對是買不起的，腳踏車得到的方法下文有述。沿著華藍市一路北上，遇到了久違的小茂，不免又要“大動干戈”一番。這一路上還有許多訓練師，打敗他們後可以得到不少的經驗值。過橋後來到海角的小屋（みさきのこゃ），見到了變成成怪物模樣的正輝（マサキ）。交談中得知他已造好一架機器來使他恢復人形。答應幫助他後（在電腦上按一下A），正輝成功地恢復人形走了出來。為表感謝，他送給你一張船票（很重要的道具），離開後回到華藍市（ハナダ），發現右面屋門口的警衛讓開了路，進去一看，屋內是一片狼籍。詢問了主人後得知有一人來搗亂，而且又打破了牆逃走了。穿過那個牆洞，在屋後發現了一個形跡可疑的人，未談幾句就露出了真面目，於是教訓了他，並從他身上“搜”出了28號技能機器。一路往南看到了兩間屋子，不過通往金黃市（ャマブキ）的路已被封鎖，只能向下走，途經一飼育屋，裡面有人幫你照顧精靈，但是不能繁殖……穿過右面的隧道，再經過一大片草地，到達枯葉市（クチバ）。村里某間屋內可得到兌換券（ひきかぇけん），若回到華藍市，向腳踏車店老闆出示的話，會得到一部嶄新的腳踏車，這樣走路就省力多了。而村里另一間屋內則會得到釣桿，作用不用多說，使用方法則是現對水域使用道具“釣桿”。村裡有一個港口，這下船票可以派上用場了。出示船票後來到聖安奴號遊船上。船艙內的旅客有相當數量是精靈訓練師，小心應付。如精靈的體力不足，可在入口右邊數起第二個房間裡恢復體力，另外在廚房的垃圾筒里可以找到三顆果實。在船長室門前的通道內再次碰到小茂，戰鬥結束後再去找船長。耐心聽完他一番話後，很高興地把他珍藏已久的01號秘傳機器（切樹）交給我。離開船上岸，船起航了。將此秘傳機器給精靈裝備上，便擁有了切樹的能力。還記得村裡有間GYM屋么，現在可以進去了。調查裡面的垃圾筒，連續兩個不同聲音，就能把門的開關打開。這裡的首領是用雷電系的精靈，打敗他就得到徽章.由於擁有切樹能力，可去的地方很多。先去村右的地鼠山洞（ディグダのあな），穿過山洞發現有一小屋（交換凱西的那個），再往下走，又發現一個屋子，就是那個屋子拿閃光術。若目前精靈圖鑑擁有種類已達10種，便可從屋內人處得到05號密傳機器（閃光）。再回到華藍市，往右走，一路經過9號，10號路來到岩間隧道（イワャマトンネル）。洞內一片漆黑，那就來光吧。使用閃光，果然一片光明，視野也開闊多了，略費周折就可以出洞，到了紫苑鎮。村民為悼念亡靈建造了一座ポケモン塔，現在由於無法使阻路的精靈現形，所以建議先不要急著上去。從西面離開紫苑鎮，在8號路發現了另一條地道（ちかつぅろ），並且通往彩虹市（タマムシ）。沿地道到達該市，此處有一間百貨公司，可以購得許多重要道具，切記到樓頂去買飲料！三種都買，然後跟頂樓的人講話，就會給你三不同的種技能機。另外注意一下百貨大樓旁邊的大廈，這棟大廈有後門，走後門進去到頂層可拿到NO.133伊布，使用水之石，雷之石，炎之石可以分別進化成三種精靈。拿到伊布後，再從前門進去，和裡面的一位老奶奶對話，她就會給你一杯茶（非拿不可，否則劇情無法進行）。在PC下方的一間餐店，進去後和一個客人對話可以得到硬幣盒，用於存放遊戲代幣，才可以到遊戲中心玩小遊戲。進入遊戲中心，在櫃檯旁看到一名正在看牆上的畫的精靈訓練師。過去和他對話，就會發生戰鬥，打敗他，他會逃跑。調查牆上那幅畫，發現是個隱秘的機關，開動後出現了一條通往地下的階梯。順著階梯而下，打敗多位訓練師，最後在地下4層打敗一位精靈訓練師後再仔細盤問他，會乖乖地交出一把電梯鑰匙（ェレベ—タのカギ）。來到電梯內，選擇目的地地下4樓，出來後打敗門衛，就見到了頭目。一番較量之後，他會交出透視眼鏡（シルフスコ—プ）。從秘密基地出來後，到GYM去挑戰第4位首領吧（道館地圖如圖）。這裡的訓練師用草系精靈，打敗首領後得到徽章。之後趕快回紫苑鎮，上精靈塔（ポケモン），在塔2樓又遇到了你的對手小茂，他又向你挑戰……五樓有個可讓精靈恢復體力的地方,由於有了透視眼鏡，樓頂的那個神秘的精靈就無所遁形，原來是嘎拉嘎拉（Lv30）。打敗它之後救出一老人，與其交談後回到他家中，為了答謝，會給你笛子（ポケモンのふえ），可喚醒沉睡的NO.143卡比獸(只有兩隻)。不過笛子也可以在精靈戰鬥中被催眠時使用，可喚醒它們。在老人站的地方有安閒鈴，可回去用透視儀找到。離開紫苑鎮向南走，一隻貪睡的卡比獸躺在地上擋住去路，用笛子去吹醒它，這下它醒了，可也生氣了，免不了亂鬥一陣，順便也收復它吧。
之後在路上一小屋內又得到一支好釣桿（すごぃっりざわ），比以前那把好用多了。一路來到淺紅市（セキチク），第5位首領在此“恭侯多時”了。另外在GYM屋內有一個看不見的結界，只有沿緊靠右牆的路從他背後繞過去才能與之交戰（道館地圖如圖，已把看不見的牆標出）。如果擁有的ポケモン數量已達50種，則可去市外屋內二樓，會得到一寶物學習裝置（かくしゅうそうち）。另外這裡有野生原野區，花500塊錢買入30個原野區球（サファリボ－ル）去狩獵吧（600步限制）。這裡的怪物都不錯，值得一提的是水池裡的迷你龍（ミニリェウ）別看現在弱得像“傻瓜”，待兩次進化後包管你大吃一驚，絕對值得培養。還有不少其他精靈，是別處絕對沒有的，用心捕捉，捕捉時共4項指令，其中エサ是餵餌，ぃし是拿石頭砸，對不同怪物必須採取不同手段才能順利捕到（例如迷你龍就得先餵一次餌再捕捉，包管手到擒來）。在狩獵區內找到一副金假牙（きんのぃれぼ），出來後把他交給PC右側屋內的老爺爺，他會很感激地把04號秘傳機器（かぃりき：怪力）交給你（作用：推動巨石），另外還能在狩獵場裡拿到03號秘傳機器（なみのり：衝浪）。在拿秘傳機器04的屋子旁邊那個屋子，可得到超級釣竿。
打敗這裡的道館首領後回到彩虹市，往左走，喚醒卡比獸，將上方的樹斬了，到左上角屋內可得02號密傳機器（そらをとぶ），只有飛行系能裝備（能去曾經去過的城市）。另外如果有30種PM，在此關卡2樓，可以得到守衛飯（戰鬥後得到多一些金錢）。往右出市，經過關卡，警衛說口渴想喝茶，於是將茶（從老奶奶手中得到的）交給警衛，這下他放行了，於是來到金黃市。和人們的談話得知，這個城市已經被火箭隊占領……市里有一座高11層的大廈，那裡就是火箭隊的基地。這幢大廈有很多傳送裝置，還有緊閉的門。利用那些傳送裝置，在5樓會找可以打開那些門到鑰匙卡（カ－ドキ－）。在9樓左下方有個人會幫精靈恢復體力，這樣就不用跑去PC屋了。最後在3樓的一個傳送點，傳送到7樓，再次與小茂交手，之後和旁邊一個人對話，得到乘龍（Lv25）。再經過一個傳送點，在樓頂見到火箭隊的頭目並與之交手，之後與屋內人交談，可得大師球（マスタボ—ル）。出了大廈，第6個GYM門前已無人阻擋，這個道館的首領用的是超能系，打敗她同樣得到徽章(道館地圖如圖)。在GYM旁邊還有另一間道館，不過是假冒的，若有興趣打敗裡面的首領，可以在兩個格鬥系的口袋妖怪中任選一個，左邊是沙瓦郎，右邊是艾比郎。
再次回到淺紅市，從市南下水，一直游到雙子島，穿過島上山洞。洞內機關須用怪力推動岩石（裝備秘傳機器04），使之落到最下層，等到2塊都落下並阻住水流，就可以出洞了。另外洞內最深處還有一隻急凍鳥，動一番腦筋爭取捉到它！從山洞出來，繼續往左游至紅蓮島，第7位首領就在此。島內的研究所，可將以前獲得的化石（カセキ）或琥珀（コハク）交給一位科學家，他就會通過一系列高科技技術提取細胞培育出已經絕種的精靈，其中化石培育出的可進化。這裡的GYM屋被鎖上了，還是先去屋左的樓內找鑰匙吧。那些雕像是用來控制門的開關的，反覆擺弄，終於把鑰匙弄到手了，可以進GYM屋了（道館地圖如圖）。打敗首領卡拉，得到徽章。剛邁出道館大門，就被一個人叫住，然後被帶到一艘船上，來到一個小島（橘子群島）。下轉支線劇情攻略。
現在只剩下常磐道館了，就回常磐市吧。現在可以有兩個選擇，一是從紅蓮島出發，往北走水路回真新鎮，再到常磐市；二是直接用飛行秘籍回去。至於哪個，隨便選擇。回到常磐市，進去GYM屋，首領就是火箭隊的頭目！不過這次他及其屬下的實力確有提高，不可掉以輕心.打敗後別忘了再次交談，而後他就……消失了？！另外在他的位置用透視儀可找到競爭背心。
至此，已經打敗了全部八位首領，但還不算完。從常磐市出發向西北方的石英高原（セカエイ）走，路上會遇上對手小茂，但他現在已不是我的對手了，輕鬆解決，嘻嘻。
到達宮殿後，向各衛兵依次亮出自己苦心戰鬥才獲得的各枚徽章之後來到迷宮內。機關同樣要用怪力推動岩石壓住才行。出了迷宮，終於到達精靈聯盟，在PC屋恢復體力之後，向四天王進軍吧！注意，一旦踏進大門，就不能出來恢復體力了，所以建議多帶一些恢復藥之類的，當然，等級夠高的話是不成問題的。不過如果你沒有50級以上的實力，就關機重來吧，好好練級，等到實力大增，再去挑戰。打敗四天王后，就要和小茂進行最後一場冠軍爭奪戰了。經過一陣天昏地暗的拼殺，終於打敗了小茂。這時大木博士趕來，宣布我成為了新的冠軍，並帶我進入口袋殿堂，記錄我所使用的精靈。
之後開啟橘子四、五、六、七群島。到達橘子四、五、六、七群島的條件A.已經捕捉到六十隻神奇寶貝，然後找大木博士去升級圖鑑B.此時，四天王暫時還無法進去挑戰，因為四天王缺少了一位成員？！C.到庫吉市坐船，往第一群島的神奇寶貝中心，跟右方機器的男士說話D.進入之前捕捉火焰鳥的山頂，然後在右方尋找兩名火箭隊成員的蹤影，戰鬥完後進入洞穴，尋找一顆(紅寶石)，裡面會出現金銀版神奇寶貝！到深處會發現很多排點字的遺蹟，然後再下樓梯，拿走紅寶石。完全達到以上所敘述的條件之後，回去找上述所提到的男士說話，即可到第一群島的港口坐船，前往第四、五、六、七群島喔！第四、五群島屬第三個區域；第六、七群島屬第四個區域；來往每個區域時，都必須要到港口去坐船，在同一區域內可用飛行來往。在橘子第四、五、六、七群島中，玩家會多次遇上宿敵小茂，但不用戰鬥。最令人玩家興奮的，這裡有野生的金銀版神奇寶貝出現。另外，島上的訓練家大部分都是使用金銀版神奇寶貝，而且等級都相當高喔！要特別注意！
完成後便可以為做捕捉超夢準備了。玩家坐船到第四群島後，在最右邊冰洞裡得到秘傳機07(爬瀑)，途中有采破冰以及滑冰喔。之後從一開始洞口進來的瀑布爬上去，發現有個洞後進去，見四天王之一的康娜及火箭隊組織，與火箭隊對戰救出科拿。然後，乘船到第六群島，到達第六群島後，到最南邊山頂，在點字遺蹟前面使用01(聚合斬)打開秘道。進去秘道之後，往前方的洞跳下去；跳上方的洞；接著跳左邊的洞；然後跳右邊的洞；跳下面的洞；發現藍寶石，但是卻被一位不知名人士給搶走了，然後到第五群島右下方的火箭隊基地。經過一番考驗，終於找到剛才偷走藍寶石的博士，戰勝他後拿回藍寶石。現在回去第一群島跟站在神奇寶貝中心機器前的男士說話，便可進行藍寶石/紅寶石的對戰與傳輸了，亦能到那達市左方的洞窟去捕捉超夢羅！洞窟內的地形非常複雜，需要花點功夫熟習路線，小心迷路喔！收服超夢完，繼續橘子群島之旅。回到第五群島，使用衝浪到東北方的(幻化之穴)，在裡面找到一位少女。這個洞穴非常奇妙喔！若玩家不依序特定的順序走，永遠都會回到原點(清楚留意有登山男子的地方就是原點)。因此，以下的方式走可得到四樣道具及找回該名少女，以登山男子為該層為起點：A．右→下，獲得道具!B．隨便進入一個洞回到原點；右→上→下→上，獲得道具！C．隨便進入一個洞回到原點；右→上→下→下→右→右，獲得道具！D．隨便進入一個洞回到原點；右→上→下→下→右→左→下→左，獲得不思議糖果！C．隨便進入一個洞回到原點；右→上→下→下→右→左→下→右→上，找到少女了！跟她戰鬥完後，並順便帶她回家。到達第七群島，北方是戰鬥塔，玩家有興趣不妨進去挑戰看看。往第七群島的南邊走，經過木橋及一些草原，在中途分叉路往左走，草堆旁邊發現有山洞，進去之後運用玩家的智慧將這七塊石頭推到七個坑洞上，啟動機關。機關啟動之後，離開山洞，往最南邊使用衝浪，玩家會在這遍海域各分布的八個阿爾夫遺蹟內，捕捉各式各樣種類的未知圖騰喔！接下來，石英聯盟已經重新開放了，玩家可以再次去挑戰四天王羅！不過四天王神奇寶貝的等級由63級起跳，進去挑戰前要有心理準備！
道館訓練家列表
尼比道館
（ニビジムPewterGym）
館主小剛（タケシBrock）
（擅長屬性：岩石系）（獲勝後得到：灰色徽章）
LV12小拳石：衝擊+防衛卷
LV14大岩蛇：衝擊+綁緊+硬梆梆+岩石封閉
華藍道館
（ハナダジムCeruleanGym）
館主小霞（カスミMisty）
（擅長屬性：水系）（獲勝後得到：藍色徽章）
LV18海星星：衝擊+硬梆梆+自我復原+水波動
LV21寶石海星：高速迴轉+高速星星+自我復原+水波動
枯葉道館
（クチバジムVermilionGym）
館主馬志士（マチスLt.Surge）
（擅長屬性：電系）（獲勝後得到：橘色徽章）
LV21雷電球：電擊波+衝擊+噪音+音爆
LV18皮卡丘：電擊波+電磁波+電光一閃+影子分身
LV24雷丘：電擊波+電磁波+電光一閃+影子分身
彩虹道館
（タマムシジムCeladonGym）
館主莉佳（エリカErika）
（擅長屬性：草系）（獲勝後得到：彩虹徽章）
LV29大食花：麻痹粉+溶解液+毒粉末+超級吸收
LV24蔓藤怪：毒粉末+糾纏+根深蒂固+超級吸收
LV29霸王花：睡眠粉+溶解液+麻痹粉+超級吸收
淺紅道館
（セキチクジムFuchsiaGym）
館主阿桔（キョウKoga）
（擅長屬性：毒系）（獲勝後得到：淺紅徽章）
LV37瓦斯彈：自爆+泥漿攻擊+煙幕+猛毒素
LV39臭臭泥：縮小+泥漿攻擊+溶化+猛毒素
LV37瓦斯彈：自爆+泥漿攻擊+煙幕+猛毒素
LV43雙彈瓦斯：衝擊+泥漿攻擊+煙幕+猛毒素
金黃道館
（ヤマブキジムSaffronGym）
館主娜姿（ナツメSabrina）
（擅長屬性：超能力系）（獲勝後得到：金黃徽章）
LV38勇吉拉：幻象光+減半反射+先知+冥想
LV37吸盤魔偶：障礙+幻象光+接棒+冥想
LV38末入蛾：幻象光+烈暴風+吸血+超音波
LV43胡地：幻象術+自我復原+先知+冥想
紅蓮道館
（グレンジムCinnabarGym）
館主夏伯（カツラBlaine）
（擅長屬性：炎系）（獲勝後得到：深紅徽章）
LV42卡蒂狗：咬咬+吼叫+猛撞+大字爆
LV40小火馬：踐踏+飛跳+火焰漩渦+大字爆
LV42烈焰馬：踐踏+飛跳+火焰漩渦+大字爆
LV47風速狗：咬咬+吼叫+猛撞+大字爆
常磐道館
（トキワジムViridianGym）
館主機板木（サカキGiovanni）
（擅長屬性：地上系）（獲勝後得到：綠色徽章）
LV45鐵甲犀牛：猛撞+岩石爆破+鬼臉+地震
LV42三地鼠：劈開+流沙地獄+泥湯+地震
LV44尼多後：連環腿+地震+毒針+泰山壓頂
LV45尼多王：連環腿+地震+毒針+橫衝直撞
LV50鐵甲犀牛：猛撞+岩石爆破+鬼臉+地震
訓練家列表
天王1
科拿（カンナLorelei）
（擅長屬性：冰）
LV52白海獅：急凍光線+衝浪+冰雹+神秘護身
LV52呆河馬：急凍光線+衝浪+瞬間失憶+哈欠
LV54乘龍：奇異光線+急凍光線+衝浪+泰山壓頂
LV54迷唇姐：急凍拳+連環巴掌+惡魔之吻+迷人
LV51鐵甲貝：滿地星+守住+冰雹+潛水
二周目：
LV64白海獅：急凍光線+衝浪+信號光束+影子分身
LV63鐵甲貝：急凍光線+衝浪+超音波+乞雨
LV66乘龍：急凍光線+衝浪+幻象術+打雷
LV66迷唇姐：急凍光線+幻象術+惡魔之吻+迷人
LV63長毛豬：暴風雪+山崩地裂+捨身攻擊+地震
天王2
希巴（シバBruno）
（擅長屬性：格鬥）
LV51大岩蛇：地震+岩石封閉+鐵尾+吼叫
LV53艾比郎：上天拳+音速拳+岩石封閉+返拳
LV56怪力：十字切+健美+鬼臉+岩石封閉
LV53沙瓦郎：百萬噸飛踢+劈瓦+看破+假勇敢
LV54大岩蛇：捨身攻擊+地震+鐵尾+流沙地獄
二周目：
LV65鋼岩蛇：地震+鐵尾+咬碎+岩石封閉
LV65艾比郎：上天拳+音速拳+山崩地裂+返拳
LV65沙瓦郎：百萬噸飛踢+山崩地裂+地震+看破
LV68怪力：十字切+劈瓦+山崩地裂+地震
LV66鋼岩蛇：地震+鐵尾+咬碎+龍吸
天王3
紀久子（キクコAgatha）
（擅長屬性：幽靈）
LV54耿鬼：影子拳+奇異光線+猛毒素+影子分身
LV54大嘴蝠：奇異光線+毒液牙+破空斬+咬咬
LV56阿柏怪：臭泥爆彈+噪音+鐵尾+咬咬
LV58耿鬼：影子球+臭泥爆彈+催眠術+惡夢
LV53鬼斯通：催眠術+食夢+咒語+黑色眼光
二周目：
LV66耿鬼：影子拳+幻象術+奇異光線+催眠術
LV68叉字蝠：臭泥爆彈+破空斬+影子球+奇異光線
LV68阿柏怪：臭泥爆彈+地震+超級吸收+影子分身
LV65夢妖：迷人+影子球+幻象術+十萬伏特
LV70耿鬼：臭泥爆彈+影子球+幻象術+十萬伏特
天王4
渡（ワタルLance）
（擅長屬性：龍）
LV56暴鯉龍：破壞死光+龍之怒+龍捲風+咬咬
LV58化石翼龍：破壞死光+原始之力+翅膀攻擊+鬼臉
LV54哈克龍：破壞死光+神秘護身+電磁波+龍鱗之怒
LV60快龍：破壞死光+神秘護身+龍鱗之怒+翅膀攻擊
LV54哈克龍：破壞死光+神秘護身+龍之怒+龍鱗之怒
二周目：
LV68暴鯉龍：破壞死光+地震+龍之舞+電磁波
LV70化石翼龍：破壞死光+地震+原始之力+迴轉攻
LV72快龍：破壞死光+十萬伏特+急凍光線+龍鱗之怒
LV66快龍：破壞死光+地震+龍爪+噴射火焰
LV66刺龍王：破壞死光+龍之舞+衝浪+急凍光線
聯盟冠軍
小茂（オーキド・グリーンBlueOak）
初寵選擇小火龍
LV59比雕：迴轉攻+羽毛舞+飛沙腳+鏇風
LV59鐵甲暴龍：猛撞+地震+岩石封閉+鬼臉
LV61椰蛋樹：超級吸收+炸蛋+睡眠粉+光牆
LV63水箭龜：水炮+乞雨+火箭頭槌+咬咬
LV57胡地：幻象術+先知+自我復原+減半反射
LV59風速狗：神速+噴射火焰+吼叫+咬咬
二周目：
LV72赫拉克羅斯：百萬噸角擊+地震+返拳+岩石封閉
LV75水箭龜：乞雨+地震+水炮+急凍光線
LV73胡地：減半反射+幻象術+影子球+冥想
LV72班吉拉：咬碎+地震+迴轉攻+十萬伏特
LV73風速狗：神速+過熱+鐵尾+迴轉攻
LV73椰蛋樹：幻象術+超級吸收+睡眠粉+光牆
初寵選擇妙蛙種子
LV59比雕：迴轉攻+羽毛舞+飛沙腳+鏇風
LV59鐵甲暴龍：猛撞+地震+岩石封閉+鬼臉
LV61暴鯉龍：水炮+龍之怒+咬咬+橫衝直撞
LV63噴火龍：大字爆+迴轉攻+劈開+火焰漩渦
LV57胡地：幻象術+先知+自我復原+減半反射
LV59椰蛋樹：超級吸收+炸蛋+睡眠粉+光牆
二周目：
LV72赫拉克羅斯：百萬噸角擊+地震+返拳+岩石封閉
LV75噴火龍：大字爆+迴轉攻+龍爪+地震
LV73胡地：減半反射+幻象術+影子球+冥想
LV72班吉拉：咬碎+地震+迴轉攻+十萬伏特
LV73暴鯉龍：水炮+龍之舞+地震+破壞死光
LV73椰蛋樹：幻象術+超級吸收+睡眠粉+光牆
初寵選擇傑尼龜
LV59比雕：迴轉攻+羽毛舞+飛沙腳+鏇風
LV59鐵甲暴龍：猛撞+地震+岩石封閉+鬼臉
LV61風速狗：神速+噴射火焰+吼叫+咬咬
LV63妙蛙花：陽光烈焰+光學合成+大晴天+生長
LV57胡地：幻象術+先知+自我復原+減半反射
LV59暴鯉龍：水炮+龍之怒+咬咬+橫衝直撞
二周目：
LV72赫拉克羅斯：百萬噸角擊+地震+返拳+岩石封閉
LV75妙蛙花：陽光烈焰+臭泥爆彈+大晴天+地震
LV73胡地：減半反射+幻象術+影子球+冥想
LV72班吉拉：咬碎+地震+迴轉攻+十萬伏特
LV73風速狗：神速+過熱+鐵尾+迴轉攻
LV73暴鯉龍：水炮+龍之舞+地震+破壞死光
支線劇情
開始
打敗第7個道館的首領後，出道館時會有一個人叫住你，要帶你去一個島嶼……選定是後，他就會帶你上船，然後去一個島嶼（記得帶上會衝浪的精靈）。下船後來到PC屋裡被告知島上的電力出現問題，需要兩塊寶石來修復，所以現在是不能使用電腦的。
1號島
在北部看見一個山洞，洞內有溫泉，泡溫泉可以恢復精靈的體力，而且上面的那個老爺爺還會給你6號秘傳機器（碎石）。出來後繼續往北走，發現一座山。走到山頂，出乎意料，山頂居然有一隻火焰鳥（Lv50）！收復它然後回到1號島的PC恢復，接著坐船到2號島。
2號島
到了2號島，發現一座特殊的房子（如圖），進去之後有事件發生，主人家的小孩去3號島採集至今未歸家所以請求你幫助尋找。在這所特殊的房子左邊的那個房子裡，可以讓精靈學習以前的招式，條件是兩個小香菇，一個大香菇（可以從派拉斯身上獲得），就和以前心靈鱗片一樣。另外這個小島的山頂上有個人可以教給精靈三種厲害的招式，別錯過（只有主角精靈能學）。分別是硬化植物（草系，威力150），爆裂燃燒（火系，威力150），水電炮（水系，威力150）。然後再坐船去3號島。
3號島
到了3號島，看到腳踏車黨，腳踏車黨與居民發生衝突，後來與腳踏車黨交手。解決他們之後，居民為了答謝，送給我禮物！再往西北邊走，看見一片樹林，在樹林裡找到了小女孩，突然這時有一隻Lv30的素利普跳了出來，打敗它之後救出小女孩。把小女孩送回她家。他爸爸為表感謝，送了件禮物給我！再回到1號島的大型PC里最後被人送回了紅蓮島。
通關一遍，抓住超過60種精靈，然後去博士那裡升級成386版圖鑑，之後到港口坐船去第一個小島的火焰山，右邊有兩個火箭隊隊員，打敗他們進入山洞，在山洞中要使用秘傳機04怪力推石頭後才能到達深處，得到紅寶石。回去在1號島的PC把寶石給博士（如圖），便得到船票，之後可以坐船去7個島。
4號島
在4號島一下船就會遇見對手小茂，但說了幾句就跑了……值得注意的是，在這個小島可以養精靈（如圖）^_^然後到商店旁邊的屋子和裡面的人對話，再用衝浪過右面的一個小湖，來到一個冰洞。注意，洞內有些地方需要踩冰，踩兩次就會掉到下一層。另外還有滑冰，要利用冰塊上的石頭轉換方向。洞裡可以拿到秘傳機器07（登瀑布），有個地方要使用登瀑布進去，之後可以遇見四天王之一—冰天王，旁邊還有火箭隊的人，與其談話後會發生戰鬥，贏後會告訴你口令。得到冰天王的感謝後回到坐船那裡，出發去5號島。
5號島
到達5號島之後到左上方那裡使用衝浪，下水後往左走，登入之後和如圖這個阿伯對話，他會給你一顆蛋（孵化出No.175波克比）。繼續前進會到達一個小島，上面有山洞，洞裡邊牆四面有洞，是個迷宮，迷宮可以拿5樣東西!走法如下（每次都要回到門口才行）：
第1個道具：右-下
第2個道具：右-上-下-上
第3個道具：右-上-下-下-右-右
第4個道具：右-上-下-下-右-左-下-左
第5個道具：右-上-下-下-右-左-下-右-上
走到第5個時會遇到一個女孩，然後把你帶回家，發生談話。之後來到如圖地方，和這個人說話，別忘記拿走下面的道具。然後回到島上坐船去6號島。
6號島
到了6號島，進入PC，就看見小茂。和島上的人談話得知，在小島南面有一扇門無法打開，於是就來到門前。調查那扇門，會出現象形文字（如圖），經過研究，知道可以用斬樹使門打開。進門後，在最深處找到一塊藍寶石，這時候火箭隊一研究員衝過來，把它搶走了……
為了追蹤藍寶石，於是返回5號島。這時候就可以進入火箭隊的研究所（如圖），打敗研究員後就可以奪回藍寶石。過後帶著藍寶石回到1號島的PC屋，將之交給博士。博士就會把通訊機器修理好，現在就可以和寶石版以及NGC的競技場通訊了……劇情進行到這裡，就可以進入超夢山洞了，不過先別著急，還是先坐船到7號島。
7號島
到達之後往上走，用衝浪，再往上走，上岸之後來到戰鬥塔。打過4層之後到頂和這個人對話，中途可以回到1層加血。南面的遺蹟里可以捉到No.201安儂。
最後回到華藍市，在左邊山洞口擋路的人已經讓開了，進入最深處捕捉超夢吧，有Lv70喔^_^
要到8、9號島，一定需要神秘船票。或者輸入金手指代碼02031CF0:3a02，9號島的；02031CF0:0002，8號島的。兩條金手指分別輸入，切記，到達後一定要關閉金手指！
8號島
這個小島上有個山洞，沿著山洞的路進去，直到看到一分岔口。往左走，上樓梯，就可以看到一隻鳳王（Lv70）；往右走，下樓梯，就可以看到一隻洛奇亞（Lv70）。
9號島
這個小島除了一個謎題之外就沒有任何東西了。你需要做的就是調查那個三角形樣的東西，直到它變成紅色，這個過程需要最短路程完成，否則就要重新開始。只要你走過去，碰最靠近你的那一邊，就可以很容易地完成。當它變成紅色的時候，小島就會搖晃，No.386代歐奇希斯就會出現只有30級，收復它吧^_^
相關信息
第一世代：口袋妖怪紅/綠/藍/黃 發售日期：1996-2-27（紅綠）1998-9-12（黃）1999-10-10（藍）
售價：3900日元（紅綠）3000日元（藍黃）
平台：NINTENDOGAMEBOY
精靈數量：151
冒險舞台：關東地區
徽章總數：8
初始主角精靈：傑尼龜（水），小火龍（火），妙蛙種子（草），皮卡丘（僅限黃版）
二級神獸：急凍鳥，火焰鳥，閃電鳥
封面神獸：無（封面為主角寵物及皮卡丘）
一級神獸：超夢
幻獸：夢幻
作品簡介：
為了挽救GB的慘澹銷量，任天堂和當時名不見經傳的小工作室GAMEFREAK發售了之後被稱為怪物遊戲的口袋妖怪，口袋的發售立刻帶動了當時可能滅亡的GB的銷量，拯救老任也鞏固了任天堂以後在掌機上的地位，是田尻智先生(口袋的創始人，TV版主人公小智的原型，勁敵小茂的原型是任天堂的宮本茂)創造了這個神話。本作有口袋妖怪151個。畫面在當時來說還是可以接受的。本作可以通過聯接線來傳精靈和對戰，這個設定成為了口袋妖怪最吸引人的地方。初期紅綠的精靈設定還是比較怪異的，但是尚可接受，1998年為了配合TV版的播出，發售了加強版的黃，特點是全新製作的精靈和與TV版相似的全新劇情，主角也變為了皮卡丘，遊戲中皮卡丘能象動畫中那樣跟著主角跑。而1999年的藍則是為了海外市場發售的一個加強版。
