發展歷程
2008年，南京白馬園區開始規劃。江蘇省委、省政府高度重視白馬園區建設工作，羅志軍書記曾親臨園區視察，指導園區建設工作。同時，為加快園區建設進程，省里專門成立了由省委常委、副省長黃莉新為組長的園區規劃建設領導小組，負責園區規劃建設的有關重大事項。
2009年3月，園區開始建設。
2009年5月，被南京市委、市政府列為國家科技體制綜合改革試點城市建設重點內容之一。
2009年6月，被江蘇省科技廳認定為省級現代農業科技園區。
2009年7月，被省政府批准建立南京白馬現代農業高新技術產業園區，南京市委、市政府還將其列為國家科技體制綜合改革試點城市建設重點內容之一。
2010年12月，被科技部批准為國家農業科技園區。
2011年1月，科技部正式批准南京白馬農業高新技術產業園區為國家農業科技園區。
2012年，被南京市委市政府定位為中國（南京）生物農業谷。
2013年，白馬園區被國家科技部認定為“江蘇南京白馬國家科技特派員創業基地”，被國家農業部認定為“江蘇省南京市溧水區白馬農業產業化示範基地”，被江蘇省科技廳認定為“江蘇省現代農業產業產學研協同創新基地”，被江蘇省農委認定為“南京白馬農產品加工集中區”。
2016年11月，據《科技部辦公廳關於第三、第四批國家農業科技園區驗收結果的通知》（國科辦農〔2016〕61號）獲悉，南京白馬國家農業科技園區自2010年12月獲批建以來，經過5年多的建設，已全面完成園區總體規劃和實施方案規定的各項任務和指標，經園區自查、現場驗收和視頻答辯等評估環節，順利通過科技部驗收，且排名位居參加驗收的34家園區之首。
規劃布局
“兩核”：城鄉綜合服務核、商務科研服務核；“三軸”：白朱路生態景觀展示軸和貫穿園區的寧杭鐵路軸、寧杭公路軸；“四片”：面積48.79平方公里，分別是科技研發片21.79平方公里、產業加工片4.07平方公里、農業生產示範片11.13平方公里和生活服務片11.8平方公里。
目標定位
功能定位
“六大功能”：即農業科技創新功能、農業科技成果轉化與產業化功能、農業科技成果展示與推廣功能、農業科技培訓與科普教育功能、農業休閒與觀光功能、新農村建設帶動功能；“五大定位”：即國家農業科技示範區、南京生物農業谷核心區、有機農業示範區、農業科技創業創新特別社區、生態休閒旅遊目的地，建設全國一流的農業矽谷。
建設目標
到2015年，建立工程技術中心、院士工作站、企業孵化器等研發機構20個以上；研發農業科技成果300項以上；新增涉農高科技企業50家以上；園區年產值達50億元以上，輻射帶動周邊相關產業形成產值100億元以上；集聚涉農科技人員1000名以上，帶動農民創業就業10000人以上；建立完善的研究開發、人才培養、技術培訓、技術推廣服務體系和農業科技公共服務平台、國際交流平台。
建設現狀
園區布局截至2015年底，南京白馬國家農業科技園區內已集聚了南京農業大學、南京林業大學、江蘇省農科院、農業部南京農機化研究所、江蘇省中科院植物研究所、江蘇省農機裝備示範中心和農機試驗鑑定站等7家科研單位；建立工程技術研究中心、院士工作站等市級以上各類科技平台27個，其中國家級11個；取得各類農業科技成果300多項，其中國家級科技進步獎5項、授權發明專利185件；集聚涉農企業220多家，其中農業龍頭企業21家；引進高層次創業人才50餘名，其中20人入選南京321人才，參與園區建設的科技創新創業人員已達到600多名；2015年，園區實現總產值56.47億元，其中生物農業產值45.45億元。
發展優勢
園區依託南京科教優勢和資源優勢，將優先發展具有較好產業基礎的黑莓等優質林果產業、種子種苗產業、林木花卉產業、設施園藝及有機農產品產業等，加強產業鏈中品種、技術、精深加工、農機裝備、市場行銷及信息化等重大關鍵技術研究開發、成果轉化和模式技術集成創新，形成較為完整的產業鏈，開發具有高附加值的新產品，並建成具有較大規模的高效農業基地和出口創匯基地，探索並帶動沿海經濟發達地區社會主義新農村建設。
所獲榮譽
園區先後被科技部認定為首批“國家科技特派員創業基地”、列入科技部首批“星創天地”備案名單，被農業部認定為第二批“國家農業產業化示範基地”，被省政府批准為“高新技術產業開發區“，被省科技廳認定為首批“江蘇省現代農業產業產學研協同創新基地”，被省農委認定為“南京白馬農產品加工集中區”等。園區所在的白馬鎮被確定為全國重點鎮、國家中小城市綜合改革試點單位、國家建制鎮示範試點、江蘇省重點中心鎮、江蘇新型城鎮化綜合改革試點鎮、南京市重點新市鎮等。
2016年4月，科技部中國農村中心召開了國家農業科技園區創新監測與評價工作會議，在全國118家國家農業科技園區中，南京白馬國家農業科技園區創新能力水平位列全國第四。
