辦刊歷史
1959年，《北京醫學院學報》創刊，由北京醫學院主辦。
1985年，北京醫學院更名為北京醫科大學，《北京醫學院學報》也更名為《北京醫科大學學報》。
據中國知網收錄信息顯示，1987年改刊由季刊變更為雙月刊 。
2000年4月，《北京醫科大學學報》主辦方北京醫科大學與北京大學正式合併，並與同年的5月4日，正式更名為北京大學醫學部。
2001年，《北京醫科大學學報》更名為《北京大學學報（醫學版）》 。
2013年1月14日，《北京大學學報（醫學版）》第九屆編輯委員會第1次全體會議在北京大學醫學部舉行 。
2014年12月，該刊成為中國國家新聞出版廣電總局第一批認定學術期刊 。
辦刊條件
欄目方向
•刊登內容
《北京大學學報（醫學版）》主要刊登具有中國國內外先進水平的基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、生物醫學、藥學及與醫學有關的邊緣學科的高水平、高質量的研究論文 。
•主要欄目
《北京大學學報（醫學版）》主要設有述評、專家筆談、論著、疑難/罕見病例分析、科研快報、重要進展簡報、技術方法、病例報告、短篇論著、工作綜述、綜述、學科交叉等欄目 。
•讀者對象
《北京大學學報（醫學版）》主要讀者對象為醫藥衛生科技人員 。
人員編制
據2018年11月《北京大學學報（醫學版）》官網顯示，《北京大學學報（醫學版）》第九屆編輯委員會共有顧問6人、編委62人、特邀編委10人 。
| 顧問 | 馮傳漢 | 林志彬 | 陸道培 | 童坦君 | 王德炳 |
| 莊輝 | - | - | - | - | |
| 編委 | 敖英芳 | 陳貴安 | 郭新彪 | 郭岩 | 郭應祿 |
| 韓濟生 | 韓文玲 | 胡大一 | 胡永華 | 黃曉軍 | |
| 黃一寧 | 季加孚 | 紀立農 | 賈弘褆 | 姜保國 | |
| 冷希聖 | 黎曉新 | 李凱 | 李若瑜 | 李鐵軍 | |
| 李學軍 | 林久祥 | 劉曉光 | 魯鳳民 | 陸林 | |
| 呂萬良 | 馬緒臣 | 馬志中 | 孟慶躍 | 喬傑 | |
| 秦炯 | 饒毅 | 沈琳 | 唐朝樞 | 田新霞 | |
| 萬有 | 萬遠廉 | 王凡 | 王廣發 | 王夔 | |
| 王培玉 | 王憲 | 王玉鳳 | 魏麗惠 | 武陽豐 | |
| 徐韜 | 楊柳 | 姚晨 | 葉新山 | 詹思延 | |
| 張岱 | 張宏權 | 張禮和 | 張銑 | 張毓 | |
| 趙明輝 | 趙一鳴 | 周德敏 | 周麗雅 | 周利群 | |
| 鄒萬忠 | - | - | - | - | |
| 特邀編委 | 范大立 | 馮越 | 李天虹 | 林薇民 | 任軍 |
| 任瑞寶 | 王存玉 | 王融 | 張馳 | 周鍵 |
學術交流
2018年9月7日，北京大學常務副校長、醫學部主任詹啟敏院士，醫學部主任助理朱樹梅等一行到《北京大學學報（醫學版）》編輯部調研，雙方圍繞學報的工作發展建設展開了座談 。
辦刊成果
出版發行
據2018年11月17日中國知網顯示，《北京大學學報（醫學版）》出版文獻共9076篇 。
據2018年11月17日萬方數據知識服務平台顯示，《北京大學學報（醫學版）》載文量為4084篇 。
影響因子
據2018年11月17日中國知網顯示，《北京大學學報（醫學版）》總被下載999973次、總被引52867次；（2018版）複合影響因子為1.463、（2018版）綜合影響因子為1.184 。
據2018年11月17日萬方數據知識服務平台顯示，《北京大學學報（醫學版）》被引量為29761、下載量為298430；據2015年中國期刊引證報告（擴刊版）數據顯示，《中南大學學報（社會科學版）》影響因子為0.486，在全部統計源期刊（6735種）中排第300名，在大學學報（醫藥衛生）（114種）中排第1名 。
收錄情況
據2018年11月《北京大學學報（醫學版）》官網顯示，《北京大學學報（醫學版）》被美國醫學文獻分析和在線上檢索系統（MEDLINE/PubMed）、美國EBSCO、美國化學文摘資料庫及其《化學文摘》（CA）、荷蘭《醫學文摘》（EM）、荷蘭《文摘與引文資料庫》（Scopus）、波蘭《哥白尼索引》（IC）、俄羅斯《文摘雜誌》（PЖ）和世界衛生組織《醫學增補文摘》（ExtraMED）收錄、世界衛生組織西太平洋地區醫學索引（Western Pacific Region Index Medicus）、日本科學技術振興機構文獻資料庫（JST）、中國科技核心期刊資料庫、中國科技論文與引文資料庫（CSTPCD）、中國科學引文資料庫（CSCD）、中國生物醫學文獻資料庫（CBMdisc）、中文生物醫學期刊文獻資料庫（CMCC）和《中文核心期刊要目總覽（1992年第一版、1996年第二版、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）》、《中國醫學文摘》、《中國生物學文摘》、《中國藥學文摘》和《中國學術期刊文摘》（CSA）、萬方數據知識服務平台、中國期刊網和中國學術期刊網路出版總庫（CNKI）等中國國內外資料庫收錄 。
榮譽表彰
1992年，獲得全國優秀科技期刊評比三等獎。
1997年，獲得全國優秀科技期刊評比二等獎。
2004年，獲得全國高校優秀科技期刊評比一等獎。
2004年至2007年，連續4屆入選“中國百種傑出學術期刊”。
2009年，獲得“全國高校科技期刊優秀編輯質量獎”。
2013年、2015年，獲得“中國國際影響力優秀學術期刊獎”。
2006年至2014年連續5屆榮獲“中國高校精品科技期刊獎”。
2008年至2014年連續3屆入選“中國精品科技期刊”。
2016年和2018年 獲得中國高校科技期刊研究會度“中國高校傑出科技期刊獎” 。
據2018年11月中國知網顯示，《北京大學學報（醫學版）》被評為中科雙百期刊 。
文化傳統
•辦刊宗旨
《北京大學學報（醫學版）》旨在實施“科教興國”戰略，促進醫學信息交流和醫學科學發展，提高全民健康水平 。
刊名現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 主編 | 韓啟德 |
| 常務副主編 | 柯楊 |
