人物生平
上學後，除了努力學習，還積極參加社會活動。從1920年夏天開始，他會同在南京、北京、武漢等地求學的義烏籍學生馮澤芳、周拾祿、劉文革等，成立了“儉德社” （後改為“健社”）。該社以砥礪品德、熱心公益事業為宗旨，以不嫖、不賭、不吸菸、不酗酒、不買日貨為口號，從事愛國學生運動。還出版過《儉德社》，刊名由時任北京大學校長蔡元培先生題寫。這是中國新文化運動在義烏的一支生力軍。
何琦考進燕京大學生物專業。在學習上涉獵廣泛，在日常生活中也愛好刨根問底。他覺得研究生物學有著無窮的樂趣和奧秘。大學畢業後，執教於山東齊魯大學生物系。後調北京靜生生物調查所從事雙翅目（蠅、蚊類）的研究。兩地連續工作了10年。這為日後從事生物昆蟲學的研究提供了一個難得的契機。
1900年，八國聯軍侵入中國，與清政府簽訂了不平等的《辛丑條約》，要中國賠款9.8億兩白銀。1908年，美國參、眾兩院通過決議，把超過美國實際參戰費的庚子賠款退還給中國。但附加條件是這筆退款只能用來資助留學美國的中國學生。在這以後，英國等國家也相繼仿效。
1936年，何琦得“庚子賠款”資助，到英國利物浦熱帶病醫學院昆蟲系留學。此後他全身心沉浸在生物海洋里。他在英國兩年，發表了6篇研究報告，對家蠅屬創見性的分類法，轟動了生物界。他的獨到見解，得到英國皇家學會昆蟲學會的極高評價，被授予理學博士學位。
何琦在生物界特別是昆蟲學方面作出的突出貢獻，引起英國各界人士的密切關注，不少權威機構包括英國倫敦歷史博物館在內，紛紛向他提出盛情邀請。英國有先進的試驗設備和條件，生活也是優裕的，但千瘡百孔的祖國百廢待興。何去何從頗費思量。這一年，正是1938年。
“七七”盧溝橋事變後，日軍大舉向我進攻，中華民族到了生死存亡的緊要關頭。在這危急時刻不回去，更待何時?於是，他斷然決定遠涉重洋，回到祖國懷抱。
回國後，他出任江西農學院昆蟲室主任，繼續從事昆蟲科學的研究和教學，這一乾又是10年。
臨近解放，何琦同眾多高級知識分子和科學家一樣，沒有動搖留在大陸的決心。當時，國民黨曾以高職位和出國考察為誘餌，要他跟隨到台灣。但何琦卻以到北方講學為名，隻身趕赴東北解放區參加革命工作。
解放後，他把蘊藏著的智慧和精力，全都釋放出來，把全部心血都傾注到科學事業上，在醫學昆蟲研究的百草園裡奮力耕耘，終於用自己的心血和汗水澆開了一朵朵科研奇葩。
何琦一生致力於雙翅目昆蟲的研究。雙翅目，屬節肢動物門，是昆蟲綱的一目，包括蚊、蠅、蠓、蚋、虻，為昆蟲綱中僅次於鱗翅目、鞘翅目、膜翅目的第四大目。全世界已知85000種，分布全球，中國已知4000種。
雙翅目中不少種類是傳播細菌、寄生蟲、病毒、立克次體等病原體的媒介昆蟲；同時，某些類群如種蠅、葉潛蠅、果實蠅、麥癭蠅等的幼蟲，又是農業的重要害蟲。
為了摸清雙翅目昆蟲的生活習性、種類，何琦的足跡幾乎遍及全國各省、市。他採集、製作了數以百計的蠅蚊種群標本，編集了許多卡片，繪製了各種圖形，然後作出系統分類和形態描繪，精心研究鑑定。當然，這一過程是極其艱辛的。但無論怎樣荊棘叢生，無論怎樣風襲雨淋，他總能從放在肩上的那個神聖使命的沉重里獲取行動的理由與力量，度過種種險阻與難關。
在分類的基礎上，為了指導農業畜牧業生產，他又在地理分布及傳病作用方面作了深入研究。如“蠅”，他發現花蠅科果花蠅的幼蟲，主要危害松柏球果，對北方的造林工作造成了嚴重的危害。泉蠅屬危害竹筍、菠菜、甜菜等蔬菜作物；而危害稻、粟等糧食作物的，主要是蠅科芒蠅屬，危害豆科植物的是潛蠅科，危害橘、梨、桃等水果的則有實蠅科中的許多種類。它不僅危害作物，而且對動物危害也很大，如牛皮蠅的幼蟲寄生於牛皮下，牛皮因幼蟲穿孔導致利用價值降低，同時，還使牛肉的質量下降和產乳量銳減。
何琦在醫學昆蟲史上創立了獨特的嶄新的理論，從而受到了國內外學術界的讚譽。
窮則獨善其身，達則兼善天下。何琦雖然取得了令人矚目的成就，但他並末因此而懈怠。1953年，受中國醫學科學院委託，何琦率隊去海南島組建瘧疾研究站。在此期間，為了消除當地民眾的病痛，他潛心於瘧疾的防治。經深入調查研究，他發現微小按蚊（蚊科按蚊屬）在中國分布於北緯34度以南諸省區，它在大多數地區是人畜血液兼吸而偏向動物血液，而在海南島則偏好人血。這種微小按蚊正是瘧疾的主要媒介。瘧疾的“罪魁禍首”找到了，接著需進一步探討防治方法。為此，他把全部心智和理性都用於觀察、分析、實驗。經過不懈努力，終於摸清了基本規律：微小按蚊中的吸血雌蚊多數留棲室內，幼蟲則孽生於水質較清、水流緩慢的溪流、滲出水、溝渠等環境中。季節高峰則一般出現在雨季前後。長期困擾海南島人民健康的難題，終於得到破解。為此，人民也給予他很高榮譽，曾邀其參加在北京召開的亞洲地區科學大會。這次研究成果，1964年被國家科委列為重大科研成果項目。何琦逝世後，在1978年全國科學大會上，為這一項目舉行隆重頒獎。這是對何琦取得的科學成就的最大肯定。
何琦在多年學習研究中，嚴格遵守科學工作的“三嚴”精神，一絲不苟。在生活上平易近人，十分關心青年的成長。在海南島時，於繁忙的科研之餘，開辦了多期抗瘧高級人員進修班，有力地推動了全國各地的抗瘧工作。他組織同事編撰了《瘧疾學講義》等專著，同時還發表了《消滅微小按瘧的重要意義》、《新中國瘧疾調查研究的綜述》（與馮蘭州合著）、《瘧疾防治研究的成就》、《近年來我國的瘧疾研究》等有價值的科學論文，為我國的滅瘧事業作出了積極的貢獻。
1952年抗美援朝期間，1月的一個深夜，朔風勁吹，天低雲暗，幾聲防空警報信號，將人們從睡夢個驚醒。但這一次卻只聞飛機呼嘯聲未有往常的轟炸聲，人們暗自慶幸。然而，第二天，人們卻在雪地里發現了蒼蠅、蚊子、跳蚤。繼之，又在美軍投下的炮彈里發現死老鼠。
不久，在遍及朝鮮北部的4個道、11個郡，甚至在中國東北的安東寬甸、臨江以及山東青島等地，都相繼發現美機投撒的“細菌彈”。這一信息逐級反映到志願軍總部，彭德懷為之感到震驚，他隨即向中共中央和中央人民政府報告。
細菌這一惡魔，嚴重威脅著朝中兩國軍民的生命安全。在衛生部牽頭下，調查組迅速成立，何琦是其中一員。
調查組跨過鴨綠江，日夜調查。結果表明，侵朝美軍細菌戰所用的病菌、病毒，有鼠疫桿菌、霍亂孤菌、傷寒等十餘種。這些菌毒經特殊培殖後，附在蒼蠅、蚊子、蜘蛛、跳蚤等昆蟲和老鼠、麻雀等小動物，以及食品、傳單等物體上，製成細菌彈由飛機投擲。僅在短短的二個月內，播撒帶菌動物、昆蟲競達800多次。
從那年2月下旬開始，在朝鮮早已絕跡的鼠疫、霍亂等烈性傳染病又重現，回歸熱、天花、斑疹傷寒等也在逐步蔓延。朝鮮北方的不少居民，因感染霍亂、鼠疫而相繼死亡。
調查結果一公布，世界為之震動。3月8日，世界和平理事會主席約里奧·居里，代表理事會發表聲明，明確指出：“這是繼用核子彈在幾秒鐘內毀滅廣島和長崎的幾十萬人民那種同樣窮凶極惡的罪行之後的又一罪行。”
由於在反細菌戰中功績卓著，何琦榮獲朝鮮民主主義人民共和國二級國旗勳章和中華人民共和國衛生部的褒獎。先後受到金日成將軍、毛澤東主席、周恩來總理的接見。
同時，由於他在生物學上的突出貢獻，曾先後擔任大連醫學院生物系教授、旅大市人民委員會委員、中國醫學科學院研究員、衛生部醫學科學委員會委員、中華昆蟲學會理事、中國醫學科學院寄生蟲病研究所瘧疾研究室主任等職務，而且曾當選為第三屆全國人民代表大會代表。
1959年，中共黨組織根據他幾十年來的表現，接受了他的申請，批准他加入中國共產黨。這使他按捺不住夙願已償的欣喜，立誓要更加忘我地工作。
悲劇
“文化大革命”期間，何琦與許多知識分子一樣，難逃厄運，蹲牛棚、挨批鬥，強迫去做力所難及的繁重勞動。不幸於1970年含冤去世。
據傳，在他死後，國務院召開的一次科學工作會議上，周恩來總理問：“何琦同志今天來了嗎?”有人回答：“他已不幸去世。”周總理沉思片刻，又問：“後繼有人嗎?”眾人默然。
1978年，撥亂反正，何琦平反昭雪。同年1月15日在上海舉行何琦同志追悼會，將其骨灰安放在龍華烈士陵園內。
