一個含有各種分子的樣品溶液緩慢地流經凝膠色譜柱時,各分子在柱內同時進行著兩種不同的運動:垂直向下的移動和無定向的擴散運動。大分子物質由於直徑較大,不易進入凝膠顆粒的微孔,而只能分布顆粒之間,所以在洗脫時向下移動的速度較快。小分子物質除了可在凝膠顆粒間隙中擴散外,還可以進入凝膠顆粒的微孔中,即進入凝膠相內,在向下移動的過程中,從一個凝膠內擴散到顆粒間隙後再進入另一凝膠顆粒,如此不斷地進入和擴散,小分子物質的下移速度落後於大分子物質,從而使樣品中分子大的先流出色譜柱,中等分子的後流出,分子最小的最後流出,這種現象叫分子篩效應。具有多孔的凝膠就是分子篩。各種分子篩的孔隙大小分布有一定範圍,有最大極限和最小極限。分子直徑比凝膠最大孔隙直徑大的,就會全部被排阻在凝膠顆粒之外,這種情況叫全排阻。兩種全排阻的分子即使大小不同,也不能有分離效果。直徑比凝膠最小孔直徑小的分子能進入凝膠的全部孔隙。如果兩種分子都能全部進入凝膠孔隙,即使它們的大小有差別,也不會有好的分離效果。因此,一定的分子篩有它一定的使用範圍。
綜上所述,在凝膠色譜中會有三種情況,一是分子很小,能進入分子篩全部的內孔隙;二是分子很大,完全不能進入凝膠的任何內孔隙;三是分子大小適中,能進入凝膠的內孔隙中孔徑大小相應的部分。大、中、小三類分子彼此間較易分開,但每種凝膠分離範圍之外的分子,在不改變凝膠種類的情況下是很難分離的。對於分子大小不同,但同屬於凝膠分離範圍內各種分子,在凝膠床中的分布情況是不同的:分子較大的只能進入孔徑較大的那一部分凝膠孔隙內,而分子的可進入較多的凝膠顆粒內,這樣分子較大的在凝膠床內移動距離較短,分子較小的移動距離較長。於是分子較大的先通過凝膠床而分子較小的後通過凝膠床,這樣就利用分子篩可將分子量不同的物質分離。另外,凝膠本身具有三維網狀結構,大的分子在通過這種網狀結構上的孔隙時阻力較大,小分子通過時阻力較小。分子量大小不同的多種成份在通過凝膠床時,按照分子量大小“排隊,凝膠表現分子篩效應。
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