歷史沿革
2002年10月，南通站開工建設。
首列和諧號動車組駛入南通火車站（2015年12月27日）2003年，南通站辦理貨運。
2004年7月1日，南通站開辦客運。
2005年11月18日，原中華人民共和國鐵道部批覆，南通站推倒重建。
2007年4月18日，南通站經改擴建後重新啟用。
2015年12月27日，由南京站始發的D55703次動車停靠在南通站，成為在南通站停靠的首列動車組列車。
2016年5月15日，南通站正式開通運營動車組列車。
站房規模
建築設計
●設計理念
南通站設計圖南通站造型取“大鵬展翅”之意，表達城市之門的寓意，象徵南通站為南通市的外部樞紐，也表達了南通作為區域的江海門戶、交通樞紐地位。
●設計參數
截至2016年5月，南通站站房總建築面積11740.6平方米，其中，候車面積3696.6平方米，綜合廳1289平方米，售票廳369平方米。站前高架橋長312.76米。站台設500米長無站台柱雨棚，無站台柱雨棚鋼結構覆蓋面積34737平方米，進站天橋和出站地道1處。
南通站站房採用了鋼管混凝土柱、型鋼混凝土梁、大面積玻璃幕牆結構和大跨度弧線形鋼桁架結構。照明採用智慧型時控；中央空調採用地源熱泵系統，製冷採用球形噴口和旋流風口送風，制熱採用地板輻射採暖。
整體布局
南通站內景截至2016年5月，南通站站房採用對稱式布置，總平面呈“一”字形，中軸對稱，庭院式布局，以廣廳和候車廳為中心，東西兩側依次對稱布置行包庫、車站辦公及設備用房、貴賓候車室、售票廳。售票廳設14個售票視窗。
南通站設普通、母嬰、軟席、貴賓4個候車室，廣廳、母嬰、殘疾人、軟席候車室及基本站台候車室布置在一個大空間中。廣廳內設自動扶梯2部、樓梯2部與二層候車室相通，母嬰候車室及軟席候車室亦各設1部樓梯、1部垂直電梯與二層候車室相連，貴賓候車室設1部垂直電梯與二層連線。候車室兩側布置了室內庭院，庭院頂部設採光天窗，同時候車空間兩側均為玻璃幕牆，並引入室內綠化。
南通站一層候車廳與基本站台相連，二層候車室通過進站天橋與二、三站台聯繫。基本站台通過樓梯下至出站連廊，二、三站台通過出站地道與地下出站廳聯繫。出站廳設在地下一層，通過連廊與出站地道連線。
站台線路
截至2016年5月，南通站站台規模為3台7線，其中正線1條，到發線6條，基本站台1座，中間站台2座。主要途徑線路為寧啟鐵路。
運營情況
自助購票
截至2016年12月，南通站售票大廳共有8台自動售取票機，已開通現金、銀行卡、支付寶掃碼支付購票功能。
便民服務
●公安制證
南通站提供辦理臨時身份證，需在公安制證視窗辦理。
客運流量
2016年5月-2017年5月，南通站累計傳送旅客273萬人次，其中，動車傳送旅客134萬人。
交通換乘
截至2017年3月，南通站公交站台位於站台廣場的西側，途經南通站的市內公交線路共有8條。
| 線路 | 起始站點 | 終到站點 | 首/末班車時間 |
| 南通公交14路 | 火車站 | 唐閘公園南門 | 06:45-18:30 |
| 南通公交25路 | 火車站 | 衛生高職學院 | 07:45-19:30 |
| 南通公交32路 | 火車站 | 長途車站 | 06:10-21:00 |
| 南通公交41路 | 火車站 | 市圖書館 | 06:10-21:00 |
| 南通公交44路 | 火車站 | 東站公交回車場 | 06:10-21:00 |
| 南通公交45路 | 火車站 | 園博園回車場 | 06:10-23:10 |
| 南通公交55路 | 陳橋派出所 | 京揚廣場 | 06:00-20:00 |
| 南通公交126路 | 火車站 | 勝利橋公車回車場 | 06:30-21:00 |
價值意義
南通站的正式開通，對改善蘇中、蘇北地區對外交通條件，加速江蘇腹地經濟發展，完善華東鐵路網建設，方便蘇中、蘇北民眾出行，具有重要的意義。 （龔雯 評）
