1946年4月,萬耀煌任湖北省政府主席兼保全司令。把余正東由陝西調回湖北,任湖北省政府民政廳廳長。
1949年,張篤倫任西南軍政長官公署政務委員會委員兼秘書長。余正東隨張赴重慶,任長官公署政務委員會專門委員。
1942年,余正東擴充了洛川國小,創立了洛川中學,長余秉詰、女兒余秉渠都在洛川中學讀書,曾一度兼代洛川中學古文講授老師。為改變洛川經營單一、落後狀況做了一定貢獻。
余正東在陝西期間,先後主編了民國《城固縣誌》、《洛川縣誌》、《北同官縣誌》、《黃陵縣誌》和《宜川縣誌》。其中《宜川縣誌》封面由國民黨組織部長陳果夫題寫,《黃陵縣誌》由邵力子作序。