該建築具有濃厚的民族特色，占地面積5658平方米，建築面積3104平方米，大門朝東，由內殿、外殿、宣經廳、廂房、宣禮樓、大院等組成。進口處屹立著由34間房屋組成，配有15扇窗戶，梯型的三屋宣禮樓。
高大的宣禮樓大門寬4米，高403米。在宣禮樓進口處的拱型走廊的兩壁，書寫有《古蘭經》選段。在宣禮樓大門兩側屹立著高大、雄偉、美觀的兩個塔，在這兩個大塔的兩側，有高低不一的四個塔，如同在相互攀比。該塔下粗上細，其上雕刻有精美的圖案。在宣禮樓上面，設有重400公斤用鋁銅鑄造的綠色新月模型。
從大門進入清真寺大院，大院西面有用鐵柵欄隔離的大禮拜殿分內殿、外殿，進殿大門等三個部分。由每排18根的3排鋼管頂柱頂著四孔內殿殿頂。在正中央，設有下為正方形、上為拱型的領拜坊，其兩側裝飾著彩色雕刻。內殿前面和兩側的七孔大棚為外殿。在外殿有高6米，呈正方形排列的68根鋼管頂柱，頂著木板結構的殿頂，可容納5000多名穆斯林民眾在這裡做禮拜.博斯坦清真大寺，不愧為維吾爾建築工藝的典範之一。
