主要職責
（一）貫徹執行環境保護法律法規和方針政策等；起草環境保護管理辦法並監督實施；對環境保護工作實施統一監督管理。
（二）擬訂環境保護和生態文明建設規劃並組織監督實施；擬訂重點區域、重點流域污染防治規劃和環境保護專項規劃、生態環境保護規劃並監督實施；組織擬訂環境功能區劃和生態功能區劃；參與擬訂南川區主體功能區劃。
（三）調查處理環境污染事故和生態破壞事件；建立健全突發環境事件的應急預警機制，參與解決涉及南川區的跨流域、跨地區的環境污染糾紛；負責環境保護行政稽查；組織開展環境保護執法檢查；指導和協調鄉鎮、街道及部門環境問題的處理。
（四）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任；對發展規劃以及經濟開發計畫開展環境影響評價，組織審查開發建設規劃環境影響評價，監督管理對環境有影響的建設項目執行環境評價制度和“同時設計、同時施工、同時投產使用”的“三同時”制度，按照規定審批建設項目環境影響評價檔案。
（五）負責環境污染防治的監督管理。對大氣、水體、噪聲、固體廢物、土壤和光、惡臭以及機動車等的污染防治和生態環境保護實施統一監督管理；組織實施化學品環境管理；組織實施主要污染物排放總量控制辦法；依法開展強制性清潔生產審核工作，組織實施排污申報、排污許可、排污收費和限期治理制度；指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
（六）組織開展生態環境質量調查，進行生態環境質量分析和評估，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、生態環境建設和生態破壞恢復工作；指導、協調、監督各類自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；組織協調生物多樣性保護，協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護工作；監督生物技術環境安全，牽頭生物物種工作；指導協調農村生態環境保護工作。
（七）負責輻射源、放射性源的監督管理。監督管理放射源安全、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治工作；組織開展輻射環境監測工作，負責輻射環境事故應急處理工作。
（八）負責環境監測網路、環境統計和環境信息系統的建設和管理；組織開展環境質量監測、污染源監督性監測和突發性環境污染應急監測，組織對環境質量狀況進行調查評估和預測預警；建立環境質量發布制度，組織編報環境質量報告書；統一發布環境質量、污染物狀況、環境統計等信息。
（九）提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、財政性資金安排的意見，並會同有關部門做好組織實施和監督工作；組織開展環境科學研究和新工藝、新技術工程示範；參與指導推動發展循環經濟和環保產業有關工作；參與應對氣候變化工作。
（十）組織實施環境保護目標責任制和環境保護督查制度，監督檢查環境保護目標任務完成情況，參與指導生態示範區與生態農業建設。
（十一）組織開展生態文明建設和環境友好社會建設宣傳教育工作；組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作；推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十二）組織開展持久性有機污染物和消耗臭氧層物質的調查並實施統一監督管理。
（十三）承辦上級交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室
負責綜合協調和督查督辦；負責文電、會務、後勤等機關日常事務；負責史志、大事記的編纂工作；負責黨建群團、機構編制、幹部人事、教育培訓工作；負責機關財務、固定資產管理，負責下屬單位的財務監督；承辦領導交辦的其他事項。
（二）生態保護科
牽頭生態文明建設工作；擬訂相關規劃、計畫、制度和方案並組織實施；對生態環境保護和建設工作實施監督管理；組織實施生態環境質量調查和評估；編制生態項目並爭取上級資金；承擔環境保護委員會辦公室日常工作；牽頭擬訂環境保護工作要點、規劃、計畫；負責相關工作的指導、督查；承辦領導交辦的其他事項。
（三）環境污染控制科（污染物總量減排科）
監督執行國家和地方有關污染防治的政策、法規、規章；組織起草大氣、水等方面污染防治規劃、計畫和方案，並監督實施；組織實施工業污染物達標排放、排污許可、污染集中控制等環境管理制度，會同有關科室核發排污許可證；組織指導飲用水源環境保護工作；承辦污染治理項目竣工驗收；協調指導無煤社區、無煤街道、基本無煤場鎮、餐飲油煙整治示範街、揚塵控制示範區域的創建和鞏固工作；統籌監督管理本區燃煤、工業廢氣及粉（煙）塵、城市煙塵、機動車船、揮發性有機物、消耗臭氧層物質等大氣污染防治工作；指導清潔生產和污染防治示範建設工作；推動環境保護產業發展，促進節能降耗、循環經濟、清潔生產和新技術、新工藝、新產品的推廣套用；負責污染源普查工作和數據更新；負責環境統計工作，提供和核定重要檔案、材料中的環境統計數據；參與衛生城市創建工作；負責燃煤電廠脫硫投運率及污水處理廠水質的核定工作；貫徹執行國家和本市有關主要污染物總量控制的法律、法規、政策和標準，擬訂規範性檔案、控制計畫並組織實施；對污染物總量減排工作實施通報、預警、督辦、核查核算和考核；負責新建項目新增主要污染物排放總量指標的審核工作；組織開展排污權交易工作；負責減排財政和價格補貼的核准工作；督促污染物總量減排項目的實施；參與應對氣候變化工作；承辦領導交辦的其他事項。
（四）輻射環境管理科(危化品與固體廢物管理科)
負責國家輻射環境管理法律法規及政策的貫徹執行；負責放射性同位素、射線裝置（Ⅳ、Ⅴ類放射源和Ⅲ類射線裝置）、電磁輻射及伴生礦等輻射安全許可證的具體辦理和監管工作；負責督促放射源使用單位將廢舊放射源送到有資質的單位管制收貯；貫徹實施國家和地方頒布的有關固體廢物、危險化學物品、城區土壤、重金屬污染防治的法律、法規、政策和標準；組織起草全區有關危險化學物品、固體廢物、城區土壤、重金屬等方面污染防治規劃、計畫和方案，並監督實施；組織開展危險化學品、有毒化學品進出口、新化學物質污染環境的監督管理工作；負責對固體廢物、危險廢物（含醫療廢物）、電子廢物單位的產生、貯存、轉移、處置等依法實施監督管理；負責督促危險廢物產生企業執行危險廢物轉移聯單制度；負責對固體廢物污染防治工作進行技術指導和提供相關服務；承辦領導交辦的其他事項。
（五）行政審批服務科（建設項目環境管理科）
負責環境影響評價的審查；負責監督建設項目環境影響評價制度和“三同時”制度的執行；負責建設項目污染物總量控制計畫的落實；協助查處建設項目環境管理違法案件；參與建設項目選址論證工作，承辦建設項目環保設施竣工驗收；對國家和重慶市審批的建設項目環境影響評價和竣工驗收，提出審查初步意見和實施現場監督檢查；負責輻射安全許可證、排污許可等行政審批服務工作，擬定行政審批相關制度並組織實施；建立行政審批項目庫、行政審批事項電子信息系統並及時更新；公開、公示行政審批項目及行政事業收費項目；精簡行政審批服務程式、最佳化審批流程；履行一次性告知義務，受理行政審批服務申請；負責協調和督辦行政審批服務項目；在規定時限內辦結行政審批服務項目；承辦領導交辦的其他事項。
（六）環保項目管理科
負責環保項目的策劃、包裝、申報和管理；負責環保項目資金的爭取和籌集；負責環保項目的組織實施、監督管理；負責招商引資；負責對環境科技、環境監測、污染控制、環境治理等進行業務指導；負責指導、監督鄉鎮污水處理系統及鄉鎮垃圾收運系統運行。
（七）農村環境保護科
負責農村環境保護工作；負責自然保護區、風景名勝區、森林公園環境保護的監督管理；牽頭統籌城鄉環境保護工作；編制農村環境保護項目並爭取上級資金；監督實施農村環保項目和自然生態環保項目並組織驗收；負責農村土壤環境監督管理；協助解決農村環境污染糾紛；承辦領導交辦的其他事項。
（八）宣傳教育法規科
擬訂環境保護宣傳教育規劃、計畫並組織實施；指導綠色創建工作；負責網站的建設和維護；負責法制工作，審查環境保護規範性檔案；監督指導環保行政執法；承辦行政複議、行政訴訟事宜；負責政務信息公開；負責環境保護政策研究；承辦領導交辦的其他事項。
紀檢組（監察室）
負責機關及所屬單位紀檢、監察、黨風廉政建設和審計監督工作；受理黨員和民眾的控告和申訴，按管理許可權查處或協助查處黨員及幹部職工違犯黨紀、政紀的案件；開展黨紀政紀宣傳教育。
人員編制
重慶市南川區環境保護局機關行政編制為16名。其中：局長1名，副局長3名；紀檢組長按有關規定配備；科室領導職數11名。
機關後勤服務人員事業編制3名。
事業單位
一、保留設定重慶市南川區環境監察支隊、重慶市南川區環境監測站。
二、撤銷重慶市南川區環境監測站掛牌機構重慶市南川區環境宣傳教育中心，將環境宣傳教育相關職能職責劃入重慶市南川區環境保護信息中心，將重慶市南川區環境保護信息中心更名為重慶市南川區環境保護宣教信息中心，仍加掛重慶市南川區環境科學研究所牌子，其他不變。
其他事項
水環境保護與水資源管理的職責分工。區環境保護局負責水環境保護工作；區水務局負責水資源管理工作。區環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。區水務局發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應當與區環境保護局協商一致。兩部門要進一步加強協調與配合，建立部門間協作機制，定期通報水環境保護與水資源管理的有關情況，協商解決有關重大問題。
