身世
元賢是宋代閩中理學家蔡元定（西山先生）第十四世孫。父雲津，世守詩書；母張氏，生母範氏。由於家學淵源，幼習儒學，“嗜周、程、張、朱之學”。少年時頗負大志，曾有詩曰：“道德師顏、閔，文章宗游、夏；其餘二三子，不願在其下。”
18歲時，偶讀《六祖壇經》，對它很感興趣，這是他接觸宗門典籍的開始。
20歲為縣諸生。
落髮為僧
萬曆三十年（1602年），懋德25歲，讀書山寺，聞頌《法華偈》“我爾時為現清淨光明身”，即知“周、孔外乃別有此一大事。”遂與同邑趙豫齋受《楞嚴》、《法華》、《圓覺》三經。明·萬曆三十一年（1603年），曹洞宗中興之祖無明慧經禪師開法江西董岩，懋德前往參謁，反覆征詰。無明慧經（1548-1618年）是明代曹洞大師，勉勵懋德參“乾屎橛”。“乾屎橛”是禪林一則公案。臨濟宗為打破凡夫之執情並使其開悟，對訊問“佛者是何物”者每答以“乾屎橛”。蓋屎橛原系擦拭不淨之物，非不淨則不用之，臨濟宗特提此最接近吾人之物，以教斥其專遠求佛而反不知清淨一己心田穢污之情形，用以打破學人之執著。自此，懋德留意教乘，“博通經典，深通佛理。”
萬曆四十五年（1617年），懋德40歲，父母相繼去世（生母仍在），遂棄妻兒，往江西壽昌寺，禮無明慧經和尚，落髮為僧，取法名元賢。
萬曆四十六年（1618年），無明禪師圓寂，元賢隨無異元來往信州（今上饒）博山能仁寺，受具足戒，繼又圓菩薩戒，留居香爐峰。元賢經常與無異元來商榷玄奧，當仁不讓，元來嘆曰：“這漢生平自許，他時天下人，不奈渠何。”元賢和博山的關係，在法門的輩分為兄弟，在戒學的授受則是師資。
天啟二年（1622年），元賢返回閩中，住沙縣雙髻峰。
天啟三年（1623）秋九月，元賢因為葬親回建陽。舟過劍津，聽見同行中有僧唱經云：“一時謦欬，俱共彈指，是二音聲，遍至十方諸佛世界。”乃廓然大悟。後居甌寧（今建甌市）金仙庵，閱大藏經三年。又遷建安荷山。期間，元賢博採群籍，作《建州弘釋錄》2卷，收入唐至明建州（包括甌寧、建安、建陽、崇安、松溪、政和6縣）名僧和在建州弘法的名僧77人的事跡，是一部地方性的名僧史略。博山元來為他作序。為“會通儒釋”，撰《寱言》1卷。
崇禎五年（1632年），雲棲祩宏高足、杭州真寂寺聞谷廣印（1566-1636年）入閩弘法，他訪之於劍州（今南平）寶善庵，一見投合，以為相遇之晚。這時宜興曹安祖請聞谷作《諸祖道影贊》，因屬元賢命筆，成百餘贊，大為聞谷所稱賞，即以所傳雲棲戒本授元賢。
