1915年，北洋政府創設菸酒公賣制度。5月29日，袁世凱批准全國菸酒公賣局成立，同時任命鈕傳善為全國菸酒公賣局總辦。
同年12月18日，北洋政府政事堂國務卿陸征祥批准北洋政府財政部呈文，將全國菸酒公賣局改為全國菸酒事務署，脫離北洋政府財政部隸屬北洋政府政事堂。次年1月，北洋政府公布《全國菸酒事務署暫行編制》，規定署內設督辦1人、坐辦1人，下轄5科。
1917年7月25日，北洋政府國務總理段祺瑞、財政總長梁啓超奉總統令裁撤全國菸酒事務署，仍在北洋政府財政部設全國菸酒公賣局。
1919年1月，北洋政府總統徐世昌又下令將全國菸酒公賣局改為全國菸酒事務署。4月，規定菸酒事務署隸屬北洋政府國務院。次年2月，公布《全國菸酒事務署官制》，規定事務署機構建制。1922年6月，修正《全國菸酒事務署官制》第一條和第二條，將該署隸屬北洋政府財政部，督辦改由北洋政府財政總長兼任。
北洋政府倒台後，全國菸酒事務署撤銷。
張壽齡、董士恩、姚國楨、張我華、錢錦孫、汪士元曾任職督辦，姚金宏、鄭誦先、鮑觀澄、闞鐸曾任職秘書。
