戰爭經歷
白川鄉歸雲城地處偏遠，易守難攻。
永祿四年（1564）年，武田信玄派3000大軍席捲飛騨，以江馬時盛為代表，舉國望風景伏。然而只有內島家拒不降伏。此時氏理的父親氏雅尚在。據說山縣昌景親自到白川鄉歸雲城去造訪加以勸服。其時山縣態度極其囂張，妄稱武田家面前沒有所謂難攻不落之城，倘若內島不服，必將堅決予以剿滅。氏理聽了呵呵大笑，立即道出史上一句名言：“攻められるものなら攻めてみろ！”（你要是能攻的話，那就攻攻看吧！）又叫來家老川尻，給山縣昌景做嚮導，在城內週遊一圈，權作不久後攻城的參考。到日落的時候，參觀結束，山縣卻唬的連連搖頭，連嘆“歸雲如武田家金輪之際”（金輪:構成器世界之風,水,金等三輪之一,或空,風,水,金等四輪之一.又作金性地輪,地輪,地界.古代印度之宇宙論主張,在世界最下為虛空,虛空之上有風輪,風輪之上復有水輪,水輪之上復有金輪.由有情之業力所感,搏擊水輪,於其上結成金.山,海,島嶼等現實世界,即存立於金輪之上.金輪之最下端,稱為金輪際.），不可攻取。倉皇告辭，此事遂不了了之，武田終究不敢加兵于歸雲。此事日後即被譽為“戦國最強軍団総帥·武田信玄亦無力擊敗”。
天正四年（1576）氏理向越前出兵，上杉謙信乘虛進逼歸雲城，接到急報的氏理星夜急馳回援，保住了領地。但是內島家仍然不臣服。塩屋秋貞於是也前往歸雲城遊說。然而氏理聽了來使的威嚇之辭仍舊一笑置之，依舊是那句老話：“攻められるものなら攻めてみろ！”並派家老川尻帶使者在城中參觀。到了日落時分參觀結束，塩屋秋貞也被嚇的唯唯連聲，稱“白川村如上杉家金輪之際”，不可攻取，遑然而去，一時不能進兵。沒過多久，便傳來謙信公的死訊。此事即被後人譽為“戦國最強戦術家·上杉謙信亦不及攻取”。
天正五年（1577）內島家與一直關係良好的姊小路家（三木家）關係破裂，氏理與三木自綱展開了一進一退的拉鋸戰。就這樣打到第二年夏，雙方罷兵和好。
天正九年(1581），一個不速之客突然造訪歸雲。原來是越中國富山城將佐々內蔵助成政。他是來感謝內島家在修築安土城時進獻砂金的功勞。這實質上是內島表示承認織田家霸權的一個方式。但是佐佐成政卻執著的希望內島家能降臣格侍奉織田家，之後內島氏理向織田家的北陸攻略軍降服，臣屬於以越中能登為據點窺視天下的“北陸之狼”——佐佐成政。在小牧山長久手以合戰之後，織田信雄和德川家康相繼向秀吉臣服，先前在北陸呼應的成政立刻陷入了西有秀吉，東有上杉的空前的孤立局面。面對秀吉北陸出陣的龐大陣容，勢單力孤的成政四處拉攏同盟軍，其配下武將椎名景光奔赴歸雲城，遊說內島氏理出兵援助。椎名以秀吉即將展開飛騨攻略為說辭，陳述利害，最終氏理答應了佐佐家的請求，
天文十三年（1585）七月十八日，內島氏理以討伐越中的上杉殘黨為名向越中富山出陣。同時與成政保持著依賴關係的三木家也占在了佐佐家一方。同年八月二日，駐紮在西美濃白鳥城的金森長近奉秀吉之命，率領四千軍勢攻入飛騨。此戰的目的除了征伐支持佐佐成政的飛騨各豪族，占領飛騨一國之外，更主要的是消滅飛騨國內的一向宗勢力。而內島氏自從初代以來就一直與當地的一向宗保持著親密關係，而其領地白川鄉更是飛騨國一向宗的發源地。在秀吉看來，內島家雖小，但是卻有著發動一向一揆的可怕潛力。
金森的四千大軍進入飛騨之後，境內的各豪族畏於其兵鋒，紛紛倒戈降服。內島家內部也不可避免的出現了分化，自從初代為氏以來一直擁有家老地位並且領有牧戶城的川尻一族的家主備中守氏信叛變，向金森軍投降。得知巨變的氏理立刻從富山歸陣，回到飛騨之後，氏理髮現事情已不可挽回。同年九月十八日，氏理來到先前已經服的三木家高山城，向金森長近謝罪投降，本已抱著切腹覺悟的氏理卻意外得得到了長近的寬恕，並且得到白川鄉本領安堵的承諾。氏理帶著天大的喜訊歸城後，全城上下歡宴慶祝，氏理也開始大量招募原武田家的金掘眾，打算開發新發現的金山。但是好景不長，冥冥之中，最終的慘劇已逼向還茫然未覺的內島一族。
家族滅亡
天正十三年十一月二十九日（1585.11.29），天正大地震發生、內島氏理居城歸雲城旁的歸雲山發生大山崩，剎那之間，整個歸雲城的屋敷、高櫓全部被當場吞沒，了無痕跡餘下。土石流並未被歸雲城的小小阻力所阻擋，一直傾瀉至莊川岸邊。就這樣歸雲城主內島兵庫頭氏理以下一族郎黨三百餘人被突如其來的土石流所活埋，全部死亡，統治白川鄉達一百二十多年的飛騨內島氏就此滅絕。 以此方式滅亡內島家成為日本戰國時期最悲劇的一族。
