別小妹教授研究方向為食品生物技術、食品微生物。主持國家自然基金項目“枯草芽孢桿菌菌株fmbJ新型抗菌物質結構鑑定及對桃軟腐病作用機理”（2006-，30671460），江蘇省海洋生物技術重點建設實驗室項目“海洋微生物來源的新型抗菌物質的研究”（2006-，2006HS01）和“芽孢桿菌來源的高效廣譜食品防腐劑的發酵與分離技術”(江蘇省高新技術項目2003-2006, BG2003311)，為國家“863“項目“高效廣譜芽孢桿菌抗菌肽生產關鍵技術及食品套用”(2006-，2006AA10Z346)、江蘇省“十五”攻關“微生物法生產脫苦大豆功能性多肽的研究”（2001-2004, BE2001406）、南京市科技發展項目“新型功能型發酵乳研究技術和開發”(2004-2006，)等項目的主要參加人。
