近千年來，寺院屢經修建，明弘治六年（ 1493 年），由於年久失修，寺宇破敗，寺中僧人德慶和惠福兩人進行重修。明萬曆四十六年（ 1618 年）、清康熙三十三年（ 1694 年）、同治七年（ 1868 年）又進行多次修理，最後定名為善法寺。民國二十四年（ 1936 年），寺宇頹壞、佛殿傾侄，里人陳紫春等募款重建，並招尼僧靈曉主持，遂成為尼眾寺院，文革期間，寺院遭紅衛兵破壞及盜賊的三次洗劫。黨的十一屆三中全會之後，寺院恢復生機。 1983 年，南山善法寺被列為重點文物保護單位。 1985 年 11 月被批准為對外開放宗教場所。之後，南山善法寺在各級政府的關懷和各屆人士的支持下，相繼修建了山門、天王殿、藥師殿、圓通殿、大雄寶殿、三聖殿、觀音殿、玉佛殿、月桂亭、九龍壁、七寶塔等景點。全國政協副主席、中國佛教協會會長趙朴初題寫了寺名、大雄寶殿和玉佛殿殿名。殿內有上千尊佛像，形態各異，栩栩如生。到2018年，寺院占地面積 20 畝，由 10 間廂房及 8 間齋堂組成。
1994 年 4 月以來， 95 歲高齡緬甸華僑傅鳳英居士陸續向該寺饋贈 24 尊大小不一玉佛。其中一尊高 1.8 米釋迦牟尼玉佛重達 2 噸。這些玉佛均採用漢白玉雕琢而成，法相莊嚴，具有較高價值。 1995 年 3 月 29 日至 4 月 4 日，南山善法寺隆重舉行為期七天的玉佛天光水陸法會。
寺內還存有清嘉慶二十四年（ 1817 年）知縣黎葆醇“發祥衍慶碑”與光緒元年（ 1880 年）“長發其祥碑”，存有順治十一年（ 1654 年）大銅鐘，寺院內還有光緒年間白底青色花紋的香爐和雙龍搶珠“七如來”石座。可以說善法寺是台州市現存古代遺蹟較多的寺院之一。
南山善法寺善法寺座南朝北，樹木翠竹成蔭，建群紅牆黃瓦，古樸典雅，飛檐畫棟，金碧輝煌，富有詩情畫意，頗具江南園林風俗。附近溪水潺潺，清時曾有“溪風喧竹戶，山骨落茅檐”詩句描繪過此寺。寺內有一棵樹齡 60 多年的桂花樹，樹高 11 米，冠徑達 16.3 米，占地 100 平方米，為本市桂花之王。每逢農曆八月，丹桂飄香、蜂飛蝶舞，附近村民遠遠就能聞到沁人心脾的桂花香，市民亦紛紛前來賞桂。寺院附近，有一座白雲山，古時有“白雲紛如絮”之說，每日清晨，白色的雲霧穿山繚繞，煙雨空濛，勝似人間仙境。
