發展歷史
2014年9月，江蘇省政府批准設立南京長江江豚省級自然保護區。
2014年10月，根據《江蘇省生態紅線區域保護規劃》，將新建的南京長江江豚省級自然保護區納入規劃範圍，對鎮江長江豚類保護區功能區同步進行最佳化完善。
2018年，保護區被列入國家級生態保護紅線區域範圍。
機構設定
南京長江江豚省級自然保護區範圍管理建設
南京長江江豚省級自然保護區以基礎設施建設和規範化管理為重點，積極開展執法巡護、科研監測、科普宣傳、涉水工程監管、水域生態修復等各項工作，提升保護區的管理水平和管護效果，得到各級政府部門及社會各界的認可，在2016年度全國50多個省級水生生物自然保護區管理工作考核成績中名列第二。
基礎設施建設
在新濟洲核心區水域、梅子洲核心區水域、中山碼頭水域設立江豚觀測點，聘請當地漁民作為監測員，並配備手機、望遠鏡、水質監測儀等設備，全天候監測記錄江豚的活動情況和違法現象。藉助南京市“智慧農業”項目平台，2017年在新濟洲核心區、梅子洲核心區設定高清攝像頭，對監控區域內24小時不間斷的攝像監控，對江豚棲息水域進行常態化管控。
為了加強宣傳教育培訓工作，保護區以漁政躉船為依託，建設宣傳教育培訓中心，內設資料室、綜合展廳、會議室，展示保護區生態、執法、管理、科學研究及長江江豚的信息。
巡護與執法
南京漁政在保護區內巡航執法南京漁政按照相關法律法規對保護區內捕撈行為、涉漁工程、參觀考察等活動進行執法檢查。開展保護區內放生放流活動的監督檢查，防止保護區自然資源和生態環境受到非法破壞及外來物種的引入。建立完善公安、漁政配合協作機制，繼續推進兩法銜接，及時處理違法案件。組織開展禁漁期專項執法、捕撈漁具專項執法以及非法網具的清理整治等，加強重點水域、交界水域和案件高發水域巡查監管，加大周末、節假日期間執法巡查的力度，嚴厲打擊各種違法捕撈行為。
資源養護
保護區工作人員及江豚保護志願者參與增殖放流活動南京市自2004年起連續每年開展增殖放流活動，對促進漁業種群資源恢復，改善水域生態環境具有重要意義。保護區內建立增殖放流平台，開展增殖放流活動，增強了社會各界對長江水域生態環境、漁業資源的保護意識。2017年，南京市向長江投放經濟物種總計3000萬尾，珍稀物種胭脂魚33萬尾。
科研保護
科研人員進行觀測記錄2017年4月，保護區聯合南京師範大學啟動南京長江江豚科學考察項目，對江豚種群分布、數量動態進行監測分析，全面系統地研究南京段長江江豚的生態學與種群生物學信息，從而為科學地保護該種群提供依據和對策。
2012年，錦文路過江通道設計方案確立，該通道是連線江北新區和江寧濱江開發區的重要通道之一，其規劃路線在江豚保護核心區的邊緣。在方案研究初期，南京市已考慮到要儘可能少在江中設立橋墩。
2014年長江五橋開工建設前，南京首次對江豚保護區進行了長達半年的影響論證。所有的設計規劃都要考慮到長江流域的整體生態環境。
2019年年初，為了更好地保護長江江豚和長江流域生態環境，設計單位又對方案進行重新調整，不僅把新橋樑線位從江豚自然保護區核心區邊緣遷移到保護區的緩衝區，還取消江中橋塔，將原有的三塔懸索橋改為雙塔懸索橋，完全避開了江豚保護核心區。
截至2019年4月，在江豚生態保護區附近，南京已有4條道路過江通道和1條捷運過江通道建設，但南京長江段棲息的江豚數量一直很穩定。據南京市園林綠化局林業站相關負責人介紹，根據2018年的統計，保護區內江豚出沒1950頭次。
科普宣傳
南京江豚保護協會志願者走進學校開展江豚科普課堂2015年，在保護區推動下，成立了南京江豚保護協會。志願者們走進學校、社區，科普江豚知識、帶領市民到江邊觀測野生江豚，還陸續舉辦江豚藝術展、江豚繪畫大賽，江豚主題捷運車廂等多種形式，宣傳江豚保護，擴大影響力，呼籲市民關心身邊的長江精靈，積極參與江豚保護與長江生態保護。
