檢查前準備
1.上消化道檢查當天需禁食至少6小時，在空腹時進行檢查，如有幽門梗阻需胃腸減壓引流胃內容物後再進行內鏡超聲檢查。下消化道檢查需要常規清潔腸道。
2.術前用藥：一般不需用藥，對精神緊張的患者可在檢查前15分鐘肌肉注射安定等鎮靜劑，應注意禁忌證。
3.患者體位：一般取左側臥位，套用水充盈法觀察胃竇時個別可取俯臥位或半坐位，觀察胰頭時個別可取右側臥位，胰體尾部掃描一般均取左側臥位。
4.口服去泡劑：去泡劑為二甲基矽油，有去表面張力的作用，使泡沫破裂消失，目前已有麻醉藥物與祛泡劑混合製劑，兼有麻醉及去泡作用。
檢查方法
通常選擇局部麻醉，對於精神過度緊張者可選用靜脈麻醉，麻醉後先用普通內鏡對上消化道進行全面觀察，明確病變部位和性質後再做內鏡超聲檢查，主要有以下幾種方法。
1.直接法
內鏡超聲頂端的超聲探頭直接接觸消化道黏膜進行掃描。
2.水囊法
內鏡頂端超聲探頭周圍固定橡皮水囊，通過內鏡超聲的固定管道孔向水囊內注入3～5ml水，適用於食管、十二指腸球部和降部的超聲掃描。
3.脫氣水充盈法
通過內鏡超聲的固定管道孔向胃腔內注入脫氣水300～600ml使膨脹，超聲探頭完全浸入水中，適用於觀察胃壁的各層結構及其鄰近器官的檢查，如肝、膽、胰、脾及門靜脈等。
臨床意義
1.診斷食管疾病
（1）判斷食管癌的浸潤深度及外科手術切除的可能性：通常顯示為不規則的低回聲，通過對比周圍正常黏膜的層次，可判斷其在食管壁內的浸潤深度及向縱隔內其他重要器官破壞和侵犯的程度，如是否侵及心包、主動脈、氣管及支氣管分支等，以及病變周圍或主動脈周圍是否有腫大淋巴結等。
（2）黏膜下腫瘤：最常見為食管黏膜下平滑肌瘤，表現為邊界清晰的低回聲腫塊，腫瘤內有壞死者可出現無回聲，有大血管者可出現無回聲結構，同時可辨認其起源系來自黏膜肌層或固有肌層。
2.診斷胃部疾病
（1）胃潰瘍：可顯示出潰瘍病變與黏膜層、黏膜下層、固有肌層及漿膜層的相互關係，判斷潰瘍深度、評估治癒的難易性及預測復發的可能性。
（2）胃黏膜下腫瘤：可準確與胃壁外壓性隆起鑑別，判斷大小、起源部位和發育形式，黏膜下囊腫呈均勻的無回聲；脂肪瘤表現為瀰漫性高回聲；異位胰腺表現為低回聲伴點狀高回聲。
（3）胃癌：判斷腫瘤浸潤深度、與周圍重要器官是否粘連及有無腫大淋巴結等。
3.判斷十二指腸疾病程度
可判斷十二指腸球部潰瘍的深度及是否為難治性潰瘍，潰瘍底部出現低回聲團塊通常提示潰瘍不易癒合和瘢痕化。
4.診斷胰腺疾病
（1）胰腺癌：典型病變其邊緣呈火焰狀，超聲通常表現為低回聲實質性腫塊，內部可見不規整斑點，呈圓形或結節狀，邊緣粗糙。
（2）慢性胰腺炎：胰腺實質表現為結構不規則，腺體增大，周圍實質內可出現局灶性低回聲區，其中可見高回聲纖維索條，胰管可表現增粗，管腔不規則，管壁回聲增強，管壁增厚。
5.診斷膽道疾病
（1）膽管癌：內鏡超聲因距離靶器官近，同時超聲頻率高，可清晰顯示膽總管末端異常。
（2）膽囊息肉：膽固醇性息肉常為多發，與膽囊壁及肝實質相比顯示為高回聲，但無聲影，病變內部結構呈顆粒狀；腺瘤性息肉表現為實質性回聲波，內有無聲區或低回聲區。
6.診斷結腸疾病
（1）結腸黏膜下腫瘤：可準確與結腸壁外壓性隆起鑑別，判斷大小、起源部位和發育形式，黏膜下囊腫呈均勻的無回聲；脂肪瘤表現為瀰漫性高回聲。
（3）大腸癌：判斷腫瘤浸潤深度、與周圍重要器官是否粘連及有無腫大淋巴結等。
