南陽檢驗檢疫局為正處級單位，內設五科一室一辦事處，分別是綜合業務科、動植物檢驗檢疫科、機電化礦檢驗科、輕工紡織檢驗科、實驗室管理科、辦公室、西峽辦事處(2008年9月成立，是河南檢驗檢疫系統第一個縣級機構)，全局目前在職職工24人，其中研究生4名，其他都是大專以上學歷。
南陽檢驗檢疫局擔負著南陽市轄區內進出境動植物檢疫、進出口商品檢驗、鑑定、監管和原產地證簽發、原產地標記保護等職能。所屬實驗室是區域中心實驗室，擁有CNAS認可、中國計量認證CMA等資質，具備對22大類、136個項目的檢測能力和一定的科研能力，
南陽檢驗檢疫事業是伴隨著改革開放和對外經貿的發展而發展起來的，走過了打基礎、創局面、上水平的發展歷程。從開始僅能對糧谷、棉花等少數品種的檢驗，發展到對食品、機電、化礦、輕紡等眾多品種的檢驗;從以感官檢驗為主，發展到使用各種儀器設備的技術測試;從單純的商品檢驗，發展到檢驗檢疫;從對進口機電配件檢驗，發展到對大型成套設備的檢驗，檢驗檢測設施不斷完善，檢測技術不斷提高，培養和鍛鍊出一支政治素質高、業務能力強、特別能戰鬥的技術骨幹隊伍。近幾年檢驗檢疫的主要商品有：香菇、黑木耳、乾辣椒、脫水蔬菜、槲葉、橡籽仁、大蒜土特產類;皮張、鬃毛、骨膠、骨粒畜產類;服裝、棉花、棉紗、布疋、絲綢紡織類;谷朊粉、牛肉、豬肉、罐頭、腸衣、藥酒、白酒食品類;活豬、活牛類;電動機、發動機、鑽探機、閥門、磨片、手拉葫蘆、柴油機、磨粉機五金機械類;生鐵、酒精、矽鐵、鉬鐵、結晶矽、碳化矽、砩石、油漆化工礦產類;進口鋁板、鋼管、金屬材料、機械設備、醫療設備類等。
南陽檢驗檢疫局堅持以“盡職守責，服務南陽經濟發展”為己任，在促進南陽外向型經濟發展、保護當地生態環境不受外來物種侵害等方面做出了顯著的成績，受到了河南檢驗檢疫局、南陽市委、市政府的肯定和表彰。先後被評為 “四優機關”、“口岸工作先進單位”、“建設服務型機關先進單位”、“服務對外開放工作先進單位”、“最佳化經濟發展環境和效能監察先進單位”、“法制宣傳教育和依法治理先進單位”、“河南出入境檢驗檢疫系統優秀(先進)集體”、“南陽市目標管理先進單位”等，自1998年以來，連續被省委、省政府授予“省級文明單位”。
