保守性替換

通常，這類替換對蛋白質功能的影響很小，因為新胺基酸的側鏈可能與被替換胺基酸的側鏈功能相似。 為了將核苷酸替換的影響減到最小，遺傳密碼似乎已進化到了編碼相關胺基酸的密碼子本身即存在關聯。 UX(亮氨酸)

保守性替換（conservative subsection）

將導致一種胺基酸被另一種與其在化學上相近的胺基酸所替代。通常，這類替換對蛋白質功能的影響很小，因為新胺基酸的側鏈可能與被替換胺基酸的側鏈功能相似。為了將核苷酸替換的影響減到最小，遺傳密碼似乎已進化到了編碼相關胺基酸的密碼子本身即存在關聯。例如，天冬氨酸（GAC,GAT）的谷氨酸(GAA.GAG)的密碼子對將確保GAX密碼子（X可以是任一核苷酸）第三個鹼基的擺動影響甚微。然而，某些密碼子第一個位置的改變也可能具有保守性，例如C UX(亮氨酸) =G U X（纈氨酸）