北京都市農業研究院立足套用基礎、套用技術及其示範推廣，針對影響北京都市型現代農業發展的跨區域、跨行業的綜合性、戰略性、關鍵性問題進行研究，文理並重，相互支撐。打造北京都市型現代農業科技創新和技術推廣平台，為北京建設都市型現代農業提供理論、政策、技術與專業人才培養等支撐。
北京都市農業研究院在北京農學院校內整合農業部都市農業（北方）重點開放實驗室、北京新農村建設研究基地、北京農業套用新技術實驗室、中獸醫北京市重點實驗室、都市農業研究所、果樹研究所、作物研究所、新能源研究所、禽病研究所的相關研究力量，打造交叉學科的科研推廣體系和創新平台。
北京都市農業研究院積極與國內外研究單位進行合作與學術交流，聯合北京市農業局、北京市農林科學院、北京市農業職業學院、北京市農村經濟研究中心等單位共同開展合作研究，吸引優秀人才作為客座研究人員。
