由來
北京證券交易所在北京金融街上的金陽大廈門前，“新三板”的牌子已悄然掛出。這個全稱為“全國中小企業股份轉讓系統有限公司”的石牌，正是資本市場始終高度關注的“新三板”，也被業內稱呼為“北京證券交易所”。
田書華表示，“新三板”是資本市場區別於“老三板(原轉讓系統內的退市企業及原STAQ、NET系統掛牌公司)”的一種稱呼。在他看來，“全國中小企業股份轉讓系統”叫“北京證券交易所”更好些。因為它本身就是一個證券交易所，且凸顯“北京”地位，讓外行人一聽就知道這是一個證券交易所，位置在北京。
全國中小企業股份轉讓系統可叫北京證券交易所
銀河證券博士後工作站田書華一直認為“全國中小企業股份轉讓系統”可叫“北京證券交易所”，但是這種看法也受到一些業內人士的質疑。質疑者認為“全國中小企業股份轉讓系統”屬於場外交易市場，交易所屬於場內交易市場，因此，“全國中小企業股份轉讓系統”不是“交易所”、不能稱謂“北京證券交易所”。
不過，田書華卻認為，從字面上和傳統意義上看，場外交易與場內交易確實有著明顯的區別，場外交易市場確實不能叫“交易所”，但是隨著科技的發展，尤其是隨著電子技術、通訊技術、網路技術的高度發展，場內市場和場外市場的界限已經被打破，場內市場和場外市場已經只是名稱上或層次上的區別，二者之間已經沒有本質的區別，如果有差別的話只是風險管理的差別。現在交易所與場外交易市場已經趨同。例如：隨著新的交易技術在場內交易和場外交易中普遍採取，一方面，作為場內交易的典型特徵、在場內喊價的“黃馬甲”已經消失；另一方面，作為場外交易樣板的NASDAQ市場已經批准成為證券交易所。場內交易與場外交易之間的界限已經模糊，如台灣的櫃檯交易中心就很難分辨是場內交易還是場外交易。因此，田書華認為“全國中小企業股份轉讓系統”是可以稱為“北京證券交易所”的。
在田書華看來，“全國中小企業股份轉讓系統”叫“北京證券交易所”更好些，因為它本身就是一個證券交易所，且凸顯“北京”地位，讓外行人一聽就知道這是一個證券交易所，位置在北京，而且，這樣的稱呼更容易理解，無論是業內人士或是一般百姓，一聽就知道它的基本功能和業務，外行人一聽就明白。如果叫“全國中小企業股份轉讓系統”，對業內人士來說還可以理解，但是對於一般老百姓，給他們解釋半天他們還不明白是怎么回事。
田書華博士說“一個合適的名稱可以促進這個組織或機構的發展，而一個不合適的名字則不利於這個組織或機構的發展”，田書華博士認為“如果把‘全國中小企業股份轉讓系統’改稱為‘北京證券交易所’則會有利於該市場未來的發展”。
功能
老北京的證券交易所“新三板”市場特指中關村科技園區非上市股份有限公司進入代辦股份系統進行轉讓試點，因為掛牌企業均為高科技企業而不同於原轉讓系統內的退市企業及原STAQ、NET系統掛牌公司，故形象地稱為“新三板”。
全國中小企業股份轉讓系統於2013年1月16日在北京金融街正式開業了。這意味著市場傳聞已久的全國性場外交易市場正式誕生。
作為全國性場外市場運營管理機構，全國中小企業股份轉讓系統一直備受市場關注，因為它將負責管理運營高科技企業雲集的新三板。而此次，這個全國性場外交易市場最終落戶北京，也使得我國證券交易所最終形成三足鼎立格局：上海證券交易所、深圳證券交易所和北京證券交易所。隨著全國中小企業股份轉讓系統的正式運營，有關擴大股份轉讓試點(新三板)的工作方案也將隨之逐步落實。
市場影響
田書華認為：①從長期來看，北京證券交所將會成為我國資本市場中規模最大的市場。一個完整的資本市場體系應該是主機板市場、中小企業板市場、創業板市場、場外交易市場同時存在的多層次資本市場，設立全國性的場外交易市場後，會使我國的資本市場趨於合理。由於現實經濟社會中小企業占企業總數的99%以上，因此，未來的場外交易市場將是資本市場中規模最大的市場。②場外交易市場對掛牌的企業要求條件相對寬鬆，將不設財務指標的條件，只是要求申請掛牌的公司應當業務獨立，治理結構健全，運作規範；掛牌公司作為信息披露的第一責任人，及時、規範地履行信息披露義務。掛牌公司的董事、監事、高級管理人員應當承諾保證披露信息內容真實、準確、充分、完整。③全國中小企業股份轉讓系統叫“北京證券交易所”更好些。它的設立不會明顯地分流A股資金。因為：第一，設立後，企業掛牌是一個漸進的過程，不是一下子掛牌很多企業；第二，掛牌企業都是中小企業，百家中小企業規模之和也抵不上一家大上市公司。因此，對A股市場資金分流微乎其微，可以說基本沒有影響。使命
老北京證券交易所新三板掛牌和融資分離，可以先掛牌後融資，也可以在掛牌前先私募融資，掛牌手續比較簡便靈活；而IPO採用上市和融資同時進行，2012年10月市場低迷，新股發不出去，800家公司排隊上不了市，構成“堰塞湖”。
謝庚資本市場的創新要服務於實體經濟，為130萬中小企業和新興產業服務，三板市場定位為主機板的孵化器，更具有包容性，不設退出制度，交易制度也有別於主機板，要對實體經濟廣覆蓋，改變整個經濟體過度依賴銀行間接融資的局面。
資本市場改革試驗區
謝庚是證監會系統具有改革意識的一位官員，曾經任股改辦主任，承擔過股權分置改革的工作。2012年11月18日，謝庚首次以全國中小企業股份轉讓系統總經理的身份亮相北京金融街論壇時提出，新三板存在制度設計的問題，交易效率低，但他表示不會採用滬深交易所的競價交易模式，將採用適合中小企業的協定轉讓或做市商交易模式。
2012年第四季度證監會放寬了券商自營和基金專戶投資的範圍，明確可以進入新三板股權轉讓市場，券商的風險資本槓桿也調高了，監管層為做市商推出掃清了政策障礙。三板市場的掛牌制度、交易制度、定向融資和併購重組制度等一系列制度創新和政策也將在年底出台。
終結老三板十年亂局
《非上市公眾公司監督管理辦法》2013年開始施行，解決老三板歷史遺留問題也邁出關鍵性一步。與創業板產生的億萬富豪相比，由退市公司和兩網公司組成的老三板投資者是不公平制度的最大受害者。張資源是一位老三板投資者，早在2002年股票被退市之後一直在研究三板市場的有關法律和政策，已經成為精通政策和法律的專家。
“非上市公司監管辦法的正式施行標誌著老三板十年亂局結束了，老三板投資者一直沒爹沒娘，長期流浪在外，現在父母終於把他領回來了。”張資源說，“過去無人管理的老三板重新回到證監會統一監管，投資者利益會得到更好的保護。”
2001年，證券公司代辦股權轉讓系統正式成立，當時是為了解決退市公司和兩網法人股公司的股權轉讓問題而設立，這就是老三板的來歷；2006年，為支持建設創新型國家，中關村科技園區非上市公司納入證券公司代辦股權轉讓系統進行股份報價轉讓，為區別於老三板，被稱為新三板。
這個時候，代辦股權轉讓系統裡面就有了兩種法律性質不同的公司，新三板是原始股東組成的非上市非公眾公司，而老三板屬於股東已經超過200人的非上市公眾公司。但是，新三板發展是熱火朝天，一些企業定向增資，並完成轉板，而老三板沒有關於融資和併購重組的任何政策支持。
從2013年開始，退市制度和恢復上市制度的一系列標準和規定出台，退市公司達到再上市條件不用證監會審批，而是直接向交易所提出恢復上市申請，從制度上杜絕了再次產生新的不公平和歷史遺留問題。
交易區別
中國銀河證券博士後科研工作站的田書華博士指出，北京證券交易所與深圳證券交所、上海證券交易所的區別：北交所與深交所、上交所的功能是一樣的，都是服務實體經濟的發展。但是在深交所、上交所交易股票的公司叫上市，上市要求條件較嚴格；而在北交所交易的公司不叫上市，叫掛牌，掛牌要求條件較寬鬆，掛牌企業主要是廣大的中小企業。普通投資者可以在這裡交易，全國性場外交易市場有望使合格個人投資者允許進入全國股轉系統參與交易，但將設定達百萬級別的較高資金門檻，主要是為了防範風險、保護一般中小投資者利益。
發展歷程
北京證券交易所1918年北京證券交易所成立時，北京是北洋政府的首都，北洋軍閥政府為彌補財政虧空，不惜以高利大借內外債，由此刺激了北京金融業的發展，各種金融機構紛紛成立，也使得北京證券交易所買賣興隆。1927年新政府定都南京，公債發行中心也隨之南移，北京的證券交易所便日趨冷落，失去了其固有的重要地位。之後，北京證券交易所經營公債失去往日的優勢，經營每況愈下。抗日戰爭爆發後，北京淪陷，北京證券交易於1939年初歇業。抗日勝利後接著又發生了全面內戰，到解放前夕，北京證券交易所一直處於歇業狀態。
1949年1月31日北京和平解放，1950年1月30日，北京證券交易所舉行了開業典禮，重新掛牌營業。由於過分投機，加上政府嚴格管理，經紀人出現巨額的呆賬，資金周轉不靈，許多經紀人停業，至1952年10月，北京證券交易所被政府宣告關閉。之後，隨著我國對農業、手工業和資本主義工商業社會主義改造的完成，傳統社會主義理論和計畫經濟體制開始否定和排斥證券市場，因此，中國不再有證券交易所了。
上世紀80年代起，我國企業股份制改造開始，股份有限公司隨之誕生，隨著股票、債券等有價證券的出現，就產生了股票、證券等有價證券的交易活動。為了使股票、證券等有價證券進行規範有序的交易，上海證券交易所、深圳證券交易所先後於1990年12月及1991年7月開業。但是上交所與深交所都是服務於上市公司的證券交易所，而實際上99%以上的中小企業不符合上市條件，不能上市，但是這些眾多中小企業卻非常需要資本市場的支持，因此設立“場外證券交易市場”顯得非常必要。
客觀地說，這個場外證券交易所建在哪個地方，就會對該地區經濟社會的發展有巨大的推動作用，因此，面對場外市場的巨大蛋糕，各地都積極爭取，力圖在本地建設統一的全國性場外交易市場。天津、重慶、成都、武漢、廣州、河南等等無不希望把全國性場外交易市場設立在本地，面對各地紛紛爭奪之戰，當時管理層也是難以定奪。
中國銀河證券股份有限公司博士後科研工作站區域經濟專題研究員田書華博士後，根據國內外經濟發展情況，從國家整體經濟發展及區域經濟協調發展的角度考慮出發，於2011年12月2日發布了區域經濟專題研究報告《以中關村股份報價轉讓系統為基礎在北京設立全國性場外交易市場》，該報告引起了國家有關部門及領導的高度關注，得到了社會的認可。在綜合考慮各種因素基礎上，經國務院批准，全國性場外交易市場——“北京證券交易所（全國中小企業股份轉讓系統有限公司）”於2012年9月20日在國家工商總局註冊成立。“北京證券交易所”的設立意味著中國大陸證券交易所“三足鼎立”的格局已經形成。
2013年1月16日“北京證券交易所（全國中小企業股份轉讓系統）”在北京市金融街金陽大廈舉行了揭牌儀式，標緻著新的北京證券交易所正式成立並開業，也意味著中國大陸證券交易所“三足鼎立”的格局已經形成——上海證券交易所、深證證券交易所、北京（場外）證券交易所。
