車站結構
車站樓層
南洲站共設有三層，地面為南洲路、東曉南路，海珠客運站及其它建築，地下一層為站廳；地下二層為廣佛捷運月台以及2號線設備區；地下三層為2號線月台。
| 地下一層 | 站廳 | 站廳、售票機、客服中心 |
| 地下二層 | 1號站台 | ←列車往石溪站（新城東站方向） |
| 島式站台，左邊車門將會開啟 | ||
| 2號站台 | 列車往瀝滘站（瀝滘站方向）→ | |
| 地下三層 | 1號站台 | ←列車往東曉南站（嘉禾望崗方向） |
| 島式站台，左邊車門將會開啟 | ||
| 2號站台 | 列車往洛溪站（廣州南站方向）→ | |
站廳
南洲站站廳呈“7”字型布置，南北向部分為2號線；東西向部分為廣佛線。為方便行人進出，站廳西側被劃分為收費區，付費區設於2號線站廳西側以及廣佛線站廳南側，收費區設有多組專用電梯（升降機）、扶手電梯以及樓梯供乘客來往不同線路的月台。
此外，在站廳層非付費區設有便利店、葡萄酒店等車站商店。站內亦設有建設銀行自動櫃員機，亦設有自動售卡/充值機以及“好易”自助服務。
本站的母嬰室設於廣佛線站廳的西側。
月台以及換乘
南洲站設有兩個島式月台，其中2號線月台設於東曉南路南延線的地底，廣佛捷運月台則設於南洲路南側的地底。兩線月台組成一個“7”字型。廣佛捷運月台為地下二層，2號線月台為地下三層。值得一提的是，廣佛線月台配色採用棕色陶瓷掛板，與站廳以及2號線月台使用的湖藍色焗漆板不同。
雖然2號線建設當初在地下二、三層之間設有樓梯連線廣佛捷運月台東端及2號線月台北端供乘客在兩線之間換乘，惟因樓梯較窄，若採取雙向通行會造成安全隱患。為確保全全，此樓梯只供2號線下車的乘客通過樓梯直接前往廣佛線站台。而廣佛線換乘2號線則需要繞經站廳，2號線換乘廣佛線亦可繞經站廳換乘。乘客亦可通過貫通本站三層的升降機進行更為直接的換乘。
本站的公共洗手間位於廣佛線站廳。
出入口
南洲站總共設有6個出入口，現時開通5個。本站開通初期設B、C2出入口；海珠交通換乘樞紐啟用後開通C1出入口；2016年農曆新年前開通D出入口。另有兩個出入口位於廣佛線站廳，其中A出入口隨廣佛線車站部分啟用而啟用，E出入口則需留待南洲名苑上蓋建設合建口而緩建，故暫不開通。
值得一提的是，D出入口因橫跨南洲路的一段通道埋深較大，比車站站廳更深。因此該出入口採用了特別的設計：乘客經D出入口出站時，需要先經樓梯往下走；走過通道後再經扶梯或樓梯往上抵達地面。進站時則相反。
| 編號 | 出口指示 | 建議前往的目的地 |
| A | 南洲路 | 南洲名苑（瑞寶花園）公車站②（東行）、南洲名苑（瑞寶花園）公車站①（西行） |
| B | 南洲路 | |
| C1 | 南洲路 | 海珠客運站、海珠交通換乘樞紐、海珠客運站公交總站、海珠客運站公車站（東行） |
| C2 | 南洲路 | |
| D | 南洲路 | 東曉南路、海珠客運站公車站（西行） |
| E | （預留出入口） |
接駁公交
公交站名： 海珠客運站
5、9、13、35、59、70、79A、79、82、86、87、125A、125、129A、129、180、991、221、230、287、288A、288、309A、309、462、582、836、882、960、B7快、B7、高峰快線40、萬頃沙(珠江街)－海珠客運站、夜4、夜7、夜20、夜33、夜44、夜55、廣從11快線、廣從11線、廣增13線
公交站名： 海珠客運站總站
5、9、13、82、287、462、582、762、788、836、987、B7快、B7、夜4、夜7、夜33、夜44
首末班車時間
首班車
往廣州南站方向：6:15
往嘉禾望崗方向：6:13
往瀝滘方向：6:25
往新城東方向：6:02
末班車
往廣州南站方向：23:52
往嘉禾望崗方向：23:42
往瀝滘方向：23:27
往新城東方向：23:02
利用狀況
南洲站周圍有西滘村、南洲名苑、愛都新天地等城中村或住宅區，因此有不少乘客利用車站往返其他地區。同時車站鄰近海珠客運站，本站因而成為連線廣州市區各地及廣東省內外的陸路交通樞紐。不少乘客亦會攜帶大量行李物品進站。
歷史
南洲站最早出現在1997年的《廣州市城市快速軌道交通線網規劃研究（最終報告）》中，為拆解後2號線南端倒數第二個車站，車站位置與現時大致相同。後來在2000年方案中，因應番禺撤市建區，2號線改為從南洲南延至廣州新客站（現廣州南站），仍設定本站；直到2003年方案中，南洲至後滘段被劃分為廣佛捷運廣州段的一部分，與此同時本站被規劃成一個換乘車站，並最終落實。
隨後本站於2007年正式動工；2009年2月16日，工地附近的南洲路和東曉南路交界路口發生地陷，範圍約十幾平方米，最深處達一米左右。2010年9月28日，本站隨新二號線、八號線開通運營而正式啟用。
雖然本站作為兩線換乘站，統一設計和建設。但受到廣佛捷運終點站瀝滘站的影響，嚴重影響全線工期。導致其施工圍蔽時間亦被大幅拖長，也引起了很多不了解情況的市民不滿。
2018年11月12日，廣佛線本站與瀝滘站正式移交運營進行調試，標誌著廣佛線石溪至瀝滘段已全部由建設階段轉向運營籌備階段 。2018年12月28日首班車起，本站廣佛線站廳擴建部分及月台層隨廣佛捷運燕崗站至瀝滘站開通而啟用。
