沙漠治理學院成立於2016年6月3日，其淵源可追溯至1960年在原內蒙古林學院成立的中國第一個沙漠治理專業和1983年成立的水土保持專業。1998年沙漠治理與水土保持專業合併為水土保持與荒漠化防治專業。1997年原內蒙古林學院水土保持專業設土地規劃與管理專業方向招生，1999年成立土地資源管理專業。2001年成立資源環境與城鄉規劃管理專業，2013年改為人文地理與城鄉規劃專業。學院現有教職員工53人，有專任教師42人，其中，教授10人，副教授20人，具有博士學位24人。在校生1519人，其中，本科生1403人，碩士研究生100人，博士研究生16人。
學院下設沙漠治理與水土保持系、土地資源管理系、資源環境與城鄉規劃系3個教學機構，現有水土保持與荒漠化防治、土地資源管理、人文地理與城鄉規劃3個本科專業。其中，水土保持與荒漠化防治為自治區首批品牌專業（2005年），也是內蒙古農業大學“十二五”期間獲得自治區批准的四個重點建設專業之一。《治沙原理與技術》是自治區精品課程（2005年）和國家精品課程（2007年），學院已建成6門校級精品課程。
水土保持與荒漠化防治學科是二級學科博士（2000年）、碩士（1984年）學位授權點，土地資源管理學科具有碩士學位授權點（2006年）。水土保持與荒漠化防治學科是國家重點（培育）學科（2008年）、自治區重點學科（1985年）、國家林業局重點學科（2006年）。水土保持與荒漠化防治學科設有林學一級學科博士後流動站（2010年）。
學院建有沙地生物資源保護與培育國家林業局重點實驗室（1995年）、內蒙古自治區風沙物理與防沙治沙工程重點實驗室（2015年）、內蒙古杭錦荒漠生態系統國家定位觀測研究站（2015年）。2008年國家財政部批准建設中央與地方共建高校特色優勢學科“風沙物理學”重點實驗室。內蒙古農業大學沙漠治理研究所（1983年）掛靠在沙漠治理學院。學院設定沙地植物資源研究中心、國土整治與利用研究中心、碳匯計量與評估中心三個院級研究機構。在巴彥淖爾市磴口縣中國林業科學研究院沙漠林業實驗中心建有“內蒙古農業大學實踐教學基地”（2005年）。國家中文核心期刊《乾旱區資源與環境》編輯部（1986年）設在沙漠治理學院。
經過50多年的建設發展及幾代教師的學術傳承和不斷開拓，學院已形成具有本科、碩士研究生、博士研究生、博士後完整的人才培養層次，為國家培養了近6000名各級各類合格人才。
學院在荒漠化防治、沙區植物資源保護與利用、沙產業開發、礦區生態恢復、水土保持與水土資源利用、國土整治與保護、小城鎮規劃與景觀配置等方面形成了自己的特色和優勢。水土保持與荒漠化防治學科已體現出明顯的區位優勢、資源優勢和人才優勢及民族特色、文化特色，在國內同類學科中處於前列，在國際上有重要影響。
“十二五”期間，學院承擔國家科技支撐、行業公益、國家基金和省部級科技縱向課題50餘項，經費2400餘萬元；承擔橫向課題30餘項，經費800餘萬元。形成可降解纖維PLA（聚乳酸纖維）沙障治沙技術和臭柏生態學特性研究及造林技術等為代表的系列成果，獲得內蒙古自治區科學技術進步一等獎2項、二等獎1項，三等獎1項，獲得內蒙古自治區教學成果二等獎1項。主編、副主編教材專著近20部。頒布國家林業行業標準1項；獲得國家發明、實用新型專利10餘項。獲批“水土保持與荒漠化防治”自治區教學團隊，“防沙治沙”自治區科技創新團隊。
中國治沙暨沙業學會沙區植物資源保護與利用專業委員會、中國水土保持學會風蝕防治專業委員會、內蒙古沙漠學會掛靠在沙漠治理學院。
