歷史沿革
1957年，國務院正式批准成立“ 城市建設部科學研究所”，正局級單位。
北京市環境保護科學研究院1958年，改名為“ 建築工程部建築科學研究院市政工程研究所”。
1960年，改名為“ 建築設備與公共工程研究所”。
1965年，重新劃歸建工部直屬研究所，改名為“ 建築工程部市政工程研究所”。
1970年，應北京市委常委萬里同志要求，全所建制下放北京市革委會領導，改名為“ 北京市給排水研究所”。
1971年，與北京市建築工程研究所合併，改名為“ 北京市建築工程技術研究所”。
1972年，北京市建築工程技術研究所拆分，恢復名稱“ 北京市給排水研究所”。
1973年，改名為“ 北京市環境保護科學研究所”，成為中國第一個環境保護科學研究機構，科研業務從水污染治理拓展到整個環保領域。
1994年，北京市編委會批准研究所改名為“ 北京市環境保護科學研究院” 。
科研條件
人員編制
據2018年12月官網資料顯示，環科院共有職工300餘人，具有高級職稱占30%，中級職稱占37%，初級職稱占9%；具有博士學位占17%，碩士學位占43%，學士學位占20% 。
職工中有研究員及教授級高級工程師17人、副研究員及高級工程師72人、享受國務院政府津貼16人，獲國家級、市級突出貢獻專家8人 。
科研平台
北京市環境保護科學研究院據2018年12月官網資料顯示，環科院下設生態保護與環境規劃研究所（環境政策研究所）、大氣環境與污染防治研究所、水環境與水資源保護研究所、土壤環境與污染場地修復研究所（固體廢物污染防治研究所）、污染源研究中心、環境分析測試中心、環境工程設計所、環境技術諮詢所等專業部門。
以環科院為依託單位的工程中心有：國家城市環境污染控制工程技術研究中心（科學技術部）、國家環境保護工業廢水污染控制工程技術（北京）中心（生態環境部）；北京市重點實驗室有：污染場地風險模擬與修復北京市重點實驗室、城市大氣揮發性有機物污染防治技術與套用北京市重點實驗室、城市環境污染控制技術研發北京國際科技合作基地 。
硬體設施
截止2016年末，環科院資產合計26770萬元。
其中，流動資產13324萬元，固定資產12346萬元，對外投資1050萬元，無形資產49萬元，負債合計12256萬元，包括預收賬款11248萬元，其他應付款351萬元，應交稅金4萬元，應付社保繳費653萬元。淨資產合計14513萬元，其中事業基金39萬元，非流動資產基金13446萬元，專用基金638萬元，財政補助結存389萬元 。
科研成就
科研成果
2016年，環科院新承擔國家級、省部級及其他科研項目41項，契約額2326萬元；新承接污染控制工程設計、污染場地風險評估、清潔生產審核等技術服務類項目221項，契約額1.16億元。
環科院承擔了《北京市“十三五”時期環境保護和生態建設規劃》、《北京市環境總體規劃》、《大氣污染物綜合排放標準》、《有機化學品製造業大氣污染物排放標準》、《北京大氣氨排放特徵及控制對策研究》等項目。
環科院還承擔了《典型行業面源VOCs治理控制技術及排放標準研究》（國家重點研發計畫）、《城市揚塵時空過程與控制研究》（國家重點研發計畫）、《淡水生態環境損害物化溯源技術研究》（國家重點研發計畫）、《好氧發酵過程氨的排放異位控制技術研究》（國家重點研發計畫）和《小五台山優勢針葉樹種徑向生長對氣候變化的回響》（國家自然科學基金）等國家級科研項目。
環科院新承接工程設計、承包及科研項目50餘項，建立了多項城市污水、工業廢水治理示範工程，包括寧波大榭開發區污水處理廠提標改造工程、北京市懷柔區肉類聯合加工廠污水處理改造工程、北京呀咪呀咪食品加工廢水處理工程、北京市地下飲用水第八水廠准保護區污染治理工程、北京水泥廠污水站增容改造工程等設計、承包、設備成套採購集成及相關服務等。
環科院承接場地評價與土壤修復、規劃及清潔生產項目80餘項，包括天津港瑞海公司“8.12”爆炸事故現場場地污染調查評估及修復技術支持、“北京環球主題公園”場地環境詳細調查、重鋼片區焦化廠地塊原址土壤環境風險評估、新首鋼高端產業綜合服務區（石景山主廠區）北區場地環境調查與風險評價、北京賓士汽車有限公司清潔生產審核等項目 。
論著獲獎
據2018年12月官網資料顯示，環科院累計完成環境影響評價3700餘項，各類環境科學與環境技術方面的研究項目1100餘項，在全國近30個省（市）自治區完成治理工程1600餘項。共獲國家級各種科技獎勵20餘項，獲省（部）級科技獎勵160餘項，取得國家重點環境保護實用技術與專利110餘項，並且多次在北京市科研院所“改革與發展”考評中獲得一、二等獎勵。
2016年，環科院有60餘項科研成果通過鑑定或結項，獲得環境保護科學技術獎二等獎1項，三等獎1項，中國分析測試協會科學技術獎1項；獲得專利授權9項；出版著作2部；發表學術論文57篇，其中SCI收錄5篇，EI收錄5篇；完成政府部門標準、規範、管理制度等檔案徵求意見70項。
《揚塵顆粒物分析測試技術研究及套用》榮獲2016年度中國分析測試協會科學技術獎三等獎； 《石油污染土壤強化生物修復技術及油田套用示範》榮獲2016年度環境保護科學技術獎二等獎； 《火葬場大氣污染管控關鍵技術研究與工程套用》榮獲2016年度環境保護科學技術獎三等獎 。
人才培養
北京市環境保護科學研究院1981年，國務院批准環科院為首批環境工程碩士學位授予單位 ，面向全國招收環境工程類非定向培養研究生，學制三年。據2018年12月官網資料顯示，已培養碩士研究生140餘人 。
2011年，與首都師範大學聯合培養碩士研究生 。
2013年，經批准設立博士後科研工作站 。
資質資歷
1. 工程設計資質證書，證書編號：A111009857，有效期： 2020年05月21日。
2. 工程設計資質證書，證書編號：A211009854，有效期： 2020年04月27日。
3. 工程諮詢單位資格證書，工咨甲10120080051，有效期： 2021年08月14日。
4. 計量認證證書，證書編號：160112050355，有效期： 2022年12月05日 。
現任領導
院長、黨委委員：姜林
黨委書記：付躍強
黨委委員、紀委書記：任和平
院領導：譚國鋒
副院長：孫長虹、石愛軍
