締約方大會
《維也納公約》締約方大會每3年召開一次，《蒙特婁議定書》締約方大會每年召開一次，同年時兩者一起召開。締約方大會是《公約》和《議定書》的最高決策機制，締約方大會通過的有關決定對締約方有法律的效力。締約方大會審議議定書的執行情況，評估控制措施、決定必要用途的豁免、視情對議定書的調整或修正做出決定、並審議所有旨在實現議定書宗旨的各項行動。到2003年底，已經舉辦共十五次締約方大會。為保證締約方大會的效率，秘書處在每年7月份左右還召集一次不限名額工作組會議，做為締約方大會的準備會進行各項議題的討論。（我國北京曾在1999年11月承辦了《蒙特婁議定書》第十一次締約方大會，在這次會議上通過了《北京修正案》。）
《議定書》締約方大會根據掌握的科學、環境、技術和經濟資料對公約所規定的管制措施進行評估。締約方會議成立了三個評估小組，環境評估小組、科學評估小組、技術和經濟評估小組，各評估小組十多年來一直定期提交報告，提供與臭氧層保護有關的最新知識和進展。評估小組成員是來自世界各地的締約方國家的各領域的專家，他們提供的報告在這十年多的時間內一直是締約方大會的決策依據。
履約委員會
締約方大會審議並通過了不遵守情事程式，用於處理有關國家不遵守議定書條款的情況。為此成立了履約委員會，由5個已開發國家和5個開發中國家代表組成，二年一個任期，負責審查確定有關國家不遵守議定書的情況，並向締約方大會提出處理建議。
臭氧秘書處
臭氧秘書處是《維也納公約》和《蒙特婁議定書》共有的秘書處，設立在肯亞首都奈洛比的聯合國環境規劃署辦公室（UNEP）。秘書處的主要職責為：組織和服務締約方會議、收取締約方報告的數據並編制數據資料、收集編制一些有關臭氧層的研究、發展和提供公眾認識的資料，以及締約方會議指定的其他職責。
多邊基金
倫敦修正案建立了多邊基金作為《議定書》的財務機制。多邊基金由已開發國家按照聯合國會費分攤表捐資，用於向開發中國家（第5條款國家）提供財務和技術支持幫助其實現《議定書》的控制措施。過渡性多邊基金於1991年開始運行，並於1992年12月成為正式基金。締約方會議每三年進行一次增資談判，決定下一個三年第5條締約方國家實現控制措施所需的資金數額。
多邊基金執行委員會負責監督多邊基金的運行。執委會由7個已開發國家代表和7個開發中國家代表組成，成員每年由締約方大會選定，主席在已開發國家和開發中國家之間輪換。多邊基金執委會每年召開三次會議，審議並制定多邊基金的具體業務政策、指導方針，審查、批准和評估ODS淘汰項目。四個國際機構聯合國環境署（UNEP）、聯合國開發計畫署（UNDP）、聯合國工發組織（UNIDO）和世界銀行（WORLD BANK）負責多邊基金項目的實施。一個設在蒙特婁的基金秘書處協助執委會進行日常工作的管理。
多邊基金的資助範圍包括國家方案的準備、機構加強、技術援助活動和投資項目。從1990年建立多邊基金開始，到2003年6月，多邊基金執委會舉行了39次會議。在這些會議期間，多邊基金執委會同意支出了14.8億美元，通過執行機構和雙邊機構，以支持134個開發中國家的約4300個項目和活動的執行。這些項目的執行，將使ODS消費量削減17.3多萬ODP噸，生產量削減約6.22萬ODP噸。為了確保第5條款國家更好地完成削減任務，執委會還同意125個國家計畫（涉及的ODS約11.485萬ODP噸生產量和17.775萬噸ODP消費量），並且資助了129個第5條款國家臭氧辦公室的運行費用。
多邊基金在其發展的過程中也在不斷進行有關管理機制的調整和創新。最早的多邊基金項目主要是單個項目，由四個國際機構負責實施，國家對項目的管理控制相對薄弱。從1995年開始，多邊基金開始探討多年期行業計畫模式，並於1997年批准了第一個行業計畫即《中國哈龍生產和消費整體淘汰計畫》，此後向全球全面推行行業計畫模式和國家履約計畫模式，在這種模式中，國家政府成為項目實施的主體，對項目的成敗負責。以後的實踐證明，國家驅動和行業計畫模式是保證國家履約的有效手段，同時提高了多邊基金的使用效率。
多邊基金十多年取得的進展表明，多邊基金是保證議定書成功實施的一個非常有效的資金機制，它體現了已開發國家和開發中國家共同但有區別的責任，在務實地解決全球環境問題方面樹立了典範。
