《南京大學學報》始終堅持正確的辦刊方向，嚴格遵循學術規範，先後獲得“國家期刊獎·提名獎”、“國家期刊獎·百種重點期刊”、“新中國60年有影響力的期刊”等國家級的獎項，以及首屆“江蘇省新聞出版政府獎”；首批入選“教育部高校哲學社會科學名刊工程”、“國家社科基金重點資助期刊”。
《南京大學學報》同時入選歷年各版《中文社會科學引文索引（CSSCI）來源期刊目錄》（南京大學）、《中文核心期刊要目總覽》（北京大學）和《中國人文社會科學核心期刊要覽》（中國社科院）。
《南京大學學報》的總被引頻次、影響因子以及在《新華文摘》、《中國社會科學文摘》、《高等學校文科學術文摘》的文摘率和《人大複印報刊資料》的轉載率一直位居前列。
《南京大學學報》開設有一系列特色欄目，如“馬克思主義與當代思潮”、“民國研究”、“當代西方研究”、“思想史研究”、“中國經濟轉型與發展研究”、“當代經濟法學研究”、“期刊與評價”等，各欄目均由著名學者擔任主持人，實行同行專家匿名評審。近年來，這些欄目發表了大量國內外著名學者的論文，已成為這些學科領域公認的權威學術平台。
《南京大學學報》首倡著名高校學術期刊共同實現專業化、數位化轉型和集約化、規模化發展，協同創辦 “中國高校系列專業期刊”。該系列期刊已於2011年初創刊，在中國知網以開放獲取方式為讀者提供免費線上閱讀和自由下載，得到了學術界一致好評和主管部門的充分肯定。凡在《南京大學學報》等聯盟成員刊上發表的論文，均可在“中國高校系列專業期刊” 同步刊發，可得到最好的傳播。
