原理
在保證受檢驗的樣品組織無突變、結果正確前提下，若比對圖譜的分型結果不同，可以排除兩個DNA來自於同一個體；如分型相同，則不能排除它們來自於同一個體，這有兩種可能情況，一種情況是樣品來自於同一個體，另一種情況是樣品來自於不同個體，只是所檢驗的標記分型一致，隨著分析的遺傳標記的增加，它們的圖譜會有所不同，這時就要增加DNA標記，計算聯合偶合率，以確認它們是否來自同一個體。
方法
1.DNA指紋技術
每個個體中，譜帶的數量和相對位置構成了特定的圖譜，由於這些圖譜表現出高度的個體特異性，每個人均不相同（同卵雙生子除外），就像人類的指紋一樣，能夠進行個人同一認定，故稱之為DNA指紋，也稱遺傳指紋。分析DNA指紋的方法稱為DNA指紋技術。DNA指紋技術具有多位點性、高度特異性和穩定的遺傳性等特點。DNA指紋技術在法醫學的個體識別以及親子鑑定中有很重要的作用。
2.PCR-STR技術
基因組DNA中存在著一類串聯重複序列，其串聯重複單位的數目在人群中存在較大差異，具有高度多態性，稱為可變串聯重複序列。其中重複單位長度為2~6bp的重複序列稱為微衛星DNA，也叫短串聯重複序列（STR）。STR分析技術包括常染色體STR分析技術和性染色體STR分析技術，常染色體PCR-STR分析技術非常成熟，具有高效、快速、靈敏、自動化程度高、能複合擴增等優點，主要用於個體識別和親緣鑑定。
3.線粒體DNA測序技術
人類細胞記憶體在兩套基因組，一套是細胞核內的基因組，即核DNA；另一套是位於細胞質線粒體內的基因組，即線粒體DNA。線粒體DNA序列分析自20世紀90年代中期開始興起，其出現主要為解決毛乾等無核生物組織或者極微量檢材的DNA鑑定難題。隨著螢光測序技術和DNA測序儀的問世，線粒體DNA測序分析技術得到廣泛的推廣和套用，使法醫DNA鑑定的套用範圍不斷擴大，可以對來自人體的全部生物樣品進行檢驗，尤其適用於毛乾和指甲等特殊生物檢材的DNA分析。檢測的靈敏度要比核DNA高，適用於微量、陳舊和高度降解的生物檢材的鑑定。
