內容簡介
化合物參考型資料庫是“十一五”中國科學院信息化專項,由中國科學院上海有機化學研究所聯合過程工程研究所、長春套用化學研究所共同參與建設的化合物基礎資料庫,希望藉助化學物質登錄和常用化合物標識轉換,支持基於化學物質的化學數據跨平台集成。
化合物參考型資料庫由化合物結構登錄系統和化合物標識信息資料庫兩部分組成。化合物登錄系統是一個基於算法的數據處理軟體,提供化合物系統登錄號(SRN)作為化學物質的唯一標識;化合物標識信息資料庫保存已登錄化合物的SRN、IUPAC 命名、結構、分子式等基本信息和其他標識信息。
化合物參考型資料庫提供化合物結構數據預處理、化合物登錄、建立化合物全結構和子結構索引、提供化合物標識轉換等服務,配合本服務站點提供的結構檢索軟體可以在Windows 系統的伺服器上建立自己的化合物結構資料庫,提供基於Web 的化合物結構/ 子結構檢索服務。
化合物參考型資料庫目前已經收錄了中國科學院上海有機化學研究所、過程工程研究所和長春套用化學研究所的數百萬化合物結構數據,未來將繼續收錄來自其他方面的化合物數據,通過相關服務支持化學數據資源單位的跨平台數據集成和共享。
化合物參考型資料庫已經與中國科學院上海有機化學研究所原化學專業資料庫的絕大多數化學資料庫完成了數據集成,內容涵蓋化合物基本性質、毒性、譜學、鑑定方法、化學反應、醫藥、農藥、天然產物、文獻和市場供應等信息,也與中國科學院過程工程所的熱化學數據和來自中國科學院長春套用化學研究所的碳13 核磁共振譜圖數據進行了跨平台集成。藉助新的集成檢索系統,使用者可以直接獲取該化合物原本分散在各地和各個具體資料庫中的相關數據。
使用方法
化合物參考型資料庫需要用戶登錄才能使用資料庫提供的各類服務,目前所有服務和新用戶註冊均免費。註冊的用戶帳號可以在化合物參考型資料庫、化學專業資料庫、上海化學化工數據中心三個服務站點通用。
化合物參考型資料庫各類服務均遵循化學家的使用習慣並且儘可能簡單方便。服務站點目前提供化學專業輔助軟體工具、化學資料庫檢索、化合物結構處理技術服務、化學化工技術諮詢四類服務,其中化合物結構處理技術服務是化合物參考型資料庫的特有服務。
化學專業輔助軟體工具服務目前包括化合物系統命名中英互譯服務、化合物名稱轉換化合物結構服務和化合物結構轉換化合物系統命名三種服務。
化學資料庫檢索服務目前提供20 多個化學資料庫的檢索服務,新增綜合檢索功能具有跨庫和跨平台檢索能力,從各類問題檢索入口進入後可以根據需要從不同資料庫中獲取所需的數據。
化學化工技術諮詢服務利用中國科學院上海有機化學研究所的所有可用信息、數據資源以及研究所的研發力量,為用戶解決研發問題提供更多的信息和幫助。化學化工技術諮詢服務要求用戶提供email、聯繫電話以及項目背景說明,以便更好的理解用戶的問題和需求,尋找更加切實有效的解決方案。
套用案例
化合物參考型資料庫(包括原化學專業資料庫和上海化學化工數據中心)服務站點提供7x24 小時的全天候服務,現有註冊用戶7.4 萬人,2009 年資料庫查詢服務量34.5 萬次,頁面訪問量175 萬次。
典型服務案例:
1. 航天科技集團某廠發現其產品六硝基�在儲存過程變質失效疑為分解引起。化學化工技術諮詢服務人員查詢了國內外信息,提供與六硝基�分解有關的文獻21 篇;考慮到紅色的失效產物與用戶所述的失效產物三硝基苯酚(淡黃色)的情況不完全吻合,在與有機合成和分析化學專家商討後,指出六硝基�失效存在分解和聚合兩種可能性,需要通過分析確認,建議用戶就近進行質譜分析利用離子峰確認變質產物。
2. 某醫院肝病研究所通過基因靶點和小分子對接和修飾研究,發現一萬多個與肝病有關的小分子化合物,需要確認其中那些是已知的中藥化學成分為後繼篩選和實驗作準備。化學化工技術諮詢服務人員幫助確定其中1000 多個化合物是已知中藥化學成分,提供了這些化合物的系統命名和對應中藥材名稱。
持續發展
化合物參考型資料庫將提供更多的化學數據資源和技術服務,增強對化學和化學相關領域研發工作的支持能力,提高服務的針對性和有效性,包括開放部分數據和服務共享,努力成為化學化工數據集成和共享服務的重要技術支撐。