1950年~1952年
中國交通大學改名北方交通大學
1949年7月，解放軍進駐北平，國立北平鐵道學院的師生集體參加了歡迎解放軍的入城儀式。隨後，中央人民政府正式宣布接管國立唐山工學院和國立北平鐵道管理學院，並於當天宣布成立中國交通大學。中國交通大學由國立唐山工學院、國立北平鐵道管理學院及從解放區遷來的華北交通學院合併組成。中國交通大學學校本部設在北京，下轄唐山工學院和北平管理學院。中央人民政府任命橋樑泰斗、唐校校友茅以升任校長，鐵道運輸專家、京校校友金士宣任副校長。同時，對兩個學院的學科進行了合併和調整。調整後的唐山工學院（現西南交通大學）以機械、電氣、土木和礦冶等學科為主，北京管理學院（現北京交通大學）以車務、財務和電信等學科為主。
1950年，中國交通大學的校名在上海交通大學的師生中引起了爭議，意見反映到了鐵道部。為此，1950年6月，滕代遠部長專門在北京召開會議，邀請了時任國立交通大學校務委員會主任的吳有訓教授參會。出席會議的還有鐵道部呂正操、武競天副部長以及茅以升校長、金士宣副校長，教務處長顧稀和總務處代處長張惠生等同志。在座談會上，吳有訓教授對鐵道部重視高等教育，重視培養人才，有遠見的政策，給予了高度的評價。但說到校名時，他風趣地說，你們叫中國交通大學，難道我們在上海的交通大學叫外國交通大學嗎？鐵道部領導非常重視吳有訓教授的意見，誠懇地表示鐵道部將報請政務院更改中國交通大學校名。當時考慮到下轄的兩所學校均位於北方，而上海交通大學位於南方，因此準備將校名改為“北方交通大學”。 1950年秋，中央人民政府政務院令中國交通大學更名為“北方交通大學”。
1952年，由於院系調整，北方交通大學校名被撤銷，唐、京兩院獨立，分別成為唐山鐵道學院和北京鐵道學院。
1970年~2003年
北京鐵道學院改名北方交通大學
1970年，中國人民解放軍鐵道部軍事管制委員會向國務院業務組報告，擬將北京鐵道學院改名為“北方交通大學”。後經周恩來總理親自批准，北京鐵道學院正式恢復“北方交通大學”校名。同時學校準備遷往河北省石家莊市，隸屬於河北省及鐵道部雙重領導。但由於學校儀器、圖書、物資太多，實際上學校仍然在北京辦學。
1977年，文革結束後，經鐵道部上報國務院批准，學校關係由石家莊市轉回北京市西直門外上園村3號校址。同時，學校恢復招收大學生，當年學校從全國各地總計錄取了584人，現任校長寧濱就是這批學子中的代表。同年，學校成立了電子工程系。
1981年，北方交大成為中國首批博士、碩士學位授予單位。
1985年，北方交大建築系復系，恢複本科招生，1991年改學制為5年。
1987年，北方交大的三門學科被教育部列為國家重點學科：運輸經濟學、運輸管理工程、鐵道運輸自動化與通信。
1994年，學校通過鐵道部組織的“211工程”部門預審，成為進入“211工程”建設的高校之一。
1995年，北方交大法律系復系。
1997年，學校“211工程”建設項目可行性研究報告通過鐵道部專家評審。
1998年，國家計委批准學校成為在“九五”期間啟動“211工程”建設的中國61所高校之一。
2000年，原北京電力高等專科學校併入，學校從鐵道部劃歸教育部直屬管理。
2002年，學校的五門學科被教育部評選為國家重點學科，分別是：產業經濟學、通信與信息系統、信號與信息處理、交通信息工程及控制、交通運輸規劃與管理。
2003年，經教育部批准，學校恢復使用“北京交通大學”校名。
至此，北方交通大學校名成為歷史。
