標本之間的關係是一個問題。很多後期的標本被命名為本身的種。柏林標本被稱為古鳥（Archaeornis siemensii）；愛希施泰特標本就被稱為廈曲侏鳥；慕尼黑標本就被稱為巴伐利亞始祖鳥；而索倫霍芬標本就被指為烏禾爾龍。
有研究指所有的標本都是屬於同一物種。但是標本之間亦存在明顯的分別。就如慕尼黑、愛希施特、索倫霍芬及瑟馬普利斯標本就較倫敦、柏林及哈勒姆標本小或是更大型，有著不同的腳趾比例、更細長的鼻端、向前的牙齒排列及可能存在的胸骨。這些差別就像（或更大）現今不同種鳥類之間的差別。可是這些差別亦可以不同年齡作為解釋。
就第一個只的羽毛標本與始祖鳥的飛羽不相同的事其實沒有甚么價值。因為根據它的大小及比例，它可能是屬於一些未被發現的原始鳥類物種或似鳥的恐龍。由於這個羽毛是原有的模式種，因而引起了一些命名的混亂。
始祖鳥的生活習性已經很難去重組，但仍有幾個有關的理論。有些學者認為它主要是在陸地上生活，而其他的認為主要是棲息在樹木上。缺小樹木並非排除了始祖鳥生活在樹上的可能性，有幾種現存的鳥類都生活在灌木中。在形態學上就有幾個範疇顯示始祖鳥的棲息地，包括它的腳的長度、腳掌的延伸度等。一些權威認為它是可以同時在灌木上、陸地上及甚至在湖岸上覓食生存。它很大可能是獵食細小獵物，視乎大小而用顎或爪來捕捉。
