教學與科研
南京大學日語系南京大學日語系教學體系完善，教學設施先進。教師富有強烈的責任心和敬業精神，注重教學手段和教學質量，對學生嚴格要求，積極開展課堂教學和各種實踐活動，激發學生的學習熱情，拓展學生的知識面。在近幾年全國舉行的日語演講比賽中，作為綜合性大學南京大學日語系多次在全國舉行的大學生演講比賽、作文比賽中名列前茅。近兩年在全國專業四、八級考試中，南京大學四級的通過率是100%，優秀率達65—80%之間，八級的合格率達96%，優秀率達15%左右，良好率達70%以上。在科研方面，教師一邊積極參與教學，一邊認真從事專業研究，近年來獨立承擔國家社科青年項目1項，教育部人文社科研究項目1項，回國博士科研基金項目3項，南京大學“笹川良一”基金項目5項，南大社科項目2項。在國內外學術刊物發表論文近百篇、譯著30餘本、主編教材10餘部、參考教材10餘部。其中由日語系張國仁教授主持大部分老師參與翻譯的《東史郎日記》獲江蘇省哲學社會科學優秀成果獎，在社會上引起了強烈反響。同時由日語系老師共同參與翻譯的28卷本《南京大屠殺史料集》也順利出版，受到一切愛好和平者的普遍關注。
師資隊伍
南京大學日語系擁有一支以中青年學者為主的教師隊伍，目前有教授2人、副教授4人，講師6名，助教2名，其中碩士生導師6人。目前已有6人已經獲得日本名古屋大學、日本東京外國語大學、南京大學、華東師範大學等國內外著名高校的博士學位，還有6人分別在南京大學、天津師範大學等著名高校攻讀在職博士學位。所有教師都有在日本留學或做學術訪問的經歷。日語系還常年聘請2－3名外籍專家，並與日本多所大學保持著學術等交流關係。
本科教學
南京大學日語系本科教學旨在培養能熟練地運用日語從事涉日翻譯、日語教學、商貿、管理、國際文化交流等領域工作的高級人才。大學本科四年期間要求學生具有較紮實的日語語言基礎和較強的日語語言運用能力，牢固掌握廣泛的人文、科技、經貿等方面的專業知識，注重培養學生具有較強的寫作能力，獨立思考能力和創新意識，同時並具備良好的思想道德素質、文化素質和心理素質。
日語系每年招收本科學生20人左右，在校本科學生數為80人左右。日語系十分重視本科教學工作，管理規範，有社會實踐基地，每年暑期能為學生提供實習機會。日語本科專業的主要課程有日語精讀、聽說、會話、寫作、翻譯、口譯、日本概況、日本時事、日本文學、日本文學選讀、日語語法、高級聽解、日本文化、高級視聽等。
日語系本科學生每年有11%的優秀畢業生保送直接攻讀南京大學或外校本專業的碩士學位。
研究生教學
日語系每年招收日語語言學、日本文學和日本文化等方向各類碩士研究生10—12人左右。
碩士研究生課程主要有：外國語文通論、20世紀文藝批評理論、翻譯理論、日本文化概論、日本語言學、日本語言與文化、高級寫作、日本現代文學、古典文學賞析、近現代日本文學賞析、日本文化與文學比較研究、日本歷史等專題課程。
日語系還承擔了南京大學全校博士生、碩士生一外、二外以及外國語學院非日語專業博士生、碩士生的日語課程，以提高閱讀理解為主，具有較系統的教學體系。
學生就業
日語系本科學生學習成績優秀，日語水平及專業素質在國內處於上乘水平，具有較強的競爭力，畢業生就業前景良好，就業範圍廣泛，深受用人單位歡迎。主要就業去向為國家機關、外交外事部門、外經貿企業（包括日本獨資企業、中日合資企業）、新聞出版單位、各大銀行、國際旅行社、國際電台、教育單位、研究機構等。還有一部分學生選擇繼續學習深造，深造方向包括日語語言文學專業的碩士研究生（日本文學、語言學與日本文化等方向），以及相關專業碩士研究生，如國際經濟、金融、法律、政治、歷史、教育、新聞傳播等專業。日語專業碩士研究生就業面也比較寬廣。除了大部分畢業生在大專院校擔任教師以外，每年都有個別碩士研究生進入外經貿企業、外資和合資企業、銀行等部門工作，也有同學選擇攻讀其他學校或本校其他專業的博士學位，繼續深造。
