2009年7月1日，賴斯因“危害國家安全罪”被伊朗當局逮捕。8月8日，伊朗革命法院對一批被指控與伊朗總統選舉後騷亂有關的嫌疑人進行了審訊，其中包括法國駐伊使館文化處伊朗女雇員納扎克·阿夫沙爾和曾在該國伊斯法罕科技大學任教的賴斯。據伊朗媒體報導，賴斯被控犯有“危害國家安全罪”，她在法庭上承認，自己曾向法國駐伊使館提供有關伊朗中部城市伊斯法罕選舉後的騷亂情況，另外還“出於好奇”參加了在德黑蘭舉行的抗議活動。8月11日，阿夫沙爾率先獲釋，但針對她的指控仍未撤銷。法國政府一直堅稱賴斯是清白的，應當無條件獲釋回國。
8月16日，伊朗方面釋放了賴斯，但條件是她只能在法國駐伊朗大使館範圍內活動。法國總統薩科齊隨後與她通了電話，對她的獲釋表示“高興”，並對她本人表示“支持”。
9月22日，伊朗總統內賈德提議，用法國女學者克洛蒂爾德·賴斯交換目前關押在法國的幾名伊朗囚犯，其中包括刺殺伊朗前總理沙普爾·巴赫蒂亞爾的阿里·瓦基里·雷德，後者於1994年在巴黎被判監禁。
9月23日，法國總統薩科齊在紐約接受法國兩家電視台採訪時說，法國不會用伊朗囚犯交換涉嫌參與伊國內選舉騷亂的法國女學者。薩科齊說，賴斯是“清白的”，目前她暫時棲身於法國駐伊朗大使館內，她應該獲釋回國，他絕不會用一個刺殺巴赫蒂亞爾的“兇手”換得她的自由。
12月21日，法國外交部長庫什內說，法國拒絕以釋放伊朗囚犯為條件交換因參與伊朗選舉抗議活動而被扣留在伊的法國女學者。庫什內強調，法國擁有獨立運作的司法系統，“不可能”同意進行這一交換。
