1939年2月，任八路軍津浦路東支隊三團政治處民運幹事。後調中共山東分局黨校學習。結業後，歷任八路軍一一五師民運部鄒滕泗費工作團分隊長，中共鄒滕邊工委副書記、群委書記，中共費縣(由費南縣改稱)縣委副書記、書記。1949年後，歷任中共尼山地委組織部部長，中共沂水地委副書記、沂水專署專員。在任期間，認真貫徹黨在過渡時期的總路線，領導沂蒙老區人民為醫治戰爭創傷，恢復國民經濟，完成社會主義改造和全面開始社會主義建設事業，做出了重要貢獻。
1953年8月沂水專區建制撤銷後，調任國家建築工程部直屬公司黨委副書記、副經理。1958年9月，入上海同濟大學學習，在校學習期間，任建工系黨總支書記、同濟大學黨委常委。1960年4月，侯東升畢業後留校任同濟大學黨委副書記。1972年9月，侯東升調任上海機械學院黨的核心小組副組長。翌年7月，任機械學院黨委書記。1980年12月任該院黨委顧問。
自50年代末至80年代初，侯東升在上海著名高等院校擔任主要領導職務長達25年，為高校建設和發展做出了重要貢獻。1982年6月，侯東升因病去世。
